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联川云平台带你玩转肿瘤外显子

运营部-郭欣 联川生物 2024-03-27





您还在为不会绘制肿瘤突变瀑布图、氨基酸棒棒糖图或者是降雨图等而发愁吗?还在为找不到适当的绘图工具而烦恼吗?

或许联川能为您提供更好的选择,联川云平台提供了多个绘图工具,为您轻松发表高分文章助力







【画图第一步】获得绘图文件


利用联川云平台绘制肿瘤全外相关图都是基于MAF文件进行绘制的,但是很多老师都痛苦于怎么将交付结果中vcf文件转换为MAF文件呢?不用焦虑,我们下面就教您如果快速获得maf格式文件。


在https://github.com/mskcc/vcf2maf/releases下载vcf2maf软件,直接运行这个脚本vcf2maf.pl进行注释,例如:

perl vcf2maf.pl --input-vcf SNP.somatic.Mutect2.filter.vcf --output-maf SNP.somatic.Mutect2.filter.maf --tumor-id M10 --ref-fasta hg19_genome_ensembl_v73.noMT.order.fa --filter-vcf 0 --vep-path Softwares/ensembl-vep-release-93 --vep-data variation_annotation/VEP/GRCh37/v93/cache

获得单个样的maf文件后进行合并,最后得到所有样本的maf文件,是不是很简单。








【瀑布图】





瀑布图可以展示SNP、INDEL、CNV变异类型,通过不同颜色展示基因具体的突变情况。按照突变个数对基因进行排序(左侧),列代表样本。每行对应基因在所有样本中的突变以及根据颜色对应下方具体发生哪种突变。右侧对应条形图展示该基因发生不同突变的频率。通过瀑布可以根据突变频率快速找到发生突变最多的基因,也可以通过上方的柱状图快速确定发生哪类突变占比最多的样本。

瀑布图可以说是肿瘤研究中的一张必备图,可以展示多个维度的数据,放到文章中展示结果清晰明了。所以,肿瘤文章中使用频率很高。为了方便绘图,使用联川云平台绘图工具可以做到不安装任何包、设置环境就可以实现绘制瀑布图,具体操作可以参考https://www.omicstudio.cn/tool/73使用指南详细说明。

 







【氨基酸棒棒糖图】





氨基酸棒棒糖图目的是展示某个蛋白中氨基酸发生突变频率及突变类型。通过氨基酸棒棒图可直接展示关键氨基酸是否发生非同义突变,结合肿瘤研究分析,是否会导致异常蛋白表达,进而影响下游免疫细胞招募。因此,在肿瘤研究中氨基酸棒棒糖图对于肿瘤机制研究具有一定的价值。

 

绘制该图输入文件中需要记录氨基酸突变信息。一个蛋白绘制一张图,蛋白名标注在标题中,并注明了体细胞突变率。副标题是其对应的NCBI编号。图片主体是蛋白结构,结构名标在了方框中,其中的“棒棒糖”就是突变。这张图不仅能体现突变密度,还能展示突变类型,并且如果进行了文本标记,可以看到具体的氨基酸突变情况。具体操作可以参考https://www.omicstudio.cn/tool/75使用指南详细说明。







【降雨图】




主要用于展示局部超突变基因组位点,通过在线性基因组尺度上突变距离来展示这些超突变的基因组区域。研究肿瘤特征可以用降雨图进行可视化展示。将突变vcf文件转成MAF格式,作为输入文件上传,绘制降雨图可操作空间很少基本不需要调整参数,基本是输入文件什么样本图片出来就是什么样。具体操作可以查看https://www.omicstudio.cn/tool/76使用指南详细说明。

 

本次就先介绍到这里,联川云平台还有其他绘制突变信息的工具,亲测方便好用。期待各位老师体验,可以提出您的宝贵意见让我们的平台更贴近老师的需求。联川会竭诚为您服务,与您一同探索,为您的科研之路保驾护航。







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