为什么要做绝对定量测序-数据重复性

绝对定量测序热度持高，但是，为什么要做绝对定量测序呢？上期为大家解读了绝对定量测序的数据分析2（点此查看），今日小编为大家友情解读绝对定量测序的数据重复性，话不多说，进入正题：

8月份科研圈中哪件事情比较吸人眼球？无疑是久经争议的韩春雨事件”。8月2日，“韩春雨”这三个字再次回到大众视野。韩春雨等5位作者在《自然-生物技术》期刊上发布了在线撤稿声明，称“因为科研界一直无法用我们论文中提供的实验方案把论文图4中的关键结果重复出来，我们决定撤回我们的这项研究”。

由之前的“诺奖级的研究”到现在以撤稿为结果，整个事件暂时告一段落，具体是非曲直我们不做讨论，但是整个事件反映出科学研究中一个重要的属性：再现性或者可重复性。再现性并不是单单指在完全相同的实验处理、操作下再现相似的结果，也包括一些实验条件改变下，例如实验处理一致，但起始样本量不一致的情况下，能够得到类似的结论。下图展示了常规建库测序（图1左图）和UMI建库测序（图1右图），15cycle和25cycle PCR下的相关性以及变异系数（CV，coefficient of variation）：常规建库测序不同PCR循环数下，由于扩增偏好性，部分基因表达计算准确度失真，样本间5097个基因中，有418个基因的差异超过5%，而UMI建库测序方式中这一数字不超过10。

图1

通过设置不同起始量和不同PCR循环数（表1），分析不同去PCR Duplications方法下的数据再现性（图2）。在转录组测序中（图2左图），和未去PCR Duplications相比， PCR Duplications法使得不同起始量（循环数）样本间CV值由4210降到3960，CV值下降了5.80%，而整合了UMI法后，CV值下降程度稍有增加，达到6.67%（4210降到3930）。而在miRNA测序中（图2右图），和未去PCR Duplications相比，PCR Duplications法使得不同样本间CV值达到11620，和未去PCR Duplications情况下样本CV值相比增加了79.1%（后置CV值只有6490），而整合了UMI法，CV值下降程度只有8.72%，表明UMI法在miRNA测序中，不同起始量建库测序分析得到的数据再现性更好。

图2

表：RNA-seq和miRNA测序不同样本起始量PCR duplicate比较

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