五项更新！更容易上手的宏基因组测序报告出炉 | 微生物专题
宏基因组测序是精细鉴定微生物群物种组成和挖掘菌群基因功能的首选工具。相比于细菌16S测序或真菌ITS测序，宏基因组测序具有两个非常突出的优势：
1.鉴定到的菌群组成信息更丰富，分类学鉴定更精细，可以精确鉴定到species（种）水平，甚至到strain（株）水平，精细锁定关键物种利于下游机制实验。
2.直接鉴定菌群携带的基因，既能借助数据库对基因功能进行多维度注释，又能进行差异基因分析，利于深度发掘菌群发挥功能的分子机制。
围绕宏基因组测序这两个突出优势，以及与老师们互动中收集的需求和以往报告的使用反馈，我们再次对宏基因组测序报告进行了更新。这次更新我们主要做了五个方面的优化升级。
精炼分析流程突出关键结果
快速上手一份测序报告，一直是老师们（特别是新手）关心（Tou Teng）的事。如何把复杂的结果简单化，让零基础的老师也能轻松上手，一直是我们想要做的事。根据日常与老师们的互动，我们清楚地知道老师们的需求和报告使用的难点，本次我们大胆地对宏基因组测序的分析流程化繁为简（图1），让分析逻辑更加精炼，使得老师更易理解数据分析过程，更容易抓到关键结果。
图1 化繁为简的宏基因组数据分析流程
显著提升种水平物种鉴定率
获取比16S测序或ITS测序更丰富的物种信息，特别是精细到种水平的物种信息，是老师们使用宏基因组测序的一个主要原因。在新版报告中，我们使用新版的NR数据库（2019.11.21）和新版的DIAMOND数据库比对软件，为老师提供更丰富的种水平物种鉴定结果，并显著降低Unclassified数据所占比例（图2）。
图2 新版物种注释程序显著降低Unclassified数据比例
测试数据中Unclassified数据比例从18%（图左绿色扇形）下降到12%（图右绿色扇形），下降幅度超过30%
八大功能数据库全方位注释菌群功能
不同于16S测序和ITS测序，宏基因组测序是直接对菌群的基因组进行测定，因而可获取丰富的菌群基因信息。进一步对基因的功能进行多维度的注释，可以帮助老师揭示菌群发挥功能的潜在机制。在新版报告中，我们使用八个主流的数据库包括GO、KEGG、eggNOG、CARD、CAZy、PHI、MGEs、VFDB等对菌群基因功能进行了全方位的注释，数据库已升至新版（见表1）。如老师有其他个性化的功能数据库注释要求，可以提供数据库信息，我们也可以将它用于您的菌群注释。
表1 新版宏基因组报告使用的8个功能数据库
多角度多方法精准筛出关键物种
为准确筛选出与特定生物过程或是疾病相关的关键物种，除常规差异分析外，新版报告提供包括随机森林分析、LEfSe分析、SparCC相关性分析、RDA分析、UpSet分析等多种分析方案（图3），助老师从多角度精准筛选出具有重要生物学功能的微生物物种。
标配文章发表级图表
新颖美观的图表不仅能增添数据结果的可读性，也对老师们撰文投稿有加分作用。为满足老师们对“颜值”的追求，我们紧追最新宏基因组文献中图表呈现的新趋势，不断尝试新的绘图R包和程序生成更炫并且信息量更大的图表。新版报告中的结果图表，老师们可以直接用于文章撰写（图4）。
图4 新版宏基因组报告中的结果图（部分）
为方便老师自由绘制图表，我们提供好用易上手的——OmicStudio云分析平台（https://www.omicstudio.cn/）。老师们可以在OmicStudio上使用云工具绘制数十款新颖的文章发表级的图表（图5）。注意哦！这些图表的绘制全部是免费的。OmicStudio上的新工具和新功能正在持续增加中。
图5 OmicStudio云工具（部分）
欢迎询问联川驻当地项目经理，了解更多新版宏基因组报告内容。
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