云平台在线LEfSe差异分析|OmicStudio重磅云工具

各位小伙伴是否还记得咱们公众号2019年发布的云平台 |LEfSe 在线分析教程这篇文章？LEfSe的官方在线分析虽然看起来操作简单，但是很多同学在使用过程中还是多多少少遇到了一些困难，例如全英文的界面，还有复杂层级的输入文档，让人还没开始就想要放弃。

在大家千呼万唤之下，联川生物LEfSe云工具正式上线啦，中文界面，以及最最最简单的操作方法，无需整理表格，直接上传咱的结果文件，LEfSe分析信手拈来。

那么就介绍下具体操作吧。

01打开云工具，上传数据

首先打开联川生物云平台LefSe云工具：

https://www.omicstudio.cn/tool/60

选择LefSe分析工具，然后进入分析页面，选择左侧开始绘制按钮。

打开页面上方绘图数据的“+”，然后分别上传输入数据和分组信息共两张表格，可以下载示例数据看下格式，这两张表格在一般的微生物测序的结果文件都是有的。

第1张表格：代表序列物种注释表格，格式如下图。（在联川生物进行16S/ITS 扩增子测序的同学可以直接使用结果文件中feature_table_with_taxonomy.xlsx 表格）

第2张表格：样本分组信息表格，格式如下图。（在联川生物进行16S/ITS 扩增子测序的同学可以直接使用结果文件中sample_map.xlsx 表格）

02Lda Effective Size (LEfSe)差异计算

勾选需要进行差异分析的组别，设置差异阈值，然后点击开始计算，即可得到LEfSe分析结果表格，温馨提醒一下序列条目很多的话，需要耐心等待下。

表格说明：

• Biomarker_names：Biomarker名称；

• Log_value：各组分丰度平均值中最大值的log10，如果平均丰度小于10的按照10来计算；

• Groups：物种富集的组名；

• LDA_values：LDA值；

• P_value：Kruskal-Wallis秩和检验的p值。

03进化分支图的绘制

设置左侧进化分支图的相关参数，然后点击开始绘图，稍作等待，即可完成图片绘制。

04分布柱状图的绘制

设置左侧分布柱状图的相关参数，然后点击开始绘图，稍作等待，即可完成图片绘制。

参考文献

Nicola Segata, Jacques Izard, Levi Walron, Dirk Gevers, Larisa Miropolsky, Wendy Garrett, Curtis Huttenhower.Metagenomic Biomarker Discovery and Explanation.Genome Biology, 2011 Jun 24;12(6):R60

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