微生物组——扩增子分析专题实战开课啦!!!
在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年3月北京鼓楼推出《扩增子分析专题培训》,大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创线下集中授课2天+自行练习5天+再集中讲解答疑2天三段式教学,真正实现独立分析大数据。
关于学习生物信息学分析的重要性,请阅读《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》。
课程简介
请详细阅读课程简介,如果以下内容您全精通,不必参加此培训。
一、微生物组/宏基因组学概述
背景:国际微生物组(人类、环境)、中国微生物组计划
研究对象:人、动物、植物、环境
研究方法:培养组学、扩增子测序 (最常用)、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组、宏代谢组、宏基因组关联分析、宏表观组等
宏基因组学的研究热点:微生物多样性、宏基因组、培养组、肠菌与疾病、MWAS
二、扩增子测序技术原理和实验设计
基本原理:细菌/古菌 16S、真菌18S/ITS结构、引物选择等
实验设计:正确设计实验组与正/负对照
样品制备和建库中的误区
扩增子分析SCI文章的常用套路
三、扩增子常用结果解读
Alpha多样性各种指数:Shannon、Chao1、Observed OTU、PD whole tree等
Beta多样性各种距离矩阵:Bray Curtis、Jaccard、Weighted Unifrac、Unweighted Unifrac等结果的箱线、散点图展示样品间差异
限制性主坐标轴分析 (CCA/RDA/CPCoA),展示组间差异
热图、曼哈顿图、火山图展示两组间比较差异分类单元或OTU
韦恩图、三元图、网络图展示三组及多组间相同与不同
四、扩增子分析流程介绍及实战
HiSeq/MiSeq数据的质控
实验设计的编写
质控流程:双端序列合并、提取barcode、质控、样品拆分、切除引物
生成OTU:序列格式转换、去冗余、聚类生成OTU
OTU筛选:嵌合体生成原理及去除方法、筛选细菌/真菌序列、生成代表性序列和OUT表
物种注释及进化树构建
常用Alpha多样性指数计算
常用Beta多样性距离矩阵计算
末来的发展趋势:QIIME2、dada2、unois3等新方法
五、分析结果的统计与可视化实战
R语言统计绘图与可重复计算
箱线图展示Alpha多样性及组间比较统计
散点图展示样品及组间主坐轴分析(PCA/PCoA/CCA/RDA)的绘图实战
Vegan包分析:环境因子、CCA、RDA、dbRDA、NMDS等
样品与组间相关分析,并用热图可视化结果
基于负二项分布法统计组间差异Taxonomy与OTU
采用热图、火山图、曼哈顿可视化差异结果
OTU网络(MENA, igraph、SparCC和CoNet)及与微生物组数据关联分析(MWAS)
扩增子功能预测:PICRUSt、FARPROTAX、FUNGuild等
AI图片排版,实现CNS标准图版质量
主讲教师
主讲老师包括中科院微生物所、遗传发育所、基因组所、生物物理所等多名本领域一线技术专家。
助教团队
十余名科学院、清华、北大博士(含在读),轮值讲师和助教,辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。
培训时间
2018-03-10 到 2018-03-11 (线下讲解实战)
2018-03-17 到 2018-03-18 (可线上线下同时,照顾不能长时间在北京的朋友)
每天早9点到晚5点,半封闭式教学
报到时间:开课前的周五晚上准备晚宴欢迎大家,促进相互认识和了解
授课地点
北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。
课程价格
原价 6999 元/人,
截止 2018-02-23 4199 元/人
截止 2018-03-03 5599 元/人
之后恢复原价6999元/人 (住宿自行解决,提供培训期间午餐)名额有限,每次课程报名满30人后自动关闭报名通道
提供易汉博基因科技实习机会或工作机会
春节促销优惠活动
在2018年春节前报名且成功缴费的用户,不仅可以获得上课的前排座位(座位按报名并成功缴费顺序从前到后龙摆尾式排序),更可同时享受如下三重优惠。
赠送价值188元线上生信基础课程一门,目前的《应用Python处理生物信息数据和作图》、《生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版》和《转录组高级分析》和以后要开设的《生物信息中的Linux应用》任选其一。
获赠32G品牌定制U盘 (内含数据资料)。
多人(N,10>N>1)组团报名并同时缴费,每人还可获得价值N百元的礼品(充值或购物卡)。
*注意事项
需自备笔记本电脑,系统不限(推荐使用Windows 10)。课程实践需要会提供云计算平台。
培训班所有数据,文档为内部资料,仅供参阅,未经允许不得翻印外传登刊。
上课期间禁止录音,录像。
成功付款的学员,若临时有紧急事情不能到来的,可申请延期,更换后续培训班;也可申请退款。
若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用;开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用。
不可先延期再退款。
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