入驻服务丨BioTOP公共技术服务上新啦！小核酸药物的序列确认（sequence confirmation）

小核酸药物包括siRNA、反义核酸ASO、核酸适配体Aptamer、基因编辑前导序列CRISPR guides等，合成工艺简单、工业放大容易，从基因水平开始治疗，相比蛋白药物有明显的优势。近年来，小核酸的化学修饰与递送系统的改进，不仅增强了稳定性、特异性和功效，而且减少了副作用，正受到越来越多关注。
在小核酸药物研发过程中，序列确认是一个十分重要的部分。传统的凝胶电泳、片段分析等手段只能得到片段大小信息，得不到核苷酸序列的排列信息。为了更好地服务企业，百拓公共技术服务平台利用Agilent 6545XT AdvanceBio LC/Q-TOF 高分辨质谱系统和为小核酸序列确认专门开发的软件MassHunter BioConfirm 12.0（Sequence Confirmation），建立了小核酸序列确认的质谱方法，致力于为客户提供全面、便捷的技术服务。

液相质谱系统示意图（图源：安捷伦官网）

阶梯可视化形式展示示意图

通过一级MS在分子量水平对核酸进行分析后，可使用 Sequence Confirmation 对可能的序列使用二级碎片进行确认。编辑处理数据的方法及工作流程进行二级碎片匹配和覆盖率的计算，覆盖率达到100%。

二级碎片匹配流程示意图

BioConfirm 12的序列编辑器中，核酸（oligonucleotide）由building block（碱基base+戊糖）和linker构成。软件内已预设好相关常用的building block、linker、modification，也可以新增个性化的自定义修饰。当碱基有固定修饰时，可编辑新的 Building Block 来定义有修饰的碱基，如GalNac即可作为固定的building block。

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责编：何文正

审核：任旭

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