单细胞课题设计与结论解读直播答疑合集 | 单细胞专题
上周,我们联川生物高级科学家、贝勒医学院博士、MD Anderson博士后刘志毅在B站就“单细胞课题设计与结论解读”进行了直播,直播没来得及观看的可以扫描下方二维码进行回看。
1、 可以做单细胞多组学吗 比如单细胞基因组+转录组
单细胞多组学理论上是可以做的。但是单组学单细胞测序、多组学单细胞测序甚至是N组学单细胞测序,都是要解决科学问题的。如果是怕只做一种单细胞技术无法发高水平论文,大可不必。只要课题设计合理,单细胞转录组就能发高分文章。目前有mRNA+ATAC、mRNA+空间转录组等多种联合分析技术。但是这边联川生物建议,讲故事要想好从哪个角度出发,都想要最后可能什么都没。如果基础较弱建议从单细胞转录组开始接触。
2、 单细胞测序可以只测一种细胞吗
单细胞测序的优势就在区分不同类型细胞群。只有一种细胞的话,只要细胞群体在转录上有差异,也是可以做的,比如做发育、细胞分化、随时间变化的拟时序分析,等等。
3、 如果我这个细胞含量比较少而且活性怎么办呀
如果不缺样品的话,就尽可能多制备单细胞悬液。活性的保持涉及到不少技术细节。细胞含量过少的话,可以用smart-seq2代替,例如流式细胞仪或者磁珠分选出来的细胞在几十个到几百个,smart-seq2技术可以尝试。如果活性太低的话,说明细胞凋亡速度过快或其他原因。总之现在有很多样本就是无法顺利开展单细胞,是诸多课题组的瓶颈之一。
4、 请问标志基因数据库是免费用的吗?
我们在分析老师们的数据的时候就自动使用这些数据库了。但是目前数据库只对联川生物单细胞测序的客户开放。这个数据库中细胞的marker基因都是联川生物的生物信息工程师手动从各种高分文献中搜集的,目前还没向公众开发的可能。
5、 移植瘤可以用相同的思路做吗
如果移植瘤指的是Xenograft的小鼠肿瘤模型的话,当然是可以用类似思路做的。如果移植瘤指的是肿瘤的PDX模型,也是可以做的。但是要为课题设计服务。一般PDX模型鼠中,接种的病灶或结节取下来后直接可以进行消化或者用磁珠分选自己感兴趣的细胞进行10X标记并测序。
6、 临床课题设计上如果不做小鼠验证的话,能发高分吗?
临床课题的设计取决于老师们的自身前期课题设计。如果在细胞中把机理做的很好,那么简单的小鼠实验也许就可以发高分了。如果研究和临床相关的话,做些深入的小鼠实验显然可以增加发高分杂志的几率。只做临床样本没有动物模型,在机制阐释上会产生很多盲区。除非只做临床样本能够揭示一个比较重要的临床现象或临床问题,否则强烈推荐上动物模型。
7、 10X单细胞测序只测一种细胞有意义吗?
见对问题2的回答。
8、 细胞比较大,过不了机器,怎么办
可以考虑抽细胞核来做。
9、 作用就是找到特定的细胞群体吗
只是其中一个方面。其他应用的例子包括:可以对特定组织做细胞图谱;也可以做发育分化过程中的细胞的变化过程。对于肿瘤研究,可以做异质性、微环境、免疫治疗。单细胞应用的范围是很广泛的,参见我们的ppt。
10、一般怎么测定细胞活性呢
有特定的测细胞活性的方法。目前联川采用Countess台盼蓝染色法、CountStar荧光染色法以及最最传统的血球计数板镜检法。前两者为自动化细胞计数仪,后者可以观察明场中细胞背景是否干净。
11、昆虫不同发育阶段想做10X,推荐取什么样
如果是刚开始试课题的话,建议从比较容易解离的组织入手。如果有比较明确的方向,当然就从和表型最相关的组织入手了。不同发育阶段的时间点可以是一个不错的考虑方向。
12、组织可以给公司解离还是说需要自己分离出活细胞?
我们都可以做。我们团队对组织解离积累的大量经验,可以帮到您。如果自己分离细胞的话,要保持高活性和尽快上10x机器——如果没有这样的条件的话,不如直接交给我们来做。具体请与我们的销售团队深入沟通。
13、单细胞测序最终的目的就是看不同细胞亚群和差异基因吗
应该说单细胞转录组数据的分析和结论都是基于不同细胞亚群之间的转录差异的。从转录差异出发,我们可以推断出很多深入的结论的。结论不仅仅只是给出差异基因来。现在发表论文里有很多例子展示如何做深入的数据发掘和分析,得出有洞见的结论。
14、我知道做什么 但不知道怎么定题目
请与我们的产品经理或技术支持来详细讨论您的课题。我们会帮您确定最合适的题目。这边只能说课题设计要忘记单细胞测序这项技术,为本身的科学问题服务。一个好的科学问题等于成功的一半。一般通过阅读大牛撰写的综述了解行业里急需解决的重大科学问题,然后通过阅读各类研究类论文确定自己具体的方向和用到的工具如单细胞测序。
15、看药物治疗效果的有没有什么好的研究思路
可以考虑如下思路:(1)确认治疗前后有无明显的表型变化(比如细胞的活性、肿瘤的大小、某些标志基因发生变化);(2)对治疗前后的细胞/组织做单细胞分析,确认对治疗有反应的细胞群;(3)深入研究这些特殊细胞群的转录组,确认和治疗相关的标志基因/信号通路变化;(4)基于(3)的结果提出药理作用的假说。
可以和我们的技术支持详细讨论,制定有效的实验方案。
16、分离那么长时间,转录组的变化会不会不准确
分离时间长,细胞处于压力下确实对转录组有影响。所以要在分离完细胞后尽快制备单细胞文库。还有就是可以设置一些对照组来消除人们对结果的质疑。
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