诸位闭关修炼国自然的青椒/青衣们，今天年三十儿，小丫代表嘉因给您拜年啦！我们对您的祝福都写在嘉因对联里啦！
上联：爱实验亲科研顺利毕业
下联：发文章中基金早日晋升
横批：嘉因频传
此时此刻，送啥新年大礼都不如送您Key Figure实在。特奉上RNA-seq变身法宝，让您的国自然拿到AAA。
《RNA-seq这样画图，国自然必得A》介绍的4个图，需要满足两个条件，才能让RNA-seq结果迅速变成高富帅。本期介绍的方法适用于任意两组RNA-seq：
这两组sample可以是两个发育阶段，找出决定stage I到stage II这个发育过程的关键调控因子。
也可以是两种处理条件，例如热刺激和正常生理条件对比，找出哪个关键调控因子应答热刺激，从而调控下游众多功能基因。
为啥要变身？
RNA-seq看基因表达量的变化，这是转录调控的结果；
DNase/ATAC-seq看到调控因子结合与否，这是原因；简单粗暴的讲：调控因子结合/不结合，决定了基因转录/不转录；
RNA-seq变身DNase/ATAC-seq，就能看到调控因子结合状态的差异。
别人做RNA-seq找差异基因，你用RNA-seq变身DNase/ATAC-seq挖机制。
思路
如果能找到跟RNA-seq对应的DNase/ATAC-seq sample就最好了。如果没有现成的DNase/ATAC-seq可用，那就让RNA-seq变身DNase/ATAC-seq；《老板让找DNA转录调控分子，这个技术十拿九稳》这篇讲了ATAC-seq能帮你解决啥问题；
结合motif分析，推测决定两组sample状态差异的关键调控因子；找motif的方法看这篇《点鼠标就能找启动子区的motif | meme-FIMO》；
用ChIP-seq验证第2步的推测。如果有已发表的ChIP-seq数据就可以直接拿来用，查询方法见这篇《转录因子调控了谁？挖全天下所有高通量实验数据，只为您解决这一个问题》；
做knockdown/knockout，通过ChIP-qPCR等生化实验，全方位研究这个关键调控因子对两种状态的影响。
标书提交后，要为发文章考虑，第一步的ATAC-seq是由RNA-seq变身而来，不够solid，那就按照当初做RNA-seq的实验设计，找嘉因做ATAC-seq，代替第1步。
中标书，发文章，嘉因助您一臂之力！
锦鲤自古就被视为祥瑞之物，以前大多被饲养于寺院、庙社的池塘中，寓意吉祥富泰。绘在年画上象征“吉庆有余（鱼）”的也是锦鲤。人们将“转发锦鲤”和“沾沾好运”的概念等同起来，算一种美好的寄托和积极的心里暗示。小丫觉得还是画图来的实在。
能画出什么图呢？
图1 RNA-seq转换成ATAC-seq的效果。左边是真实的DNase-seq数据，右边是由RNA-seq变身的效果，跟左边特别像。详情看这篇《用RNA-seq也能找到开放染色质，ATAC-seq不开森》
Zhou, W., Sherwood, B., Ji, Z., Xue, Y., Du, F., Bai, J., Ying, M. and Ji, H., 2017. Genome-wide prediction of DNase I hypersensitivity using gene expression. Nature communications, 8(1), p.1038.
图2 从差异ATAC-seq位点找出富集的motif，推测出关键调控因子
画出颉伟组上周刚发表的Genome Biology里的图。这图能说明什么生物学问题？参考这篇《表观遗传是怎样遗传的？| 颉伟讲怎样用ATAC-seq研究表观遗传机制的视频》
Li, Y., Zheng, H., Wang, Q., Zhou, C., Wei, L., Liu, X., Zhang, W., Zhang, Y., Du, Z., Wang, X. and Xie, W., 2018. Genome-wide analyses reveal a role of Polycomb in promoting hypomethylation of DNA methylation valleys. Genome Biology, 19(1), p.18.
图3 上面推测出的关键转录因子能在体内结合重要位点吗？找嘉因做ChIP-seq来验证。
看ChIP-seq跟ATAC-seq的重叠（AD），看motif（BE），再举例看具体的几个基因（C）。
Boogerd, C.J., Aneas, I., Sakabe, N., Dirschinger, R.J., Cheng, Q.J., Zhou, B., Chen, J., Nobrega, M.A. and Evans, S.M., 2017. Probing chromatin landscape reveals roles of endocardial TBX20 in septation. The Journal of clinical investigation, 126(8), pp.3023-3035. ( IF = 12 )
国自然倒计时两周，来不及补这个图没关系。提交标书后，您再慢慢琢磨这个idea，一定能给您的课题带来新的启示。