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别在做图上浪费时间了,选对软件搞定5类SCI常用图表

2016-11-17 医生科研助手 解螺旋



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作者:解螺旋.麦子

如需转载请注明来源:解螺旋·医生科研助手


导语

做科研绝对是一项综合工种,数据统计、图表制作、写代码、PS、做实验,样样都要会一点,单就做图这一项,就足够你研究半天的了,好在科技发达,各种软件工具层出不穷,选对软件,你就成功了一大半。

统计图 统计图是一大类,也是各种文章的重头戏。任何把数据用图像形式展示出来的都可归为此类,包括经典的折线图、曲线图、柱状图等等,比如:

Tumor-Induced IL-6 Reprograms Host Metabolism to Suppress Anti-tumor Immunity

InFlo: a novel systems biology framework identifies cAMP-CREB1 axis as a key modulator of platinum resistance in ovarian cancer
 
The Cholesterol Metabolite 27-Hydroxycholesterol Promotes Atherosclerosis via Proinflammatory Processes Mediated by Estrogen Receptor Alpha
这类统计图,解螺旋推荐过几种软件的教程供大家选择,最常用的就是
Graphpad Prism:《Graphpad Prism搞定折线和曲线图,so easy!》《Graphpad Prism搞定各种柱状图,so easy!》;Sigmaplot:《学会Sigmaplot,让美腻配图给论文加分》OriginPro8:《跟着13分文章学作图,等着收获SCI吧(origin8教程)》
当然,我们耳熟能详的Excel也是可以的,效果不差。但有时候它会比较麻烦,比如这种情况:

Autophagy Regulates Cholesterol Efflux from Macrophage Foam Cells via Lysosomal Acid Lipase
各数据差异太大,LDL这组都快看不见了。要是纵坐标分段显示就会好一些,例如这篇文章的做法:

Jejunal T Cell Inflammation in Human Obesity Correlates with Decreased Enterocyte Insulin Signaling
有一组数值达到近75,其他组则比较低,有一组甚至还不到1,将纵坐标分段显示的话,<10的一段就可以清晰展示,而10~0段省略,再展示50~100段,这样各组的差别就比较直观。这时候用Excel就让人头疼,老谈号称Excel的铁杆粉丝,都放弃了……乖乖用Graphpad Prism吧。 森林图 森林图是统计图中比较特殊的一类,是meta分析中的重要部分。所有做Meta分析的软件都可以制作森林图,但不同的软件对图形格式的控制不同。

Association between allergic conditions and risk of prostate cancer: A Prisma-Compliant Systematic Review and Meta-Analysis
我们介绍过Meta-disc的做法:《工具 | 手把手教会用Meta-disc做森林图》还有RevMan的做法:《META系列:10分钟学会亚组分析森林图(另含线下课程通知)》 漏斗图 和森林图一样,漏斗图也是Meta分析的特征之一,经常用它来检测报告的偏倚。

Association between allergic conditions and risk of prostate cancer: A Prisma-Compliant Systematic Review and Meta-Analysis
我们介绍过RevMan的做法:《手把手教你如何使用RevMan软件绘制漏斗图》 信号通路图
Uncoupling Nuclear Receptor LXR and Cholesterol Metabolism in Cancer
就是这种用符号式的简化图形描述一系列生化反应过程的信号通路示意图。看起来工程浩大,但其实做起来不难。我们介绍过简单易学的Pathway tool和ScienceSlides:《两款作图神器,秒杀CNS高逼格配图(内含软件下载)》,还有高冷但精致的PS:《简单3步做出CNS级信号通路图》 照片处理 照片是记录实验中典型病变或现象的一种比较直观的方法,也包括各种临床影像学检查如CT、MRI等的电子图像,多见于临床实验、病例报告、动物实验,比如:

Mutations in CPAMD8 Cause a Unique Form of Autosomal-Recessive Anterior Segment Dysgenesis
或作为实验中某些操作步骤的形象说明:

Itch relief by mirror scratching. A psychophysical study
基础实验中,各种显微镜下观察病理标本的照片更常见,如HE染色、荧光染色、电子显微镜照片等:

Mutations in CPAMD8 Cause a Unique Form of Autosomal-Recessive Anterior Segment Dysgenesis. The American Journal of Human Genetics 0.
这些图片虽然是直接相机获取,不需要太多的加工,但处理的时候仍然有一些注意事项,包括图片大小、色调的处理,注释文字的字体字号,标尺、指示箭头的应用等等,详见《干货 | 一文搞定80%SCI期刊的作图》

精彩内容回顾(回复左边数字查看):

61:非编码RNA类型及功能汇总,吐血推荐!

62:一文读懂 | 与自噬相关的mTOR信号通号

63:干货 | Oligo设计引物,就是这么简单

64:跟着13分文章学作图,等着收获SCI吧(origin8教程)

65:干货 | 磷酸化抗体使用必杀技

66:Discussion写作模板:从3分、5分到10分

67:一文包会:Web of science数据库应用宝典

68:读图 | qPCR那些奇奇怪怪的曲线都代表啥?

69:MicroRNA,如何实现从零基础到10分的跨越

70:ELISA实验操作中值得关注的细节大盘点

回复SCI、国自然、信号通路、CNS、实验工具、统计查看相应专栏文章!

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