按照设计方案，中山翠亨科学城位于翠亨新区起步区（马鞍岛）的南部，北至翠亨快线，东至珠江口，南至翠亨新区起步区南边界，西至大茅水道，总面积18.27平方公里，其中陆域面积约13平方公里。
临海地标“未来之门”和中山科学馆、湾区联合创新中心、湾区联合实验室、国际生物医药创新园、湾区医疗城等诸多“湾字号”设施呈现一座面向未来的城市！
中山翠亨科学城目标定位：湾区国际化、现代化、创新型城市新中心。以全球视野，高标准建设中山对接全球、融入湾区的开放交流门户；扣紧区域发展机遇和责任，吸纳高端科技和产业创新要素集聚；承担新时期的中山使命，成为引领中山创新发展和展现中山气质的现代化、高品质滨海城区。规划建设用地面积近10平方公里，规划人口15万～18万。以“科技创新”为发展方向，以“人”为核心，注重城市“宜居性”功能环境建设，以科研创新、高端生产服务、城市公共服务为核心功能。构建“两轴、四带、一心、五区”的多元复合结构框架。十字轴：东西向以客运港为节点构建一条连通山、海、城、河涌、湿地的东西向创智服务轴；以基地中部的主干道翠城道为依托构建连接马鞍岛北部的南北拓展轴。井字带：依托茅龙水道、海岸、横八涌、横九涌等水系形成四条滨水休闲景观带，构建滨海风光带和生态景观廊道。一心：以超级街区和水岸湖湾为特色的，由城市创享中心与城市公共客厅共同构成的城市中心。五区：东部依托客运港形成以合作交流为导向的门户综合服务特区；西部是生态湿地休闲区；中部分三个区，中间是创智综合服务区，北部为产业研发单元化布局的科创启动区，南部是面向未来和创新的品质生活区。
提供国际标准的城市服务和便捷的社区生活服务，包括湾区医疗城，国际医院，生态疗养中心，国际学校，体育公园，30公顷公共文化类用地，社区服务中心；提供面向科创服务的公共设施供给，包括中山科学馆、会议会展中心、16公顷科研院所、国家实验室用地。规划科创研发产业用地124.51公顷，建设规模约493万平方米，提供总部办公楼宇、科创研发街区、综合平台、水岸科创小镇等多种类型的创新空间模式，适应不同科研创新功能需求。蓝绿空间占比50%以上，绿化覆盖率35%以上，3分钟步行可达城市公园。
未来可以通过多种交通方式实现一小时内到达深圳前海、广州南沙、香港机场、澳门、珠海等地。规划一条高速路、两条快速路、一条主干道和两条地铁线实现马鞍整岛对外的交通疏解和联系。地铁2号线和地铁4号线增强翠亨新区与中山市区一体化连接，并预留新增一条地铁线连接翠亨新区中心区和科学城。引导和鼓励“公共交通+慢行”的绿色出行方式，促进交通系统与生态环境的和谐发展。包括城市公共交通、城市道路交通、慢行交通、水上交通。
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