生物信息之独孤九剑——xargs

编者按

前面已经介绍过grep，sed，单行perl，sort，awk，vim，find，cut等8个命令，这次我们来介绍最后一个xargs命令。xargs用来进行参数传递。配合其他命令使用起来非常方便，在加上管道和重定向，一次就可以完成非常多的工作，这些技巧需要在实践中不断运用和总结，配合好了，可以极大的提高效率。

1、xargs介绍：

xargs是给命令行传递参数的一个过滤器，也是组合多个命令的一个工具。它把一个数据流分割为一些足够小的块，以方便过滤器和命令进行处理。通常情况下，xargs从管道或者标准输入中读取数据，但是它也能够从文件的输出中读取数据。xargs 是一个强大的命令，它能够捕获一个命令的输出结果，然后传递给另外一个命令。

2、xargs选项参数：

-a file 从文件中读入作为sdtin。

-d delim 分隔符，默认的xargs分隔符是回车，这里修改的是xargs的分隔符

-e flag flag必须是一个以空格分隔的标志，当xargs分析到含有flag这个标志的时候就停止。

-i 或者是-I，使用-I指定一个替换字符串{}，这个字符串在xargs扩展时会被替换掉，当-I与xargs结合使用，每一个参数命令都会被执行一次： 

-L 后面接一个数字，用从标准输入读取的指定行数的非空参数运行命令。

-n num 后面加次数，表示命令在执行的时候一次用的argument的个数，默认是用所有的。

-P 修改最大的进程数，默认是1，为0时候为尽可能多 ，一般不常用。

-p 询问是否运行命令的参数。

-r no-run-if-empty 当xargs的输入为空的时候则停止xargs，不用再去执行了。

-s num 命令行的最好字符数，指的是xargs后面那个命令的最大命令行字符数。

-t 表示先打印命令，然后再执行。

-x exit的意思，主要是配合-s使用。

3、xargs用法：

xagrs主要用于参数传递，一般用在管道后面。

4、案例一：

find ./ -name *.fna | xargs rm

搜索当前目录下所有一点fna结尾的文件，然后删除掉。

5、案例二：

echo --help  |  xargs cat

将--help参数传递给cat命令

6、案例三：

find ./ -name "*.fna" | xargs tar -zcf genome.tar.gz

搜索当前目录下所有一点fna结尾的文件，然后打包压缩。

7、案例四：

cat passwd.txt |xargs -d: -n 2

使用-d来修改分隔符，配合-n，让每行输出固定的内容。

8、案例五：

find  ../../ -name  "*.fq.gz  | xargs -I {}  cp {} .

将某个目录下fq.gz格式的文件，拷贝至当前目录。

更多关于xargs命令的功能，可以通过man xagrs或者xargs --help查看。

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