云平台在线PICRUSt2功能预测分析 | OmicStudio云分析

 漫长的生信需求沟通过程是否耗尽了您的耐心？

 自学R语言是否乏味而艰辛？

 生信云平台是否让您眼花缭乱，不知从何下手？

科研数据如果不是自己整理绘制，假手他人总是会不得其要领。有的时候，我们并不知道我们要什么，反复调整观察才是科研的常态，甚至有时兜兜转转我们才了解对方最初已经提供了最佳方案。这个过程，才是我们成长领悟最必不可缺的一环。 

生信学习是有门槛的，沟通无法弥补时间带来的积累，工程师可以告诉你答案，但是无法带你重新经历那些障碍和深坑，那些真正成为养分的东西。尝试是唯一的路径，反复尝试是唯一的捷径。我们能做的，是让这条路更自由一点，拓宽我们尝试的边界，让生信回归工具，让科研更关注意义。 

OmicStudio的云工具都是生信工程师开发维护，沉淀了经过市场检验的售后经验，最了解科研人整理数据研究生信编程并在一次次报错中走投无路的奔溃。

那我们来看看联川生物的工程师们都是怎么处理生信数据进行分析的吧。

应用场景

在做微生物研究时，常规的分析主要是用于探讨环境样品的物种分类组成，不能直接鉴定所研究微生物的代谢或其他功能，因此常用宏基因组项目来实现这一目标，本项分析PICRUSt（Phylogenetic Investigationof Communities by Reconstruction of Unobserved States），是一款基于16s rRNA基因序列预测微生物群落功能的软件，可以用来研究菌的潜在功能或者用于指导宏基因组样本的选择。

l  案例解析1

标题：Characteristics of gut microbiota in pigs with different breeds, growth periods and genders.(2021)

杂志：MICROBIAL BIOTECHNOLOGY

影响因子：5.328

样本类型及数目：120头猪

测序技术：16S rDNA

研究内容：

不同品种、不同生长期和不同性别的猪的肠道菌群在宿主的营养、代谢和免疫的作用。对120头猪不同品种、不同生育期、不同性别的肠道菌群特征进行了研究，找到最丰富的10个属(盘肠菌属)占66.53%，利用PICRUSt2进行功能预测，增强了我们对不同影响因素对哺乳动物肠道菌群影响的了解，有助于提高动物产量协助动物模型研究。

l   案例解析2

标题：Depression phenotype identified by using single nucleotide exact amplicon sequence variants of the human gut microbiome. (2020)

杂志：MOLECULAR PSYCHIATRY

影响因子：12.384

样本类型及数目：40名患者粪便样本

测序技术：16S rDNA

研究背景：

利用人类肠道微生物组来评估是否可以从健康参考者中识别出抑郁症表型个体。

研究内容：

对来自40名受试者的粪便样本中的微生物DNA进行了进行物种分析，应用PICRUSt2预测代谢途径。

研究发现基于微生物类群聚类和神经回路相关代谢通路网络分析，对γ-氨基丁酸、丁酸、谷氨酸、单胺、单饱和脂肪酸和炎症体成分的机器学习方法可以显著区分了健康人和抑郁症表型个体(PERMANOVA P<0.001)，发现微生物组数据可能有着识别抑郁症表型的个体的诊断潜力的作用。

云工具介绍

您一定迫不及待想要尝试一下了吧，来吧来吧，贴上我们联川生物云平台OmicStudio的网址链接。

云分析网址：https://www.omicstudio.cn/analysis

 如何使用PICRUSt2功能预测分析

1.打开云分析

首先打开联川生物云平台PICRUSt2功能预测云分析：

https://www.omicstudio.cn/analysis，点击开始使用。

2.添加分析项目

点击添加一个分析项目，设置备注信息，点击确定

3.开始分析

打开工具选择开始分析按钮

4.  上传输入文件

点击数据上传右侧加号

可以选择使用示例数据或者上传自定义文档

需要上传3个文档，格式如下

5.选择参数

这是数据类型，需要进行功能预测的数据库及功能预测差异分析的比较组

6.开始分析

点击下方开始分析

7.结果下载

进入个人中心，查看分析进度及结果下载

l  参考资料

[1] Stevens, Bruce R.; Roesch, Luiz; Thiago, Priscila.Depression phenotype identified by using single nucleotide exact amplicon sequence variants of the human gut microbiome.MOLECULAR PSYCHIATRY (2020)

[2] Wang, Cheng; Wei, Siyu; Chen, Nana.Characteristics of gut microbiota in pigs with different breeds, growth periods and genders.MICROBIAL BIOTECHNOLOGY  (2021)

[3]TDouglas G M , Maffei V J , Zaneveld J R , et al. PICRUSt2 for prediction of metagenome functions[J]. Nature Biotechnology.(2020)

所见即所得，figure有bi格。联川云平台，让科研更自由。

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