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生信技能树2018年终总结(希望有你)

生信技能树 生信技能树 2022-06-06

首先感谢唐医生提供魔都市中心高层湖景落地大窗会议室,让我们生信技能树团队得以在2018的尾巴聚集一下做年终总结。

//好书分享//


在这里我需要感谢长期合作伙伴图灵出版社,每月赠书活动也快持续一年了,期间至少有60名幸运的小伙伴获得图灵出版社的免费赠书:

【好书分享】《R语言实战(第2版)》

【好书分享】Python从入门到进阶

【好书共享】Linux命令行与shell脚本编程,你会了么

【好书共享】机器学习入门

【好书共享】数据库必知必会

【好书共享】web开发系列

【好书共享】《R for Data Science》的中译版

【好书共享】《算法图解》让算法变得有趣

【好书分享】三本统计科普读物

【好书分享】《Python3网络爬虫开发实战》

生信人必备书单(第二版)(本活动永久性赠书)


然后感谢生信技能树的各大专栏作者

//六六_ryx的ATAC系列连载//

ATAC-Seq入门加高阶传送门 (点击进入交流群)

第1篇:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同

第2篇:原始数据的质控、比对和过滤

第3篇:用MACS2软件call peaks

第4篇:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)——phantompeakqualtools

第5篇:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(二)——ChIPQC

第6篇:重复样本的处理——IDR

第7篇:用Y叔的ChIPseeker对peaks进行注释和可视化

第8篇:用网页版工具做功能分析和motif分析

第9篇:差异peaks分析——DiffBind

第10篇:ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析(本系列完结,内附目录)

//单细胞转录组专栏//


科研前沿新闻:北大谢晓亮组又更新了他们的单细胞全基因组扩展方法

nature的新闻:单细胞测序

我的博士综述作业PPT:单细胞转录组数据处理综述

其它系列原创单细胞转录组教程笔记链接:

比较不同的对单细胞转录组数据聚类的方法
比较不同的对单细胞转录组数据normalization方法
比较不同的对单细胞转录组数据寻找差异基因的方法
比较不同单细胞转录组数据寻找features方法
单细胞转录组3大R包之scater
单细胞转录组3大R包之Seurat
单细胞转录组3大R包之monocle2

//TCGA专栏//


使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)

TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)

TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGAToolbox包获取TCGA数据 (FireBrowse portal)

TCGA的28篇教程-  批量下载TCGA所有数据 ( UCSC的 XENA)

TCGA的28篇教程- 数据下载就到此为止吧

TCGA的28篇教程- 指定癌症查看感兴趣基因的表达量

TCGA的28篇教程- 对TCGA数据库的任意癌症中任意基因做生存分析

TCGA的28篇教程-整理GDC下载的xml格式的临床资料
TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000但是迟到的答案
TCGA的28篇教程-数据挖掘三板斧之ceRNA
TCGA的28篇教程-所有癌症的突变全景图

//统计学专栏//

生物统计学专题 -StatQuest教学视频学习笔记

//生信小技巧专栏//

视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图

生信技巧第二课-使用markdown记录和分享笔记

生信技巧第3课-请你务必学好R语言

broad官网出品的 必须神器 IGV 资料大全,含视频

生信技巧第5课-生信人必须安装的软件

生信技巧第06课-你可能需要学一点编程

生信小技巧第07课-从ncbi等数据库网站下载大批量原始测序数据

生信小技巧第8课,加上  TCGA的28篇教程-  批量下载TCGA所有数据

//B站74小时//


接着需要重磅推出的是74小时生物信息学视频教学B站资源(感谢卖萌哥是辛苦打理),以及几百个小伙伴学习后的心得笔记:

生信技能树视频课程学习路径,这么好的视频还免费!

3个学生的linux视频学习笔记

生信人应该这样学R语言系列视频学习心得笔记分享


//资料U盘//


还要感谢小洁组织的技能树3年资源合集打包版U盘。

//纪念贴纸//


还要感谢思考问题的熊组织团队精心制作的贴纸

(实物比图片更赞,近期会限量上线,敬请期待)

//文献阅读//

还要感谢在我的文献阅读年计划中坚持下来的小伙伴,包括海飞,土豆力,等,大家的笔记都在 https://vip.biotrainee.com/t/paper 可以学习,我的文献阅读笔记列表如下:


//颜值++//

还要继续感谢小洁,虽然说技术大牛通常是不拘小节,但是我们有小洁。

依稀记得大家看到我在生信菜鸟团博客发表的千把篇教程都是吐槽不忍直视,有了的markdown加持,排版颜值提高一个档次,再加上小洁的PPT美化,公众号排版,我们的分享轻松步入精品行列。

//线下学徒//

还感谢2018年下半年我招收的6批学徒,感谢大家对我的信任,愿意参加我的培养计划,学习两个编程技术加上3个NGS组学技术不可谓不难, 感谢大家愿意抽时间辛苦学习。

招学徒

一个简单进行SNP分析的实战例子(优秀学徒成果展)

一个MeDIP-seq实战(优秀学徒成果展)

//周末培训//


也感谢2018年下半年的一些周末班学员,大家间接的支持了生信技能树的发展。

生信工程师最佳入门培训通知

带你从零探索生信之旅

//足迹//


感谢成都华西医学院的吴老板,石师兄,大皮,让我得以三进蜀,感谢贵阳宋同学的接待,让我的中国地图补全了西部城市。(目前只剩下,新疆、西藏、内蒙古、东三省)

感谢北京基因组所方老师课题组的场地支持,还有云晓及其同门的费心组织和协调 ,这是我们第一次举办百人级别的见面会,希望明年会更优秀。

我眼中的生物信息学-学习指南-北京基因组所小talk

//公司//

最后尤其感谢愿意加入公司一起奋斗的小伙伴们,我们是创造者,走出自己的路。

我也想开个公司(有个梦想)

实习职位发布-成就你我!(长期招聘)

元旦快乐

大吉大利

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