​单细胞研究的的新纪元——单细胞多组学|用户文章系列

近年来单细胞转录组已成为当下最热门的组学技术，由于其能够在单细胞分辨率下对细胞异质性和细胞功能进行研究，广泛应用于发育生物学、肿瘤异质性/耐药性、免疫方向、细胞图谱绘制、干细胞分化、病理诊断、特异性分子标记筛选（如药物筛选、新药开发等）。并且单细胞转录组可以与Bulk-seq、基因组、表观遗传组、蛋白质组或空间转录组联合分析，从多个层次、多个角度去探究细胞间的异质性，使得研究内容更加全面。

例如，单细胞转录组+蛋白组学可以得到更多信息，不仅可以从细胞分辨率下对mRNA进行研究，并且可以对下游蛋白质进行分析，从而能够预测调控蛋白的细胞来源，同时也能联合筛选生物标志物，帮助明确候选标志物的范围。单细胞转录组+空间转录组则可以同时得到单细胞亚群分类以及这些细胞类型在空间上的定位。

单细胞转录组与其他组学的联合应用的优势不仅仅体现在研究内容的丰富程度，同时也表现在发文的影响因子上。现如今单细胞转录组的发文状态也与前几年大相径庭，在18、19年单细胞转录组单个组学就能够轻松发IF>10的文章，而目前在高分文章中已经很少能看到了，更多的是单细胞转录组与其他组学的联合应用，这也逐渐成为了一种趋势。

用户文章示例

题目：Distinct single-cell immune ecosystems distinguish true and de novo HBV-related hepatocellular carcinoma recurrences

发表时间：2023.1

发表期刊：Gut

影响因子：31.793

所用组学：单细胞免疫组，转录组测序，外显子测序

在本研究中，作者收集了20名患者的23个肿瘤组织和11个配对的癌旁组织，进行单细胞免疫组测序和转录组测序，作为发现队列；将另外26名具有配对原发及复发样本的患者组成验证队列1，并进行转录组测序；同时另外47名具有配对原发及复发样本的患者组成的验证队列2进行外显子测序。

通过外显子测序分析原发性和复发性肝癌样本的突变谱和进化轨迹，确认了真正复发和新生复发。利用单细胞免疫组发现复发肝癌的特点是KLRB1+CD8+T细胞增加，并具有记忆表型和低细胞毒性。而新发肝癌中细胞毒性和耗竭的CD8+T细胞则表达较为丰富。转录和相互作用分析显示，GDF15在靠近树突状细胞的肝癌细胞上表达增加，这可能抑制了抗原提呈，并抑制了复发肝癌的抗肿瘤免疫。相反，髓系细胞与T细胞的相互作用导致了肝癌复发时T细胞的耗竭和免疫抑制。

本研究揭示了与肝癌真正复发或新生复发相关的独特免疫应答改变，为精准防治肝癌不同类型复发提供了免疫治疗策略指导和科学依据。

题目：Nanoparticle enhanced combination therapy for stem-like progenitors defined by single-cell transcriptomics in chemotherapy-resistant osteosarcoma

发表时间：2020.5

发表期刊：Signal Transduction and Targeted Therapy

影响因子：38.104

所用组学：单细胞转录组、Chip-seq、RNA-seq

本研究利用单细胞转录组测序技术构建了来自化疗耐受骨肉瘤患者样的细胞类型特异性基因表达图谱。研究数据表明，VEGFR2和JMJD3双阳性表达细胞为静态干细胞样细胞，据此建立了骨肉瘤中具有治疗抗性的干细胞样/祖细胞（高表达JMJD3基因）层次结构。协同VEGFR2抑制剂和JMJD3抑制剂可以抑制骨肉瘤细胞增殖和肿瘤生长。

通过chip-seq发现对H3K4me3和H3K27ac水平均升高的基因主要参与内质网胁迫引起的细胞凋亡。通过RNA-seq发现药物处理后细胞的差异基因也主要为内质网应激基因。从而表明骨肉瘤细胞的协同治疗可以通过激活促凋亡因子CHOP引起内质网应激，从而诱导凋亡，但干细胞样/祖细胞对此却表现出适应性应答，从而导致其存活。单细胞转录组测序数据同时揭示了骨肉瘤干细胞样/祖细胞通过增加GSH的合成以抵抗ER应激介导的凋亡作用来获得生存优势。

通过使用GSH响应型纳米颗粒（可以有效地装载和释放药物）与靶向VEGFR2和JMJD3的小分子抑制剂封装在一起，极大促进了联合药物的药效，为肿瘤耐药治疗提供新的思路。

关于联川

杭州联川生物为全球各地的科研用户提供基因组、转录组、蛋白组、代谢组，以及单细胞和空间组学测序服务。单细胞测序作为联川战略发展方向，在组织解离和单细胞生信分析方面充分发挥自身优势，为客户提供优质的服务。目前已经与100多个国家及地区的科研院校、医院、制药公司建立起了长期的合作伙伴关系，累计发表单细胞测序相关的SCI论文近百篇，影响因子平均15+。

相关阅读

点击下方图片进入云平台资料汇总：

所见即所得，绘图高规格联川云平台，让科研更自由

点个“在看”不失联