大火的单细胞分析软件Seurat，不能正常安装，怎么办？

大火的单细胞分析软件Seurat，不能正常安装，怎么办？

单细胞分析的文章在近几年如雨后春笋一般，热度一直有增无减。而用于分析单细胞转录组的基于R的Seurat安装包，很多人表示安装总是出问题。

“巧妇难为无米之炊，码农最恨bug常追”。为了帮助大家都能成功安装软件，在这里分享一下我安装这个软件的心路历程。

第一步：Anaconda下载和安装

推荐大家使用Anaconda进行安装，安装教程得益于尧小飞大神指导，该方法完美地解决了Seurat安装包版本问题，甚至，你都不用担心镜像的选择。接下来按照我的步骤，一步一步地进行安装吧。

Anaconda可从官网下载所需要的版本：https://repo.anaconda.com/archive/

Anaconda安装较为简单，下载文件最新版本的Anaconda：Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh

接下来，放心地安装吧，命令行如下：sh Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh

接下来是交互界面，一直回车，直到出现是否接受许可协议。输入：yes

接下来会提示选择安装路径，默认是在个人home目录下，也可以选择指定安装目录。

需要注意的是，当你指定的安装目录已经存在了，就会出现以下报错，甚至你删掉了该目录还是会报同样的错误。

莫慌！ 根据界面显示使用sh Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh -u 进行安装。然后选择你自己要安装的位置。

安装最后会提示是否将Anaconda3添加到~/.bashrc文件中，可以根据自己需要选择。

接下来，设置环境变量：export PATH=/my/home/Anaconda3/bin/:$PATH

第二步：安装R

• 安装R之前，首先需要配置conda

1conda config --add channels conda-forge
2
3conda config --add channels defaults
4
5conda config --add channels r
6
7conda config --add channels bioconda 

• 之后安装R

conda install r

anaconda会随着其版本安装默认的R版本号，我的是3.6.1，如果要升级或安装之前的版本，可使用 conda update r r=3.5.2

anaconda装的R中其镜像没有清华的镜像，但对于国人来说，清华镜像能满足你大部分的需求。

• 添加anaconda的TUNA镜像

1conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
2
3# 设置搜索时显示通道地址
4
5conda config --set show_channel_urls yes

• conda安装R包有两种方式：

一种是使用conda命令安装：conda install -c r package-name

需要注意的是conda下面的R包的名称与普通R包的名称不一样，具体名称可以在官网上面查询（http://docs.anaconda.com/anaconda/packages/r-language-pkg-docs/）。

另外一种是直接进入conda下面的R交互界面，安装普通R包的方式进行安装，比如bioconductor或者install.packages方式。

Anaconda安装的R自身带的R包比较少， 用命令（.packages(all.available=T)）查看自带的基础包，可用的包只有52个，像常用的ggplot都没有，因此需要安装很多基础包，如果一个一个地安装，实在是太麻烦。

Anaconda提供了一个快捷安装很多基础包的命令：conda install -c r r-essentials，里面自带了100个常用包。查询conda官网的R包的链接如下：

http://docs.anaconda.com/anaconda/packages/r-language-pkg-docs/。

上述干货来源于尧小飞的描述，在此做一个搬运工。吼吼吼。。。

第三步：安装Seurat包

• 安装

安装Seurat时，如果直接使用R进行安装，可能发现所选择的镜像似乎都不能正常安装，可以采用 conda install -c r package-name的方式进行安装。

Seurat的安装方式是conda install -c r r-seurat。该方法速度很快哦，比R的交互界面安装包速度大概提升了10倍~ 当然，这个数字也得看个人网络问题。

• 导入

然而，又双叒叕，导入包还是报错了。

1> library(Seurat)
2
3Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
4
5unable to load shared object 
6'/anaconda3/lib/R/library/Rtsne/libs/Rtsne.so':
7
8 libopenblas.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory

报错告诉我们，没有libopenblas包。没关系， 方法总比困难多嘛。

• 解决报错

根据官方网站 https://anaconda.org/conda-forge/libopenblas提供的方法安装libopenblas，选其中之一即可。两种方法均不需要root权限哦~

To install this package with conda run one of the following:

1conda install -c conda-forge libopenblas
2conda install -c conda-forge/label/broken libopenblas

导入包后，可能会提示默认的R版本中装globals和listenv的版本比较低，根据提示的版本信息，采用conda升级即可。

1conda install -c r r-globals=0.12.5
2conda install -c r r-globals=0.8.0

终于装好了啦，此处应该有掌声！

最后来一句，踩坑不易，且行且珍惜~~~

再有着急抓狂装不上的软件，记得来找小编。

参考文献：

1.https://www.jianshu.com/u/231bf959a6fd

2.https://anaconda.org/conda-forge/libopenblas

作者：僵小鱼

审稿：童蒙

编辑：angelica

感谢僵小鱼供稿！

原文来源于：

https://www.jianshu.com/p/d90da82c4b54

封面图来源于：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29942094/

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