给你安排一个懂生信的工具人（六）：再也不怕装不上packages了

往期回顾：

事情的经过：总是有小伙伴发消息来问各类packages为何安装不上，装不上的原因也总是五花八门；有的是镜像原因，有的是依赖关系出了错，有的是版本冲突（这是最常见的原因），有的是安装方式不对，更有甚者，单纯就是包的名字打错了。。。

想要学会怎么安装R包，你可能先需要掌握这些（我文章里蓝色的字都是可点击的超链接，这居然也有人不知道。。。）：

R语言基础：

初识R语言

Biomamba，公众号：BIOMAMBA科研笔记打开R语言的大门

R语言精华

Biomamba，公众号：BIOMAMBA科研笔记30条R语言基础命令

R包安装

BIOMAMBA，公众号：BIOMAMBA科研笔记安装R包的几种方式

考虑到装包是一件极其枯燥、无技术含量却又十分必要的事情，这里我给大家提供了最简便的解决方法——我装好喂给你：

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B站同步播出：https://www.bilibili.com/video/BV1334y197Pw?p=2

视频中用到的代码也很简单：

library(Seurat) 
library("Seurat", lib.loc="C:/Program Files/path/3.6.3.library/")

文末有视频里所用到的文件链接，需要的同学请在文末自取。

下面列出一些常用R包的安装方法，由于是本人早期整理，其实我的工作环境中远不只这么多R包，感兴趣的小伙伴可以自行安装试一试。

install.packages("Seurat")#单细胞测序
install.packages("ggplot2")#绘图，不解释
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) 
  install.packages("BiocManager") 
BiocManager::install("multtest")
BiocManager::install("multtest")
BiocManager::install("org.Hs.eg.db")#ID转换
install.packages("gganimate")
install.packages("gapminder")
install.packages("tweenr")
install.packages("gifski")
install.packages("av")#绘制动图
install.packages("RCircos")
install.packages("ggthemes")#绘制Rcircos图片
install.packages("dplyr")#高效数据清理的R包
install.packages("pheatmap")#绘制热图
install.packages("ggcorrplot")#相关性计算及可视化
install.packages("reshape2")
install.packages("factoextra")#PCA分析
install.packages("tm")
install.packages("NLP")#英文文本挖掘
install.packages("jiebaRD")
install.packages("jiebaR")#中文文本挖掘
install.packages("devtools")#一个让开发R包变得简单的工具集
install.packages("clustree")
BiocManager::install("SingleR")
install.packages("vegan")#画群落堆积图的图片
install.packages("ggthemes")
install.packages('R.utils')
library(devtools)
install_github('mojaveazure/loomR')#TF预测的依赖包
devtools::install_github("aertslab/SCopeLoomR", build_vignettes = TRUE)
BiocManager::install("ComplexHeatmap")
BiocManager::install("clusterProfiler")
install.packages("extrafont")#与字体相关
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("STRINGdb")
install.packages("tidyverse")
devtools::install_github("sqjin/CellChat",force = TRUE)
BiocManager::install("WGCNA")
BiocManager::install("tidyverse")
if(!require(xlsx)) install.packages('xlsx')
BiocManager::install('pcaMethods')
devtools::install_github("velocyto-team/velocyto.R")
install.packages('githubinstall') #加载github
library(githubinstall)
githubinstall('velocyto.R')
BiocManager::install('rlang')

为大家准备好了不同版本下的各类R包（尤其是单细胞系列课程里用到的R包，已悉数安装），一共10个G，需要的同学请自取

下载链接：

链接：https://pan.baidu.com/s/1bpF5rIYWwr-y-4LkklEOxg

提取码：u58c

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