重磅 | 华大PMseq® CNV分析流程全新上线

疾病的发生一方面源于传感染性疾病如外源入侵，另一方面可能源于非传染性的病因，对于不明原因发热的病人，感染或肿瘤都可能是致病的元凶。人源数据CNV (拷贝数变异) 鉴定的高特异性，使其成为一项可行的鉴定技术，可以在探寻传感染性病因之外，对非传染性病因给出一些参考，为患者的后期治疗提供可靠的方向。

华大基因PMseq^®新增CNV分析流程，可利用PMseq^®人源数据进行宿主的染色体变异拷贝数检测，从而充分挖掘检测数据信息，通过对PMseq^®病原微生物高通量基因检测的数据与人类参考基因组数据库 (hg38) 进行比对分析，基于circular binary segmentation algorithm (CBS) 算法检测10M以上的拷贝数变异，给出患者染色体异常的检测结果。PMseq^®病原微生物高通量基因检测疑似病原体的同时可以检测CNV变异，有助于鉴定感染病原体的同时，发现患者潜在的肿瘤风险。

究竟什么是CNV呢？

CNV (Copy number variation, CNV) 也叫拷贝数异常，属于基因组结构变异，可分为两个层次：显微水平 (microscopic) 和亚显微水平 (submicroscopic)。显微水平的基因组结构变异主要是指显微镜下可见的染色体畸变，包括整倍体或非整倍体、缺失、插入、倒位、易位、脆性位点等结构变异。亚微水平的基因组结构变异是指DNA片段长度在1Kb-3Mb的基因组结构变异，包括缺失、插入、重复、重排、倒位、DNA拷贝数目变化等，这些统称为CNV。

为什么CNV分析可以提示肿瘤风险呢？

大多数的恶性肿瘤存在染色体的拷贝数变异，已有研究显示^[1]，肺泡灌洗液、胸水、腹水等标本通过mNGS进行CNV分析提示肿瘤风险时，其敏感性和特异性分别为82.5% (80/97) 和100% (77/77)，因此CNV变异可以作为提示恶性肿瘤风险的重要标志。

案例一

血液科，24岁男性患者，临床表征为发热，诊断信息为急性髓系白血病 (AML)，先后于2022年3月24日和4月6日进行外周血采样，送检PMseq^®-DNA血流感染病原微生物高通量基因检测，PMseq^®检测结果均为阴性，未检测到疑似病原体。对PMseq^®检测数据，同时进行CNV检测，均检测到相同的CNV。(检测结果如下图)

3月24日取样样本CNV检测结果图：

4月6日取样样本CNV检测结果图：

案例二

血液肿瘤科，12岁女孩，间断发热10余天，临床诊断为急性淋巴细胞白血病，使用利奈唑胺、伏立康唑、美罗培南抗感染用药，送检PMseq^®-DR血流感染病原微生物高通量基因检测，PMseq^®检测结果为金黄色葡萄球菌3条序列。对PMseq^® DNA检测数据，同时进行CNV检测，检测结果为阳性。(检测结果如下图)

案例三

肿瘤内科，3岁男童，临床症状为发热，肝功能异常，临床诊断为肝母细胞癌，使用头孢唑肟抗感染药物，送检PMseq^®-DR血流感染病原微生物高通量基因检测，PMseq^®检测结果为阴性。对PMseq^® DNA检测数据，同时进行CNV检测，检测结果为阳性。(检测结果如下图)

PMseq^®高测序数据量为CNV分析

保驾护航

PMseq^®检测平均数据量产出已可达40M；Pro高敏版平均可达100M。高数据量下病原体检出数量及灵敏度得到大幅提升，与此同时，特定高覆盖率的病原体可以实现耐药/毒力基因的检测。CNV分析流程作为PMseq^®检测流程的升级模块，在进行病原体鉴定、以及耐药/毒力基因检测的同时，进行人源数据CNV分析，助力鉴定感染病原体和发现潜在的肿瘤风险。

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华大基因PMseq^®一直以来秉承高数据量的测序策略，不仅保证病原序列检测准确，更能够支持开展CNV分析，助力临床精准判读和决策。同时，华大基因以高标准严要求的产品质量管理体系，不断提高病原诊断阳性率，辅助临床精准用药，全面助力感染性疾病精准诊疗。我们始终秉承“基因科技造福人类”愿景，坚持用基因科技护佑您的生命与健康。

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参考文献：

[1] Gu W, Talevich E, Hsu E, Qi Z, Urisman A, Federman S, Gopez A, Arevalo S, Gottschall M, Liao L, Tung J, Chen L, Lim H, Ho C, Kasowski M, Oak J, Holmes BJ, Yeh I, Yu J, Wang L, Miller S, DeRisi JL, Prakash S, Simko J, Chiu CY. Detection of cryptogenic malignancies from metagenomic whole genome sequencing of body fluids. Genome Med. 2021 Jun 1;13(1):98. doi: 10.1186/s13073-021-00912-z. PMID: 34074327; PMCID: PMC8167833.