查看原文
其他

PROTAC:纾困破局,续写小分子药物“人间四月”

药渡吴夏团队 药渡咨询
2024-09-03

导言

传统的小分子抑制剂通过干预蛋白质的功能发挥治疗作用,由于蛋白质结构存在局限性,某些活性位点难以与小分子桥接或几乎没有可结合的位点,而这些蛋白占据人体蛋白80%左右。因此,靶点难以成药性成为小分子药物开发的瓶颈问题。

蛋白质靶向降解剂利用蛋白酶体降解致病靶蛋白,从而产生不同的生物学效应,具有更高的选择性和疗效。相比于其他靶向蛋白降解技术,最著名是蛋白水解靶向嵌合体(Proteolysis-Targeting ChimerasPROTAC)。由于该技术突破了传统成药原则,使攻克“不可成药”靶点变为现实,并不断赋能小分子创新药研发升级,近些年倍受业界的广泛关注。

一、PROTAC简介

1. 发展历程

PROTAC是一种利用泛素-蛋白酶体系统(Ubiquitin-Proteasome System,UPS)对靶蛋白进行降解的药物开发技术。该技术最早由Sakamoto等人在2001年提出,第一次证明了PROTAC的体外概念验证。PROTAC技术发展历程如下图所示。

1 PROTAC发展历程

数据来源:参考文献[1]

注:DCAF15, DDB1- and CUL4-associated factor 15; IMiD, immunomodulatory imide drug; MoA, mechanism of action; METAP2, methionyl aminopeptidase 2; PoC, proof of concept; VHL, von Hippel–Lindau.

由上图可知,2019年第一个进入临床试验的PROTAC药物ARV-110终结了靶向蛋白质降解这一基础时代,ARV-110象征着PROTAC进入了临床转化时代。

2. 作用机制

PROTAC结构包括三个部分,即一个E3泛素连接酶配体、一个靶蛋白配体和特殊设计的“Linker”结构对其进行连接。其作用机制如下图所示。

图2 PROTAC结构及诱导蛋白质降解机制

数据来源:参考文献[2]

由上图可知,PROTAC降解靶蛋白主要过程为PROTAC分子结合靶蛋白(POI)和E3连接酶,形成三元复合物。然后,E3泛素连接酶与E2泛素结合酶共同作用,对靶蛋白进行泛素化。靶蛋白被泛素化标记后,PROTAC分子与靶蛋白、E3泛素酶分离,泛素标记的靶蛋白被蛋白酶体识别并降解。

3. 技术优势

传统小分子抑制剂采用“占据驱动”模式,即在较高浓度时才能占据靶点的活性位点,通过阻断下游信号通路传导起到治疗疾病作用,但存在易“脱靶”且需要明确活性位点局限。PROTAC技术可直接诱导底物蛋白降解,打破“占据驱动”局限,具备以下明显优势[3-4]

可靶向“不成药”靶点:PROTAC只要能够产生结合作用就可以诱导相关蛋白被降解,且活性较高,可大大提高靶点的范围。

克服“耐药性”:传统小分子药物高亲和力的结合容易造成靶蛋白突变或过表达,即使后续迭代研发,也会产生新的耐药性。PROTAC分子通过UPS将靶蛋白降解掉,很大程度从根源上避免了耐药性问题。

特异性强,安全性高:相比小分子可靶向多个蛋白易引起脱靶毒性,PROTAC各部件之间协同作用,使其特异性增强。在催化剂量下,可降解靶向蛋白且自身不参与反应,蛋白降解后会自动解离进入下一循环,使得安全性提高。

可通过血脑屏障:血脑屏障除了允许特定类型的分子通过,PROTAC对其具有穿透能力,提示PROTAC还可用于神经及精神疾病治疗。

给药途径多样:PROTAC可通过静脉、口服等多种给药方式,避免了长期单一方式用药给患者带来的心理负担,提高患者依从性。

除此之外,将PROTAC技术与其他治疗方案从靶点位置、给药分布、靶向支架蛋白、口服利用度、生物选择性、给药途径等方面进行对比,结果如下表所示。

表1 PROTAC与其他治疗方案对比情况

数据来源:参考文献[5-6]

由上表可知,与传统小分子药物、单克隆抗体、siRNA和CRISPR对比,PROTAC在靶点位置、给药分布、靶向支架蛋白、口服利用度、生物选择性、给药途径等方面具有明显优势。

二、PROTAC开发设计

PROTAC技术优势明确,但研发壁垒较高,在设计和应用上仍存在诸多限制性因素,如:分子量较大影响多数PROTAC成药性、靶点创新度较低、特有的钩子效应对PROTAC分子浓度要求较高、药物毒性的检测跟踪、对激动剂开发无效、E3配体和靶蛋白配体开发不足、Linker的设计尚未形成成熟的体系等[7]

PROTAC开发设计主要针对E3连接酶配体、靶蛋白配体、Linker分子以及连接位点四部分。

E3连接酶配体:PROTAC分子招募的E3连接酶在相关细胞或组织中表达较高时,才具有活性。迄今为止,在600多个E3泛素连接酶中,仅不到10个被开发用于靶向蛋白质降解。目前,PROTAC中的E3连接酶配体主要有CRBN、VHL、cIAP和MDM2等,使用频次最高的是VHL和CRBN两种。

表2 常见E3连接酶配体情况

数据来源:参考文献[8-9]

图3 E3连接酶在不同组织中的表达量

数据来源:参考文献[10]

由上图可知,大部分E3连接酶组织分布具有局限性。应用较多的CEBN、MDM2和XIAP组织分布广泛,但仍有小部分组织无法覆盖,如:输卵管和膀胱。

靶蛋白配体:通常设计PROTAC分子时,首选进行靶蛋白的选择,再进行靶蛋白配体的设计。靶蛋白配体设计以特异性强、PROTAC可常规降解、具有相关配体或晶型研究为主要因素。由于靶蛋白本身可存在内源性配体如:多肽、DNA、糖链等,在研发设计过程中,还需要考虑结合腔、突变、其它变构位点、可逆共价结合等问题。

Linker分子:关于Linker的设计尚未形成成熟体系,通常考虑较长的Linker链能够更有效拉近配体两端分子距离,大部分Linker所用原子的链长常在10~20个原子长度范围。由于聚乙二醇(PEG)链具有足够的柔性,可调整分子到合适的结合角度,初步的PROTAC设计通常会选择PEG链作为连接分子。但也正由于该特点,使分子的结合熵过高,需要后期的不断优化。

3 常见Linker结构及特征对比

数据来源:参考文献[11]

连接位点:Linker连接的位点也会影响PROTAC的特异性和降解活性。一般情况下,靶蛋白配体和E3连接酶配体的连接位点在配体暴露在溶剂的区域。Linker通过酰胺键、碳原子或杂原子经缩合反应或亲核取代反应等实现“牵手”。目前,常采用提高合成通量的方法、利用结构生物学和计算研究进行PROTAC连接基团的设计、及经验性接头长度SAR研究等方法进行Linker优化。

、PROTAC企业图谱

近年来,PROTAC的研究热情不断高涨,国内外多家企业在PROTAC研发管线上积极布局。其中,国外代表性企业有Arvinas、C4 Therapeutics、Kymera Therapeutics和Nurix等,国内代表性企业有珃诺生物、百济神州、海科思、海创药业、开拓药业等。

图4 国内外PRORAC研发代表性企业图谱

数据来源:药渡咨询团队整理

研究阶段分布:目前尚无PROTAC药物获批上市,临床阶段在研品种共计24个。其中,临床III期品种1个、临床II期品种7个、临床I期品种16个;临床前阶段在研品种(含IND)共计370个。

全球PROTAC药物各阶段在研数量统计

数据来源:药渡咨询团队整理

将全球PROTAC临床在研品种的靶点、原研公司、研发状态、适应症信息进行整理,如下表所示。

表4 全球PROTAC临床阶段在研品种情况

数据来源:药渡咨询团队整理

由上图可知,在全球PROTAC临床在研的24个品种中,中国临床在研品种共计6个,仅有1个处于临床II期。全球PROTAC临床在研品种的靶点主要集中在AR和BTK,除此之外,还包括BRD4、BRD9、IRAK4、NTRK、STAT3和Erα等。适应症以肿瘤领域为主,少数涉及感染、免疫炎症和皮肤结缔组织疾病领域,如:化脓性汗腺炎、特应性皮炎、寻常痤疮、脱发。

靶点分布:在研品种数量最多的靶点为BRD4,共计33个品种。其次为AR、BTK、BET、ALK、CRBN、CDK6、EGFR等,以传统小分子药物的成熟靶点居多,创新靶点研究较少。

6 全球PROTAC在研品种数量>3的靶点分布

数据来源:药渡咨询团队整理

适应症分布:在研品种适应症主要为肿瘤领域,占比约80%;超过10%的在研品种适应症未知,考虑可能与大部分PROTAC品种处于临床前研究阶段有关。其次,还涉及神经或精神疾病、免疫炎症、感染、皮肤结缔组织及眼科等领域适应症。

7 全球PROTAC在研品种适应症分布

数据来源:药渡咨询团队整理

企业分布:在研品种数量>3个的原研企业中,丹娜法伯癌症研究院在研品种数量最多,共计35个。其次是Icahn School Of Medicine At Mount Sina、Arvinas Inc、密歇根大学和University Of Dundee等。其中,仅国外Arvinas Inc、Kymera Therapeutics Inc、C4 Therapeutics Inc和国内海创药业拥有临床在研品种,其他绝大多数企业机构在研品种处于临床前研究阶段。

8 全球PROTAC在研品种数量>3的企业分布

数据来源:药渡咨询团队整理

四、PROTAC发展方向

结合PROTAC自身优势与不足,PROTAC领域的下一个里程碑将主要集中在以下四个方面[1,12]

方向一:确定最佳的蛋白降解靶点。有报道称,最佳PROTAC靶点需满足以下原则:①可通过过表达、突变、聚集、异构体表达或定位而偏离自然状态,产生致病性;②E3连接酶可接近的结合表面;③理想情况下,一个非结构化的区域可以插入蛋白酶体;④对靶向疗法产生耐药性突变;⑤具有支架功能;⑥具有“不成药性”。目前,仅1/4的人体激酶被确认用作PROTAC靶点,其中绝大多数是传统小分子抑制剂的较成熟靶点,提示小分子药物未成药的靶点开发空间较大。

方向二:扩大E3连接酶应用范围。人体基因组编码超过600种E3泛素连接酶,然而现阶段仅VHL和CRBN等少数几种用作PROTAC中的E3连接酶。未来可通过寻找广泛使用且普遍存在的连接酶,或根据连接酶的组织和细胞特异性、肿瘤富集等关键性特征不断扩大E3连接酶应用范围。

方向三:扩展临床治疗范围。蛋白降解剂的研究主要集中在肿瘤领域,考虑到蛋白降解剂应用范围广泛,能够降解任何选择目标的特点,未来可将临床治疗范围扩展至肿瘤学以外的疾病领域。目前,在神经退行性疾病、炎症、免疫学领域已初见成果。

方向四:探索PROTAC创新模式。对PROTAC创新模式的不断开发可进一步扩展PROTAC的靶点范围。如:生物制品的PROTACs(bioPROTACs)和杂合体PROTACs(hybrid PROTACs),以及创新蛋白降解模式靶向自噬体的AUTAC,自噬体牵引的ATTAC,靶向溶酶体的LYTAC和基于抗体的AbTAC等。

五、结语

PROTAC作为一种新型靶向治疗方式,在作用机制、口服利用度、生物选择性、给药途径等方面显示出巨大潜力。尽管该技术迅速发展,但仍面临着开发速度较慢、透膜能力与口服生物利用度较差、人体临床研究证据不充分等诸多挑战。相信未来随着对PROTAC研究的日益丰富,PROTAC将持续推动小分子创新药研发不断升级。


作者∶谢静、吴莎莎


参考文献

[1] Békés M, Langley DR, Crews CM. PROTAC targeted protein degraders: the past is prologue[J]. Nat Rev Drug Discov, 2022,21(3):181-200.

[2] Zhao HY, Yang XY, Lei H, et al. Discovery of potent small molecule PROTACs targeting mutant EGFR[J]. Eur J Med Chem, 2020, 208:112781.

[3] 新药研发利器:PROTAC技术:https://www.drugtimes.cn/2021/08/28/xinyaoyanfaliqiprotacjishuzuiquanjiedu/  

[4] Qi SM, Dong J, Xu ZY, et al. PROTAC: An Effective Targeted Protein Degradation Strategy for Cancer Therapy[J]. Front Pharmacol, 2021, 12:692574.

[5] Sun X, Gao H, Yang Y, et al. PROTACs: great opportunities for academia and industry[J]. Signal Transduct Target Ther, 2019, 4:64.

[6] PROTACs and Targeted Protein Degradation:https://www.biochempeg.com/article/116.html 

[7] Paiva SL, Crews CM. Targeted protein degradation: elements of PROTAC design[J]. Curr Opin Chem Biol, 2019, 50:111-119.

[8] PROTAC,小分子药的燎原之火:https://xueqiu.com/2867162884/226215332

[9] Zhong Y, Chi F, Wu H, et al. Emerging targeted protein degradation tools for innovative drug discovery: From classical PROTACs to the novel and beyond[J]. Eur J Med Chem, 2022, 231:114142.

[10] Schapira M, Calabrese MF, Bullock AN, et al. Targeted protein degradation: expanding the toolbox[J]. Nat Rev Drug Discov, 2019,18(12):949-963.

[11] Troup RI, Fallan C, Baud MGJ. Current strategies for the design of PROTAC linkers: a critical review[J]. Explor Target Antitumor Ther, 2020,1(5):273-312.

[12] Xiao M, Zhao J, Wang Q, et al. Recent Advances of Degradation Technologies Based on PROTAC Mechanism[J]. Biomolecules, 2022, 12(9):1257.


-----------------------------------

吴夏博士(13911468148,同微信)

  • 药渡--中国生物医药领域深度咨询引领者。
服务客户覆盖医药行业全产业链,针对不同客户,提供专业技术分析及商业解决方案。
深度咨询服务产品包括:

药渡成品报告系列:

继续滑动看下一个
药渡咨询
向上滑动看下一个

您可能也对以下帖子感兴趣

文章有问题?点此查看未经处理的缓存