其他
此处结合微生物群落研究中的16S扩增子分析数据,给大家分享怎样在R中进行主坐标分析(PCoA),顺便使用此处的PCoA排序结果,给大家展示怎样结合ggplot2绘制“好看”的PCoA排序图。在R中,可用于进行PCoA分析的R包有很多可供选择,如“vegan”、“ade4”等,这些均是在生态统计中常用的R包。此处作为示例介绍其中的“vegan”包。首先介绍示例数据。我们此处共有96个16S测序样本,均来自土壤。这96个样本共涉及了4个采样地点(地点A、B、C、D);2种处理梯度,即添加某化学物质的低浓度处理(low)以及高浓度处理(high);4个采样时期(时期1、2、3、4);对于每个采样地的每种处理梯度的每个时期下,各自进行了3个重复,共计4×2×4×3=96。此处我们希望通过PCoA分析,查看样本间细菌群落组成是否具有显著不同。作图示例文件、R脚本等,已上传至百度盘,无提取码(若失效请在下方留言)https://pan.baidu.com/s/1mL92U9DxMZKjqTNRhDW9ZA示例文件简要文件“otu_table.txt”为OTU丰度表格,其内容展示如下。每一列为一个样本,每一行为一种OTU,交叉区域为每种OTU在各样本中的丰度。