空间转录组数据可视化介绍--loupe browser

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就像10X genomics单细胞转录组测序一样，做完10X Visium 空间转录组测序拿到分析结果后，我们想对感兴趣的基因进行空间位置表达可视化、或者想特殊标注感兴趣的某个cluster，又或者我们想根据已知的某种细胞类型特异性高表达marker基因的表达标注这些细胞类型大致部位，抑或想自主分析2个不同cluster间差异表达基因绘制热图，等等。

嗯，像小编这种生信代码小白只能通过loupe browser来实现。loupe browser除了可以对10X genomics单细胞转录组数据进行可视化外，对于10X Visium空间转录分析结果中的cloupe文件也可进行个性化可视化操作。

数据及软件下载

使用10X官网的10X Visium空间转录组数据进行演示，数据下载链接：
https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/datasets。以Human Breast Cancer (Block A Section 1)数据为例。

软件下载地址：https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/downloads/latest? 下载对应版本的loupe browser后，双击Loupe-Browser-4.0.0.exe即可安装，安装无特殊注意事项。默认安装在C盘。

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loupe browser界面介绍

首先打开loupe browser软件后，选择上面下载的cloupe文件打开，之后的界面如下图所示。下面多图框中的第三张图对loupe browser界面做了详细介绍。有一点补充说明：如果要输出图片，对于组织切片显示不同cluster时，需要将切片用鼠标拖到软件正中，这样输出的图片中主图在中间比较美观，位置大家可以自主拖动后输出尝试。

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右侧的界面介绍，我们下面作详细介绍。官方操作指南见Tutorial - Spatial Gene Expression，https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/visualization/latest/analysis。

我们可以选择以空间转录组最常见的这种Spatial方式（即组织切片）展示，还是将这些spot降维聚类的t-SNE和UMAP散点图形式（10X genomics单细胞转录组常见的可视化图）

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如何标记感兴趣的基因或细胞的位置

本次使用的是乳腺癌切片空间转录组数据，那么乳腺癌中乳腺上皮细胞和乳腺腺体、以及NK T细胞的分布，我们可以尝试标记一下。

首先，我们从cellmarker数据库(http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/)中查询一下相关细胞的marker基因。Mammary gland和Mammary epithelium的marker基因查找，大家按照下方截图所示类比查找即可。

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接着，我们进行loupe browser可视化这些marker基因的表达。比Mammary gland Cancer stem cell，marker为CD49f、CD61、ESA，symbol分别为ITGA6、ITGB3、FLOT2。我们还可以针对选择某个cluster再根据某种规则细分类，通过Filters功能实现，大致方法类型，选中某个cluster后，根据某个或某些基因表达量高低划分。不再截图详述，大家可自行尝试。

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基因表达热图及差异基因分析

如果我们想绘制热图或进行某两个cluster间差异分析，也可通过loupe browser实现。下面是热图的调整方法：

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某两个cluster间差异基因分析，并下载相应热图及表格，如下图所示：

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其实我们大概摸索一下就能知道怎么用，软件做的比较智能。篇幅所限本次分享就到这里，如果大家后面有其他需求，可留言，小编会去继续学习的。

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