​答读者问 （十一）如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件？

往期回顾

问题

在“答读者问 （九） 如何将数百个文件整合为一个矩阵”中我们谈过类似的问题，这篇推送主要是将这个方法运用到我们的单细胞数据读取中。

怎么解决问题

比如我有这么个文件夹，其中有四个子文件夹

每个子文件夹中包含的都是cellranger的输出文件

我们来操作一下：

读入文件

samples=list.files('data')#列出路径中的样本
samples
## [1] "Control1" "Control2" "Model1"   "Model2"
dir <- file.path('data',samples)#得到样本路径
names(dir) <- samples
dir
##        Control1        Control2          Model1          Model2 
## "data/Control1" "data/Control2"   "data/Model1"   "data/Model2"
if(!require(Seurat))install.packages('Seurat')
## Loading required package: Seurat
## Warning: package 'Seurat' was built under R version 4.0.5
## Attaching SeuratObject
counts <- Read10X(data.dir = dir)

创建Seurat对象

scRNA1 = CreateSeuratObject(counts,min.cells = 3, min.features = 200)
unique(scRNA1$orig.ident)#变量就存在这里
## [1] Control1 Control2 Model1   Model2  
## Levels: Control1 Control2 Model1 Model2
scRNA1$sample <- scRNA1$orig.ident#你也可以转存一下

接下来走这两讲的内容就可以分析啦

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最近发现后台中有一些消息我没能及时看到并答复，微信后台中超过48h后便不允许回复读者消息，这里还是再给大家留一下答疑的扣扣号，方便大家随时交流：1913507043。微信号可以点击喜欢作者后自动回复里有。欢迎大家向我咨询或者提供建议。大家可以阅读完这几篇之后添加我：如何搜索公众号过往发布内容
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