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Science: ATP 的新功能——生物助溶剂

2017-06-12 Epiview Epigenetics表观遗传学

今天给大家安利一篇一个月前发表于 Science 的文章


作者通讯作者为德国马克斯普朗克研究所(以下简称“马普所”)的 AnthonyA. Hyman 以及美国芝加哥大学的 Yamuna Krishnan,一作和共同一作分别为马普所的 Avinash Patel和 Liliana Malinovska。


通讯作者 Anthony A. Hyman(左)以及 Yamuna Krishnan(右)


提到 ATP,你脑海中最先浮现的是什么?可能是中学生物课本中的定义:ATP 是生物体最直接的能量来源,可以通过水解释放能量!对此,一方面我们深信不疑,此外,鉴于“ ATP 作为能量来源”这一事实证据确凿,而且功能非常重要,可能在一定程度上抹杀了我们对它其他功能的思考空间。


ATP 水解释放能量


本文惊奇地发现,ATP 还可作为生物助溶剂。何为助溶剂?一类可以使疏水性分子在水中溶解的小分子。那何又为生物助溶剂?顾名思义,可以让生物分子溶解的小分子。

 

本文研究的对象是细胞中的液相区室(听起来可能一脸懵逼,英文为 liquidc ompartments)。马普所的 Hyman 课题组研究方向之一是细胞中的液-液相分离,他们发现细胞质中含有一种不同液相蛋白形成的乳状液。把细胞质想象成整个校园,散落的教学楼和研究楼就是各种细胞器,而校园里的师生就是执行功能的蛋白质。细胞质中除了这些有固定边界(生物膜)的教学楼,你漫步在校园,也会看到草地上一群一群正在讨论的学生,他们聚集在一起为了执行某种特定功能,但是没有固定的边界。Hyman 课题组最开始注意到线虫胚胎中的一种无膜的区室——P 颗粒,它显示出典型的液体的性状。但区室毕竟还是液态的,其成分可以快速重组。

 

FUS 及其突变体形成的液态区室(Cell.2015.162(5):1066-77.)


很多蛋白都可以形成这样的液相区室,本文聚焦于肉瘤融合蛋白 FUS(fused in sarcoma)所形成的液相区室。FUS 相关的研究很多,研究证实,FUS 与神经退行性疾病关系十分紧密。在正常细胞中,FUS 形成的液相区室参与转录、DNA 损伤修复以及 RNA 生物合成。

 

在体外模拟生理状态,重建 FUS 区室,检验不同浓度的 ATP 对其影响,结果发现:8 mM  ATP-Mg 可以阻止液-液相分离,甚至可以溶解掉此前形成的液滴。除了 FUS 区室,ATP 的这种助溶作用是普适的,对 TAF15、hnRNPA3 以及 PGL3 形成的液相区室效果类似。


ATP 具有显著的助溶作用

 

ATP 具有显著的助溶作用,对上图结果的量化

 

 如果 ATP 可以使蛋白液滴溶解,那么其一定出现在液滴中。荧光示踪分子证实了这一点,ATP 确实富集在液滴中。



荧光示踪证实 ATP 富集在蛋白液滴


这种助溶作用到底是 ATP 作为能量供应者产生的,还是它确实可以作为助溶剂呢?这里作者用了 ATP 的类似物 APPNP,其γ磷酸基不能转移,即不能水解释放能量,也不能作为磷酸供体。


ATP 的类似物 APPNP (从上到下第一排第二个)

 

APPNP 虽然不能释放能量,但也能溶解蛋白液滴

 

各种试剂对蛋白液滴的助溶作用

 

以上结果证实了,ATP 确实可以作为生物助溶剂。除了 ATP,其他的可以吗?比如 GTP、ATP 的水解产物 ADP 和 AMP?


GTP、ADP和AMP都可以溶解蛋白液滴


结果很显然,ADP、AMP和GTP有助溶作用,但遗憾的是,在生理条件下,三者浓度分别为~200,~200-800,~400 mM,在这个浓度下,它们的助溶效果十分微弱。

 

除了有助溶作用,ATP 还会让蛋白变得更加稳定。作者设计了一个非常有意思的实验:去鸡蛋白,在60℃的水浴中放置,向体系中分别加入两性(兼具亲水性和疏水性)小分子二甲苯磺酸钠(sodiumxylene sulfonate,NaXS)、NaCl、APPCP-Mg、ATP-Mg,发现前两组,30min 内蛋白就凝固了,而后两组,一点没有凝固的迹象!


简单而有说服力的实验

 

小编惊呆了!这个实验初中生都可以在家里完成,但是竟然作为 Science 文章的一幅主图!

 

对以上结果的量化--ATP可以阻止蛋白凝固

 

除了以上这两部分,文章还对 ATP 作为助溶剂进行了更多的特征化,这里略过。今天之所以安利这篇文章,是因为小编在想象这样一个场景:倘若你在煮某种蛋白的时候,误加了某种小分子溶液,最后蛋白需要更长时间煮熟,你可能会想一想这种小分子或许能够阻止蛋白凝固么?

 

留意实验中的细节,从科学的角度思考,或许会有新的发现。


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