CIRCOS圈图绘制 - circos安装

Circos是绘制圈图的神器，在http://circos.ca/images/页面有很多CIRCOS可视化的示例。

Circos可以在线使用，在线使用时是把表格转为圈图，不过只允许最大75行和75列；做一些简单的示意图会比较好，最后时会介绍下在线的tableviewer的使用。

也可以安装在本地，在本地可以绘制基于基因组的更复杂的图。

Circos由Perl写成，安装相对简单，只要Perl的包都装好了就可以了。

Circos安装

• 从http://circos.ca/software/download/circos/下载Circos安装包，并解压，把安装包内的bin目录加载到环境变量。

  tar xvzf circos-0.69.tgz ln -s `pwd`/circos-0.69/bin ~/bin #make sure ~/bin is in $PATH or export PATH=$PATH:`pwd`/circos-0.69/bin

• 安装依赖的Perl包

• 获得依赖的Perl包，circos -module

• 配置CPANM

  wget -O- http://cpanmin.us | perl - -l ~/perl5 App::cpanminus local::lib eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib` echo 'eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`' >> ~/.bash_profile echo 'export MANPATH=$HOME/perl5/man:$MANPATH' >> ~/.bash_profile

• Install needed modules by typing cpanm YAML Clone Config::General Font::TTF::Font GD GD::Polyline List::MoreUtils Math::Bezier Math::Round Math::VecStat Params::Validate Readonly Regexp::Common SVG Set::IntSpan Statistics::Basic Text::Format in terminal.

• Install libgd from http://libgd.bitbucket.org if GD can not be installed. Make sure gdlib-config is $PATH.

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