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最专一的MXene的cif数据库,发Nature的计算就差这个模型了!!!

唯理计算 科学指南针一测试万事屋 2022-07-09


帮我找个MXene的cif文件,发Nature的计算就差这个模型了。


来我们公司工作吧,我们距离世界500强就差一个程序员了。


这个笑话好像比较冷,希望大家不要冻感冒了。


MXenes貌似最近很火很火,随之的计算文章也在井喷。如果你在实验组里面做计算,然后恰好组里面最近在搞这方面研究,你需要给课题组的文章加计算,那么问题来了,cif从哪来?


聪明的同学肯定能够脱口而出两个数据库,MP和COD(数据库资源详见链接:【计算教程007期】MS建模教程第二期——CIF文件的获取)这两个库可以找到很少一部分MXenes的结构资料,很多热门的结构都无能为力。


常用的库都找不到想要的结构,此时怎么办?


查文献看看有没有什么文献的SI带了结构信息?还是说看着文章里面的图,自己建立一个空胞,然后照猫画虎?



为何我会突然对这个感兴趣了?主要是我最近在算某个MXene结构,然后发现我拿到的结构是错误的,应该是手搭的,这其中浪费了不少时间。


接下来,隆重介绍一下今天的主角: 


Computational 2D Materials Database (C2DB)


该数据库的资源很少,目前也就才大概4000个结构。但是人家很专一,就是来研究探索二维材料的,你所找的MXenes就是人家的研究重点,我尝试找了几个网上面被各种求却无人应答的结构,都能顺利找到。


数据库的主页是:

https://cmr.fysik.dtu.dk/c2db/c2db.html


搜索界面直达链接 :

https://cmrdb.fysik.dtu.dk/c2db/


数据库收录的材料种类有:

MXY Janus

MXene

TMDC-H

TMDC-T

TMDC-T‘

TMDC-alloy

Xane

Xene


有个事情必须明确:该数据库是计算数据库,并不是收录结构实验测试单晶数据的地方。



我们不仅可以从数据库中下载到结构信息还可以直接看到这里计算得到的能带,态密度,Bader电荷等信息,还可以找到功函数,热稳定性,机械性能等数据。这可以省下不少的计算时间,直接引用就完事了。










下面还有很多,不截了,大家自己搜索某个结构后查看吧~


接下来说一个用过此数据库的同学们最关心的问题:结构怎么获取?


大家时间后会发现,该网站只提供XYZ的下载,下载下来是胞中原子的坐标信息,并不提供cif的下载。



跟我唠叨半天,敢情最基础的服务都没有。菜都上完了,不给筷子?



此时大家可以使用Materials Studio按照summary里面的内容去自行构建就好了。



这里需要提醒的是:


1. 建立空胞时候要使用P1空间群,不要使用这里给出的高对称空间群,比如图中的P3m1。


2 .搭建的时候一定要把下图位置设置为Cartesian。



3. 一定要建立的是A along X , B in XY plane这种胞。



4 .建立完成后,再通过Find symmetry的功能,找出正确的空间群并impose。



5. 一切都搞定了再回头看看网站上给出的结构和你建立的是不是长得一样。如不一样,请提供对应的结构的网址,我们来查看原因并更新本文。


祝大家研究顺利~




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