《R语言科学编程及仿真》读书笔记
以前有人问我推荐R语言入门的书，讲真我还真想不起来入门有什么好书，至少我好像没遇到过。我在2006年看的第一本R语言的书在《听说你想学R？》一文中已经有介绍过，看了那本天书，让我怀疑人生。整个硕士阶段我基本上都是用perl的。
现在大家所熟悉的东西，和我十几年前的情况是完全不同的，比如说现在Rstudio似乎是标配，而且很多人甚至于把Rstudio和R等同起来，比如说ggplot2中的theme主题系统，是从当年一个叫opts的东西演变而来的，再比如说当年我写第一个R包(《匆匆那年，如一场不真实的梦。》)，文档要手工写LaTeX代码，因为当年支持文学编程的roxygen包还没出现。
现在很多R语言方面的书，当年都不存在，而现在流行的书，我基本上也没看。所以真心是无从推荐。当时基本上靠看CRAN网站上的manuals入门，入门其实从来就不是问题，只要你愿意花时间，总是能够入门的。难的是由初级进入中级，没有好的书，没有人指导，没有自己死磕，很多时候就停留在入门阶段，而这个阶段的书实际上特别难找，有的是各种各样教人入门的书，也有的是各种各样专题式的高级的书，而中间往往断层，没有衔接。我印象中这一阶段对我有帮助的两本书是《Introduction to Scientific Programming and Simulation Using R》和《R Programming for Bioinformatics》。第一本书我做了笔记，分享给大家，然而阅读及转发量惨不忍睹，虽然如此，我还是全部更新完，保留一个记录给同样阅读这本书的小伙伴，给想告别入门阶段的小伙伴一个参考。
第一部分是R编程入门； 第二部分是数值计算，主要是解方程，求积分和优化；第三部分是概率和统计，主要讲概率、随机变量等概念和参数估计；第四部分是simulation，主要讲Monte Carlo积分和方差降低。
这本书非常值得花时间去学习，入门书太多，而进阶的书太少，这是难得的一本让你进阶的书。像以前写的《SIR Model of Epidemics》模型，学了这本书都应该不在话下，《一文解决RT-PCR的统计分析》中使用的permutation test也不在话下，GSEA分析的计算过程你也能够理解了。更难能可贵的是书中的代码和数据，你都是有的，因为作者打了个R包在CRAN上。
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Antithetic sampling：https://gist.github.com/1938586