装着装着我R没了？

R真没了

这两天新拉了台服务器，准备以后长期使用，新环境嘛，总有些packages需要重新安装，比如诸位经常装不上的Seurat，如今我也装不上了（R4.2.0）。我一看大喜，这不又是一篇推送？想着怎么解决里面的版本问题，于是试图通过remove.packages()去删除一些不兼容的依赖包并装上指定版本。删着删着就发现R崩了，再也进不去了。这也提醒大家有些r-base里的包是不能卸载的。

不过说到这里倒是提醒我，以后可以开一个装包的系列推送，有些包装不上报错很好理解，例如这里Seurat装上其实就是因为依赖包没就位，一一装上即可。虽然之前也给大家做过一些R包安装的教程（答读者问 （十二）ERROR: have no zero exit status   &  安装R包的几种方式 &给你安排一个懂生信的工具人（六）：再也不怕装不上packages了），但是有些包安装出错时未必会准确在报错里告诉你解决方案，例如Cellchat依赖rtools、infercnv依赖rjags、有些包还对gcc版本有要求或者依赖一些其他的库。既然如此，以后安装package遇到报错都更在推送里好了。

这里的话，在Linux中与其手动一个个安装Seurat的各个依赖包，不如直接用conda一行搞定Seurat:

首先安装一下conda：

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.shbash Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh #下载并安装conda
#添加一些镜像conda config --add channels defaultsconda config --add channels conda-forgeconda config --add channels bioconda#增加bioconda，方便安装生信软件
#最近阿里的镜像似乎比较稳定：conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main/conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/conda-forge/conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda/

一行搞定：

conda install r-seurat

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笑一笑也就算了有关提高"Biomamba 生信基地"运行效率事宜

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