一篇医学微生物组16S测序文章必备的五个内容 | 微生物专题

本期我们来对以16S测序为主的医学微生物组文章的构成来做个提炼。我们来看下面4篇2019年发表的医学微生物组文章，从5分~12分，哪些微生物组研究内容是这些文章都有的。

研究1：ASD儿童与母亲肠道菌群的关系与标志物鉴定

发表期刊：Genomics Proteomics Bioinformatics

发表时间：2019

影响因子：6.597

研究内容：ASD儿童与母亲肠道菌群的关系与标志物鉴定

样本数量与类型：59对：母亲-ASD儿童；30对：母亲–健康儿童；样本类型：粪便本

实验方法：16S rRNA基因测序

微生物组研究内容：自闭症儿童与母亲/健康儿童与母亲的肠道菌群鉴定→肠道菌群α多样性和β多样性分析→显著差异菌群分析→菌群标志物预测能力评估→菌群基因功能预测

详细查看《肠道菌群+自闭症+16S测序+180个样本 = 6.6分文章 | 微生物专题》

研究2：中国NSCLC患者对免疫检查点抑制剂治疗效果与肠道菌群的关系

发表期刊：Journal of Thoracic Oncology

影响因子：12.46

发表时间：2019

研究内容：中国NSCLC患者对免疫检查点抑制剂治疗的响应与肠道菌群之间的关系样本数量：37名接受纳武单抗（Nivolumab）治疗的晚期NSCLC患者的粪便样本（基线，每次接受治疗前和疾病进展时）；在基线采集外周血样本。

实验方法：16S rRNA基因测序+FACS检测外周血免疫细胞

微生物组研究内容：纳武单抗治疗前后患者的肠道菌群鉴定→不同治疗期的肠道菌群α多样性和β多样性分析

详细查看《只做16S测序就发12分文章，怎么做到的？| 微生物专题》

研究3：甲状腺癌患者的肠道菌群与代谢谱变化

发表期刊：International Journal of Cancer

影响因子：4.982

发表时间：2019

研究内容：肠道菌群、代谢谱与甲状腺癌之间的关系

样本数量与类型：16S测序：30 Thyroid Carcinoma(TC) vs 35 Healthy Controls(HCs) ; 代谢组：15 TC vs 15 HCs；样本类型：粪便样本；

实验方法：16S rRNA基因测序+非靶向LC-MS代谢组检测

微生物组研究内容：甲状腺癌患者和健康受试者的肠道菌群鉴定→两组肠道菌群α多样性和β多样性分析→两组间显著差异菌群分析→差异菌群与临床指标相关性分析→菌群标志物预测能力评估→肠道菌群功能预测

详细查看《5500字带新手吃透一篇5分肠道菌群文章的内核 | 微生物专题》

研究4：鉴定结直肠癌患者的特征性肠道菌群和代谢物

发表期刊：Theranostics

影响因子：8.063

发表时间：2019

研究内容：鉴别健康志愿者和CRC患者的特征性微生物群以及具有疾病表型的相关代谢物

样本数量：50 CRC vs 50 healthy volunteers；粪便样本

实验方法：16s rDNA测序+非靶向代谢组

微生物组研究内容：结肠癌患者和健康受试者的肠道菌群鉴定→两组肠道菌群α多样性和β多样性分析→两组间显著差异菌群分析

详细查看《客户文章：16S+代谢组炼就8分肠道菌群文章 | 微生物专题》

我们来抓取上述文章中共有的内容（2篇以上都有的内容）：1.肠道菌群鉴定→2.肠道菌群α多样性和β多样性分析→3.显著差异菌群分析→4.菌群标志物预测能力评估→5.菌群基因功能预测需要提示的是，不是每个项目筛选出来的差异菌群都可作为biomarker（具备较好的疾病诊断性能）。也即在有些文章中，并没有拿出章节来说明菌群作为biomarker预测能力的数据。

为了大家高效开展医学微生物组，比如肠道菌群研究，我们专为编写了一份医学16S测序报告（见下图），完全覆盖上述介绍的医学16S测序文章必备的五个内容。不仅如此，这份报告还具备以下5个特点，让忙碌的医生也能轻松看，方便用。详情请查看《医学16S测序报告：为忙碌的医生而准备 | 微生物》。

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2.紧扣医学菌群文章的主流结果

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