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单细胞RNA-Seq产品全新升级,再不来就晚了

吴蔚瑶 华大科技BGITech 2019-05-11
 

您是否一直在默默关注着单细胞的研究领域,

却没有合适的切入点?


没关系,科技君今天将为大家介绍华大基于10X Genomics平台的高通量单细胞RNA-Seq产品全新升级的内容,带您轻松了解此次升级。


在这里,您只需要提供细胞或组织,即可轻松体验时下最热门的高通量单细胞测序技术!仅一套标准分析内容,即可将各大高分单细胞文章的热点分析内容一网打尽!


华大基因基于10X Genomics高通量单细胞RNA-Seq产品推出至今,积累了丰富的项目经验,经过近一年时间的厚积,产品进行了信息分析全面大升级! 这次的升级内容结合了目前单细胞研究的主流分析需求,升级后的信息分析结果可视化更强、结果获取更容易!新增基因功能研究,分析内容更丰富,让您的分析结果不止有份量,更有深度!


产品升级新看点:


1. 双管齐下,同时提供两套单细胞RNA测序专业软件分析结果,可靠性更强!


使用官方配套的Cell-ranger软件+单细胞研究的主流Monocle2软件,双重分析,两套数据结果,再也不用担心投稿的时候被编辑质疑数据的可靠性了!


图1 单细胞RNA-Seq数据分析工具:Monocle数据分析包


2. 使用华大专利的单细胞共表达分析算法,结果准确率更高!


以往的共表达分析软件多基于单管单细胞RNA-Seq的测序数据和常规组织块RNA研究的测序数据,这两种样本类型的数据与高通量单细胞RNA-Seq数据往往存在着两个较大的差别:

(1)分析样本的起始数目较少,集中在几个、几十个或几百个;

(2)常规组织块RNA的表达是整个组织表达的平均值。当我们使用这样的软件处理上千上万个单细胞数据时,会遇到软件算法不适用,或共表达模式的分析结果与生物学实验预期不吻合等问题。


华大专利的单细胞共表达分析对亚群中特异共表达基因的算法进行了优化,帮助发现关键的调控基因与调控网络,更好的理解细胞亚群的功能,帮您还原真实的细胞共表达趋势!

图2 华大专利的基因相关性共表达网络分析结果图


图3 传统用来做共表达网络的方法遇到的分析弊端

比如WGCNA或者计算相关性只能发现在所有细胞中均显著相关的基因对(图A),但是对于只在某些细胞中表达的基因对(图B),或者只在某些细胞中出现共表达调控现象的基因对(图C),则无法检测出来。


3. 常规RNA研究该有的基因功能分析:KEGG、GO富集、Pathway功能富集、转录因子分析等,该有的功能研究,我们一个也不落下!


众所周知,人类的多种疾病都与基因的结构或功能异常有关。因此,在研究的过程中,基因功能分析必不可少,我们的这次全面升级当然也少不了! 


图4 基因功能分析


4. 高通量单细胞RNA-Seq的分析热点,模拟时间变化序列分析的加入,让你的结果不仅全面,有深度,更贴近研究前沿。


图5 拟时间序列分析结果


划重点:升级不加价


我们的优势:


更专业的单细胞研究团队。由从事单细胞Droplet技术、微流控方向研究时间长达5年多,发表12篇的资深研发技术总监率领研发团队。


更丰富的项目经验。 华大基因成立至今,单细胞测序技术服务时间长达10余年,期间,合作伙伴遍布全球,多项科研成果发表于顶尖杂志《Cell》、《Nature Communications》等。


更多样的样本类型。除常规的细胞悬液样本、细胞系样本以外,还可以接收组织样本,提供组织解离服务(肿瘤组织)。


更接近前沿热点信息分析内容。除标准分析以外,还可提供模拟时空变化表达聚类分析等,多种可视化分析软件可供选择,让数据易懂性更强。


合作发表的部分单细胞高分文章:



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撰稿:吴蔚瑶

编辑:市场部


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