《利用Python进行数据分析·第2版》第9章(上) 绘图和可视化
作者:SeanCheney Python爱好者社区专栏作者
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信息可视化(也叫绘图)是数据分析中最重要的工作之一。它可能是探索过程的一部分,例如,帮助我们找出异常值、必要的数据转换、得出有关模型的idea等。另外,做一个可交互的数据可视化也许是工作的最终目标。Python有许多库进行静态或动态的数据可视化,但我这里重要关注于matplotlib(http://matplotlib.org/)和基于它的库。
matplotlib是一个用于创建出版质量图表的桌面绘图包(主要是2D方面)。该项目是由John Hunter于2002年启动的,其目的是为Python构建一个MATLAB式的绘图接口。matplotlib和IPython社区进行合作,简化了从IPython shell(包括现在的Jupyter notebook)进行交互式绘图。matplotlib支持各种操作系统上许多不同的GUI后端,而且还能将图片导出为各种常见的矢量(vector)和光栅(raster)图:PDF、SVG、JPG、PNG、BMP、GIF等。除了几张,本书中的大部分图都是用它生成的。
随着时间的发展,matplotlib衍生出了多个数据可视化的工具集,它们使用matplotlib作为底层。其中之一是seaborn(http://seaborn.pydata.org/),本章后面会学习它。
学习本章代码案例的最简单方法是在Jupyter notebook进行交互式绘图。在Jupyter notebook中执行下面的语句:
%matplotlib notebook
9.1 matplotlib API入门
matplotlib的通常引入约定是:
In [11]: import matplotlib.pyplot as plt
在Jupyter中运行%matplotlib notebook(或在IPython中运行%matplotlib),就可以创建一个简单的图形。如果一切设置正确,会看到图9-1:
In [12]: import numpy as np In [13]: data = np.arange(10) In [14]: data Out[14]: array([0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9]) In [15]: plt.plot(data)
图9-1 简单的线图
虽然seaborn这样的库和pandas的内置绘图函数能够处理许多普通的绘图任务,但如果需要自定义一些高级功能的话就必须学习matplotlib API。
笔记:虽然本书没有详细地讨论matplotlib的各种功能,但足以将你引入门。matplotlib的示例库和文档是学习高级特性的最好资源。
Figure和Subplot
matplotlib的图像都位于Figure对象中。你可以用plt.figure创建一个新的Figure:
In [16]: fig = plt.figure()
如果用的是IPython,这时会弹出一个空窗口,但在Jupyter中,必须再输入更多命令才能看到。plt.figure有一些选项,特别是figsize,它用于确保当图片保存到磁盘时具有一定的大小和纵横比。
不能通过空Figure绘图。必须用add_subplot创建一个或多个subplot才行:
In [17]: ax1 = fig.add_subplot(2, 2, 1)
这条代码的意思是:图像应该是2×2的(即最多4张图),且当前选中的是4个subplot中的第一个(编号从1开始)。如果再把后面两个subplot也创建出来,最终得到的图像如图9-2所示:
In [18]: ax2 = fig.add_subplot(2, 2, 2) In [19]: ax3 = fig.add_subplot(2, 2, 3)
图9-2 带有三个subplot的Figure
提示:使用Jupyter notebook有一点不同,即每个小窗重新执行后,图形会被重置。因此,对于复杂的图形,,你必须将所有的绘图命令存在一个小窗里。
这里,我们运行同一个小窗里的所有命令:
fig = plt.figure() ax1 = fig.add_subplot(2, 2, 1) ax2 = fig.add_subplot(2, 2, 2) ax3 = fig.add_subplot(2, 2, 3)
如果这时执行一条绘图命令(如plt.plot([1.5, 3.5, -2, 1.6])),matplotlib就会在最后一个用过的subplot(如果没有则创建一个)上进行绘制,隐藏创建figure和subplot的过程。因此,如果我们执行下列命令,你就会得到如图9-3所示的结果:
In [20]: plt.plot(np.random.randn(50).cumsum(), 'k--')
图9-3 绘制一次之后的图像
"k--"是一个线型选项,用于告诉matplotlib绘制黑色虚线图。上面那些由fig.add_subplot所返回的对象是AxesSubplot对象,直接调用它们的实例方法就可以在其它空着的格子里面画图了,如图9-4所示:
In [21]: _ = ax1.hist(np.random.randn(100), bins=20, color='k', alpha=0.3) In [22]: ax2.scatter(np.arange(30), np.arange(30) + 3 * np.random.randn(30))
图9-4 继续绘制两次之后的图像
你可以在matplotlib的文档中找到各种图表类型。
创建包含subplot网格的figure是一个非常常见的任务,matplotlib有一个更为方便的方法plt.subplots,它可以创建一个新的Figure,并返回一个含有已创建的subplot对象的NumPy数组:
In [24]: fig, axes = plt.subplots(2, 3) In [25]: axes Out[25]: array([[<matplotlib.axes._subplots.AxesSubplot object at 0x7fb626374048>, <matplotlib.axes._subplots.AxesSubplot object at 0x7fb62625db00>, <matplotlib.axes._subplots.AxesSubplot object at 0x7fb6262f6c88>], [<matplotlib.axes._subplots.AxesSubplot object at 0x7fb6261a36a0>, <matplotlib.axes._subplots.AxesSubplot object at 0x7fb626181860>, <matplotlib.axes._subplots.AxesSubplot object at 0x7fb6260fd4e0>]], dtype =object)
这是非常实用的,因为可以轻松地对axes数组进行索引,就好像是一个二维数组一样,例如axes[0,1]。你还可以通过sharex和sharey指定subplot应该具有相同的X轴或Y轴。在比较相同范围的数据时,这也是非常实用的,否则,matplotlib会自动缩放各图表的界限。有关该方法的更多信息,请参见表9-1。
表9-1 pyplot.subplots的选项
调整subplot周围的间距
默认情况下,matplotlib会在subplot外围留下一定的边距,并在subplot之间留下一定的间距。间距跟图像的高度和宽度有关,因此,如果你调整了图像大小(不管是编程还是手工),间距也会自动调整。利用Figure的subplots_adjust方法可以轻而易举地修改间距,此外,它也是个顶级函数:
subplots_adjust(left=None, bottom=None, right=None, top=None, wspace=None, hspace=None)
wspace和hspace用于控制宽度和高度的百分比,可以用作subplot之间的间距。下面是一个简单的例子,其中我将间距收缩到了0(如图9-5所示):
fig, axes = plt.subplots(2, 2, sharex=True, sharey=True) for i in range(2): for j in range(2): axes[i, j].hist(np.random.randn(500), bins=50, color='k', alpha=0.5) plt.subplots_adjust(wspace=0, hspace=0)
图9-5 各subplot之间没有间距
不难看出,其中的轴标签重叠了。matplotlib不会检查标签是否重叠,所以对于这种情况,你只能自己设定刻度位置和刻度标签。后面几节将会详细介绍该内容。
颜色、标记和线型
matplotlib的plot函数接受一组X和Y坐标,还可以接受一个表示颜色和线型的字符串缩写。例如,要根据x和y绘制绿色虚线,你可以执行如下代码:
ax.plot(x, y, 'g--')
这种在一个字符串中指定颜色和线型的方式非常方便。在实际中,如果你是用代码绘图,你可能不想通过处理字符串来获得想要的格式。通过下面这种更为明确的方式也能得到同样的效果:
ax.plot(x, y, linestyle='--', color='g')
常用的颜色可以使用颜色缩写,你也可以指定颜色码(例如,'#CECECE')。你可以通过查看plot的文档字符串查看所有线型的合集(在IPython和Jupyter中使用plot?)。
线图可以使用标记强调数据点。因为matplotlib可以创建连续线图,在点之间进行插值,因此有时可能不太容易看出真实数据点的位置。标记也可以放到格式字符串中,但标记类型和线型必须放在颜色后面(见图9-6):
In [30]: from numpy.random import randn In [31]: plt.plot(randn(30).cumsum(), 'ko--')
图9-6 带有标记的线型图示例
还可以将其写成更为明确的形式:
plot(randn(30).cumsum(), color='k', linestyle='dashed', marker='o')
在线型图中,非实际数据点默认是按线性方式插值的。可以通过drawstyle选项修改(见图9-7):
In [33]: data = np.random.randn(30).cumsum() In [34]: plt.plot(data, 'k--', label='Default') Out[34]: [<matplotlib.lines.Line2D at 0x7fb624d86160>] In [35]: plt.plot(data, '', drawstyle='steps-post', label='steps-post') Out[35]: [<matplotlib.lines.Line2D at 0x7fb624d869e8>] In [36]: plt.legend(loc='best')
图9-7 不同drawstyle选项的线型图
你可能注意到运行上面代码时有输出<matplotlib.lines.Line2D at ...>。matplotlib会返回引用了新添加的子组件的对象。大多数时候,你可以放心地忽略这些输出。这里,因为我们传递了label参数到plot,我们可以创建一个plot图例,指明每条使用plt.legend的线。
笔记:你必须调用plt.legend(或使用ax.legend,如果引用了轴的话)来创建图例,无论你绘图时是否传递label标签选项。
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