“人类基因组早被测序，但其功能至今深藏不露，真是‘知人知面不知心’。这严重妨碍了疾病诊治。21世纪生物医学的重要任务是解码人类基因组这部‘神秘天书’。”上海科技大学生命学院教授、耶鲁大学客座教授池天感慨。
工欲善其事，必先利其器。池天领衔的课题组历时八年开发的一种高通量小鼠基因解码技术iMAP，为破解“天书”提供了强大武器。这一成果也于近日在国际顶尖学术期刊《细胞》（Cell）上发表 。
人类至少有500种细胞和约2万个蛋白编码基因。早在2001年，国际人类基因组计划就公布了这些基因的序列。然而迄今为止，这些基因在各种细胞中的功能仍鲜为人知，这严重妨碍了疾病的诊断和治疗。要系统性解码全部基因在全部细胞中的功能，必须将每个基因分别在各种细胞中“敲除”（剔除）再鉴定其造成的细胞表型，即描绘完整的“扰动图谱”。有了完整的扰动图谱，探索任何基因的基本功能将像“查字典”一样简单。不过，用传统基因解码方法无法快速有效地描绘扰动图谱。池天课题组为突破这个困境迈出了“从0到1”的关键一步。池天介绍，课题组开发的iMAP融合了Cre-loxP和CRISPR-Cas9技术，其中，Cre是微生物的“重组酶”，能识别叫LoxP 的小片段DNA序列，使两个LoxP发生组合；而CRISPR-Cas9是微生物的“核酸酶”，俗称“魔剪”，被广泛用于基因编辑。iMAP能在小鼠里敲除上百个基因，但每个细胞只敲除其中之一，从而可快速普查不同的基因分别在全身各种细胞中的基本功能，即描绘扰动图谱。
另外，这种新型的基因敲除小鼠，可通过简单地配繁，衍生出上百种传统的‘单基因敲除小鼠品系’，从而大大降低其制备成本。
简单地说，iMAP将基因解码速度提高了上百倍， 我们试图以后将其提高500倍。
微型扰动图谱，展示100个sgRNA分别在39个组织/细胞类型中的丰度
作为概念验证，池天团队检查了90个基因敲除后分别对39种器官/组织/细胞的存活、扩增或细胞分化的影响，描绘了全球第一张扰动图谱。虽然这张图谱只是全基因组图谱的雏形，但已提供了大量难以用其他技术轻易获得的宝贵信息，更为描绘全基因组图谱奠定了基础。iMAP诞生的背后是一场长达八年、历经六届学生前赴后继努力的科学“马拉松”。2014年，CRISPR-Cas技术已问世，而池天又熟悉Cre-loxP。他突发奇想，能否融合这两种技术，但同事并不看好。“这也不奇怪，因为iMAP太新了，没有主流技术可以直接对标。”池天回忆。他表示，突发奇想并不难，难的是使其实现，因为有不少隐蔽的“坑”。“我们主要通过试错法，摸着石头过河。老鼠实验周期长，每次失败，常意味着半年以上的时间被浪费，真是步步惊心。”例如，池天团队利用文献报道的LoxP突变体解决了自发重组的问题，但不料该突变体却没有表现出应有的一个必需特性，导致团队需要从头设计突变体；团队试图利用CRISPR沉默靶基因，虽然体外效果不错，不料小鼠内却很弱…… 为使同行避免重蹈覆辙，这些失败的实验，部分已于2年前以预印本形式发表。参与小鼠繁殖、鉴定、造模等实验的张校铭坦言，自己最大的收获是对逻辑思维方式的训练。“很多时候，小鼠体重的变化、细胞分群的比例等细微变化都在告诉你接下来实验的走向。一开始大家会认为这些细微的变化就是误差，但往往最后实验的结果都不理想。”他说，“仔细分析后发现，导致结果不理想的原因，与开始时的实验细节是有因果关系的。”据了解，单细胞生物学的领军人物维夫·雷格夫已与池天酝酿发起“单细胞扰动图谱计划”，准备在全球范围内联合多个实验室，利用iMAP在单细胞水平描绘小鼠全部2万个蛋白编码基因在全身各组织的扰动图谱。除了鉴定蛋白编码基因的功能，iMAP也可用于解码基因组任何其他序列、探索“老药新用”和筛选药物靶点等。iMAP理论上也能推广到小鼠以外的物种，有水稻专家已经计划利用iMAP改良水稻品种。耶鲁大学一位国际著名免疫学家给池天团队的贺信中预言，“iMAP将变革众多领域”。池天表示，成果的产出离不开上海科技大学浓郁的科研氛围、足够的经费支持和良好的仪器设备。此外，上科大还一直鼓励产业转化，提供孵化器等实质性帮助，目前还积极和池天一起推动科技公司的创立，近期目标是利用iMAP筛选肿瘤免疫疗法的优质靶点，并在今后延伸到其他重大疾病。