2021联川生物“云平台开发团队”开年直播课资料汇总+问题精选

联川生物云平台在2021开年携后台开发团队做了为期一个月的操作讲解课程，帮助大家解决了很多问题，获得了众多好评。目前第一期已经圆满落幕，小编在此汇总了所有课程资源，有需要的小伙伴们扫描下方海报中的二维码即可回看哦，对于课程中的相关问题进行了收录并答疑↓

10X单细胞转录组部分cluster再分群分析直播问答合集

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10X单细胞转录组部分cluster再分群分析直播问答合集

进化树+靶基因预测

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1我想知道 NWK格式的数据从哪里来的答：进化树分析结果保存为nwk格式即可。2 进化树的文件怎么搞的答：使用进化树分析软件（如megaX）进行分析获得。3 那如果只是看基因之间同源性怎么获得原始文件答：使用进化树分析软件对基因序列进行分析即可获得相应的进化树输入文件。4 那怎么转换为nwk格式呢答：nwk格式是进化树分析结果常用保存格式，大部分软件都可直接保存为该格式。5 从ncbi上就可以获得序列吗答：可以通过在NCBI上搜索基因直接下载基因序列。6 用这个软件可以分析吗答：该工具暂仅支持进化树绘图，不支持分析。

ROC曲线分析+LEfse分析

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1 kw检验是什么检验答：Kruskal-Wallis秩和检验，用于多样本比较。2 LEfSe图可以分不同水平展示吗答：可以的，例如想仅展示属水平，可以在LEfSe云工具中“起始层级”和“终止层级”中均选择“属水平”即可。3 图片上的字体可以修改吗答：暂时不可以修改字体，后面LEfSe云工具的更新会增加这个内容，以及个性化标色等，尽请期待。4 若是biomarkers联合，Roc如何做？答：首先需要上传多指标表格，然后在ROC云工具中选择“进行逻辑回归”即可。5 不同层级分别做LEfSe后能合成一张图吗答：一张图片即可展示不同层级的情况，为啥要分开画然后合成一张呢？如果要合成的话，可以使用ps等软件进行图片合成。6 找差异的物种时候，直接用LEfSe找吗？还是也可以用spps做显著性分析呢？答：LEfSe和spps都可，也可以二者一同佐证。7 进化分支太密了 做出来的LEfSe图太密了 怎么才能疏一些？分支实在太多，倒不是biomarker多，直接删除可以吗?答：可能是由于物种太多的原因造成，可以将一些低丰度的物种删去，后面我们准备在LEfSe云工具更新会增加一块内容，仅绘制差异物种，这样应该可以满足您的需求。8 找biomarker，用什么分析最好？答：每种分析都用各自的优劣，LEfSe比较经典，同时考虑生物学相关性和统计意义，但最近有些新软件/方法(例如qiime2 gneiss)认为使用相对丰度的分析会忽略一些重要信息，因此这个问题见仁见智，但每种方法都有文章应用，都是可以的选择，后续可以验证自己的结论即可。9 Roc可以同时展示总的和分别的Roc吗答：这个是不支持的哦。10 前30是按照哪个组的前30呢答：如果需要筛选的话，可以按照全部样本的。

基因表达差异分析-GEO

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1可以在线改图片吗？答：可以通过跳转到我们OmicStudio云工具，选择合适的云工具进行图片修改。2合并数据集是合并了芯片和测序的数据？答：合并主要目的是为了，利用多个数据集进行联合数据挖掘，可以更有力说明数据分析结论。3已经注册了，个人中心有个合同授权是干什么？答：我们的云平台上部分工具和分析是对应在我司进行合作的项目开放的，可能会用到项目数据，不是数据上传形式的。那么，这个时候，如果1个项目数据需要多人使用的时候，就会需要用到合同授权的版块。比如，您所属项目的合同号，您可以授权给别人使用您的数据，比如您的学生或者项目合作者，那么可以由您的学生/合作者申请授权，您接收到授权邮件，可以将授权码给予被授权者，使其获得授权。 或者，您需要使用您合作者的项目数据，那么您可以通过您的账号申请授权。
4可以用来分析RIP数据吗？答：暂时我们没有上线此部分分析，但是，敬请期待！我们的云平台上内容会越来越丰富的。

相关性聚类标记热图+相关性网络热图

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1 样本不一致可以做吗

答：样本不一致不能计算相关性分析。1.相关性分析需要样本数目一致且样本数大于3才可以计算相关性；样本数一致且小于3相关性系数一般为1或-1，没有实际意义；2.这两个云工具的应用场景是相同样本的某个属性之间（如菌群间）或者两个属性之间（如菌群和环境因子，lncRNA和mRNA等）的关系，所以需要保证样本一直。

2 图上的星号代表什么，正相关还是负相关答：图上星号代表相关性系数的显著性意义，实际就是p值转换的一种符号形式，一般认为p值小于0.05才具有统计学意义。3 无法看出是正相关还是负相关吗

答：相关性正负通过颜色来区分，一般选用三色渐变，这样正相关和负相关分别就是两种颜色，颜色越深代表相关性越强。p值在其中的意义是这个相关性的强弱判断是否可靠，p值越小，代表这个相关性值的可信度越高。

4 图中右侧颜色和圈的大小是一个意思吗答：相关性网络图的模式一，颜色和大小是相同的意思，都代表与这个节点有关联的节点数，模式二中，颜色代表分组，大小代表关联节点数。5 是在线作图吗，自己也可以做吧答：我们讲的是相关性分析的应用场景和对应的在线操作方案。如果您有比较强大的生信能力，可以自己使用R语言绘制。如果您在线绘制后需要个性化调整，我们提供了PPT和DOC格式下载，您可以调整每一个组件的颜色、字体、大小，甚至重组图片结构。6 应该选用哪种算法答：对于高通量数据推荐使用Spearman相关性，该算法适用性较广。对于单表形式微生物组数据可以使用Sparcc算法。7 怎么使用云工具，有相关链接吗答：联川生物云平台大多数云工具都内置了操作说明。另外可以扫码查看收录好的所有精选资料，定期更新，永久有效哦。
8 相关性系数要自己计算吗答：不需要，相关性聚类标记热图内置了相关算法，而使用这个云工具绘制完成之后，可以跳转至相关性网络图继续绘制。另一种方式是使用【相关性分析】云工具，此工具分析完成后可也跳转至相关性网络图继续绘制。9 下载下来的相关性系数可以做显著性标识吗答：下载下来会有一份相关性的矩阵数据以及一份相关性系数对应的p值数据可以用来做显著性表示。10 先做相关性分析再画图？答：目前相关性热图可以自动先计算相关性再绘制热图；相关性网络图需要先计算相关性才能绘制。可以通过相关性热图跳转或者相关性分析工具跳转至相关性网络图。11 和cytoscape有区别吗

答：在绘制网络图上功能类似。Cytoscape相对功能集成度更高，同时学习成本也更大。这个相关性网络图云工具的应用场景非常清晰，并且把这种情况下的默认参数全部设置好了，最简单的操作是【上传→下载】，参数不是必需要调整的，如果没有特殊需求，用默认参数就可以了。

所见即所得，figure有bi格

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