最新版生物标志物丨肿瘤常见分子标志物之TP53/del 17p
The TP53 gene provides instructions for making a protein called tumorprotein p53 (or p53).
TP53/del（17P）生物学意义
肿瘤蛋白p53 （Tumor protein p53，TP53）是“基因组的守护者”或“基因组的卫士”：它对肿瘤抑制蛋白（Tumor Suppressor Protein，TSP）进行编码（所以tp53是一种重要的抑癌基因），该蛋白调主要调控与细胞周期停滞、凋亡、衰老、DNA修复和代谢变化相关的基因表达。由于缺失或突变导致的TP53功能丧失将导致细胞生存异常，DNA损伤和细胞增殖失控。
由于TP53蛋白在人体肿瘤中所具有的重要作用（同时tp53这个抑癌基因在肿瘤中的突变频率非常高，近50%以上的肿瘤都会出现tp53基因突变），这也促使它成为了癌症治疗研究中大家共同关注的靶点。这么多年针对TP53开展了无数的研究，不过要想获得成功也绝非易事，TP53蛋白既不是细胞表面蛋白也不是典型意义上的酶蛋白，这导致药物开发起来非常困难。
TP53/del（17P）临床意义[1]
TP53基因畸变，是由于del（17p）或TP53基因内的突变引起的，同时，TP53变异与化学免疫疗法的耐药和不良的临床结果相关。
大约90％的del（17p）患者会携带TP53突变，但只有60％-70％同时携带TP53突变和del（17p）的患者能够被FISH检测到。
TP53/del（17P）适用肿瘤类型
FDA批准的适应症：CLL，慢性淋巴细胞白血病；
不良预后相关：
MCL，慢性粒细胞白血病；
FL，滤泡型淋巴瘤；
DLBCL，弥漫大B细胞淋巴瘤；
AML，急性髓细胞白血病；
MDS，骨髓增生异常综合征；
ALL，急性淋巴细胞白血病；
MM，多发性骨髓瘤。
当前TP53/del（17P）药物及适应症
依鲁替尼 （伊布替尼，Ibrutinib）：
✦ 至少接受过一种既往治疗的慢性淋巴细胞白血病（CLL）/小淋巴细胞性淋巴瘤（SLL）（有或无染色体17p缺失/TP53突变）患者[2,3]；
✦ 至少接受过一种既往治疗的套细胞淋巴瘤[4]；
✦ Waldenström的巨球蛋白血症[5]；
✦ 至少接受过一种抗CD20治疗、需要进行全身性治疗的的边缘区淋巴瘤[6]；
Acalabrutinib：
Acalabrutinib是第二代BTK抑制剂，相比于第一代的BTK抑制剂ibrutinib，药物选择性更高，因此副作用更低。
✦ 至少接受过一种既往治疗的套细胞淋巴瘤[7]；
Venetoclax：
✦ 至少接受过一次治疗的染色体17p缺失/TP53突变的慢性淋巴细胞白血病（CLL）/小淋巴细胞性淋巴瘤（SLL）患者[8,9]。
FDA批准的伴随诊断产品
由艾伯维（AbbVie）与罗氏（Roche）合作开发的一款突破性抗癌药Venclexta（venetoclax）目前已获美国食品和药物管理局（FDA）批准上市。
Venclexta单药可用于治疗携带17p缺失（del 17p）/TP53缺失突变以及之前已接受至少一种疗法的慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者。该类患者需采用FDA批准的伴随诊断试剂盒（雅培生产CLL FISH探针试剂盒）来筛选、确认；样本类型：外周血样本。
TP53/del（17P）的总结
检测建议：
FISH和测序检测应该在开始任何治疗之前进行。欧洲的研究已对慢性淋巴细胞白血病（ERIC）更新了建议，倡议ERIC应该进行TP53突变分析，并且这是种最优的方法[1]。
样本类型：
✦ 外周血（PB）在含有抗凝血剂的试管中收集，如EDTA或肝素；（如果PB淋巴细胞计数< 10x109/L和/或< 60% - 70%（如SLL/CLL），则新鲜/冷冻组织优先）。
✦ 考虑用密度梯度离心分离单核细胞，富集淋巴细胞组分（当PB或骨髓中淋巴细胞含量< 60% - 70%时，建议分离CD19+细胞或使用低检出限的深下一代测序技术（NGS）进行检测）。
✦ 强烈推荐基因组DNA（分析由于无意义介导的RNA衰变丢失而可能导致的截断或剪接位点变异）。
测序检测：
一代测序：
✦ 引物和PCR标准：可在 IARC TP53数据库中找到：
http://p53.iarc.fr/ProtocolsAndTools.aspx；
✦ 测序方式：正反向双端测序；
✦ 数据分析：使用为体细胞变异检测设计的软件，ERIC网站上的免费网络软件。
二代测序：
✦ 测序标准：采用多重PCR或者杂交捕获的方法，DNA应根据检测限计算DNA输入量，同时需要检测DNA的完整性。（市面上有几种涉及TP53分析的现成工具包）
✦ 测序需要≥100X，同时可靠的reads数目应该≥10。（panel的覆盖率应该≥99%）
✦ 数据分析：使用为体细胞变异检测设计的软件，有效的最小检测限度应为10% VAF。（适当的生物信息学方法是NGS中最具挑战性的部分，目前还没有通用的工具）
报告和解释：
✦ 变异描述：使用HGVS发布命名：http://varnomen.hgvs.org/；报告cDNA和蛋白质，包括参考序列。
✦ 解释：检查检测到的变体使用 locus-specifc 数据库：IARC TP53数据库 （http://p53.iarc.fr/TP53GeneVariations.aspx）或TP53网站（http://p53.fr/）。
✦ 多态性和变异良性：在向医生报告中最好不要包括常见的多态性和良性变异；强烈反对使用dbSNP来消除多态性和中性变体。
✦ 检测和临床报告的限度：报告Sanger测序检测到的变异和NGS检测存VAF > 10% 的变异；（没有足够的证据根据检测低变异型等位基因频率的突变做出治疗决定(< 10%)）
参考文献
1. Malcikova J, et al. Leukemia. 2018;32:1070-1080.
2. Burger JA, et al. N Engl J Med. 2015;373:2425-37.
3. Farooqui MZ, et al. Lancet Oncol. 2015;16:169-176.
4. Wang ML, et al. N Engl J Med. 2013;369:507-516.
5. Treon SP, et al. N Engl J Med. 2015;372:1430-1440.
6. Noy A, et al. Blood. 2017;129:2224-2232.
7. Wang M, et al. Lancet. 2018;391:659-667.
8. Stilgenbauer S, et al. ASH 2015. Abstract LBA-6.
9. Roberts AW, et al. N Engl J Med. 2016;374:311-322.
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