CircView：circRNA可视化分析比较工具

        由UThealth Science Center韩冷课题组和武汉大学何春江课题组共同开发了一个环状RNA可视化程序，近日发表在Briefings in Bioinformatics上。

        首先该文章总结了2010年以来的环状RNA数据库和检测工具，列举了它们的特点和用处，然后提出建立一个可视化工具的必要性。

图1 环状RNA预测工具及数据库发展时间表

        CircView是一款基于JAVA的桌面应用程序，支持在装有Java虚拟机的任何操作系统平台运行。其软件架构如下：

图2 CircView软件结构

        通过导入circRNA数据，CircView能够根据选定的物种注释文件信息，自动将circRNA信息映射到物种基因上，并以直观的形式展现circRNA在基因上的位置。CircView同时提供基于物种、circRNA预测算法、样本、染色体、基因名、碱基位置范围的检索，并支持基于基因名字，circRNA位置，circRNA

的丰度排序，如图一所示。

图3. CircView主图

        CircView支持同时导入不同样本或/和不同circRNA预测算法得到的数据，计算分析数据的样本特异性和预测算法分布，并计算得到circRNA的位置信息（Exon circRNA，Intron circRNA等）和注释信息（mRNA，lncRNA等）。CircView也支持导入MRE和RBP的位点数据，并以直观的形式显示在circRNA上。如图二所示

图4 circRNA可视化具体信息

        CircView提供不同样本或不同circRNA预测算法之间的统计比较信息。如图三所示。

图5 circRNA统计信息

        CircView目前内置七种物种注释文件，包括：human（hg38），human（hg19），mouse（mm10），mouse（mm9），zebrafish（zv9），fly（dm6），以及worm（ce10）。任何refFlat格式的物种信息都能够被CircView支持。

        CircView能够自动识别六种circRNA预测算法生成的数据格式，包括：circRNA_finder，CIRCexplorer，CIRI/CIRI2，find_circ，Mapsplice，以及UROBORUS。任何其它格式的circRNA数据库只要兼容circRNA_finder都可以被CircView识别。

        我们相信CircView能够极大的促进疾病或者组织特异的环状RNA后续研究及功能验证。武汉大学冯晶副教授是该论文第一作者。

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