如何进行拆迁补偿规划是城市更新项目与普通招拍挂项目税务规划的主要差异。我们以【深圳城市】更新项目为例对如何进行拆迁补偿进行以下分析：从开发商的角度来看，支付现金补偿或物业补偿，在税务上存在以下差异：
现金补偿，可以计入拆迁补偿费用，在计算销售额前扣除。
例如，支付100单位的现金补偿，则可以抵减销项税100÷(1+9%）×9%=8.26单位。
物业补偿，需视同销售缴纳增值税，但是目前，深圳不允许物业补偿确认的拆迁补偿费用在销售额前扣除，也就是说开发商需要承担物业补偿视同销售的销项税。
根据深圳市税务局发布的《深圳市全面推开“营改增”试点工作指引（之四）——房地产业》第三条规定：“实际回迁面积未超过拆迁补偿协议约定的，销售额按照组成计税价格确定。组成计税价格＝建筑工程成本×（1＋10％成本利润率） 。”也就是开发商可以按照建筑工程成本×（1＋10％成本利润率）计算物业补偿的销售额。
现金补偿，直接计入拆迁补偿费，在土增税前扣除。
物业补偿，根据国税函[2010]220号《国家税务总局 关于土地增值税清算有关问题的通知》 第六条规定，按照市场价确认收入同时确认为拆迁补偿费。
假设，回迁房视同销售的金额为100单位（不含增值税），除回迁房外的物业全部用于销售，则土增税上收入增加100单位，成本增加100单位，可扣除金额增加100*（1+30%）=130单位，增值额减少130-100=30单位，因此，有利于降低土增税。
在签订拆迁协议时，现金补偿的金额是固定的；而物业补偿只约定了面积，未来交付物业补偿时的市场价格是未知的，如果房价比预期上涨，则可降低的土增税越多。
现金补偿，计入拆迁补偿费，计入产品成本在所得税前扣除。
物业补偿，按照允价值视同销售确认收入，同时计入拆迁补偿费，计入产品成本在所得税前扣除。
如果除回迁房外的物业全部用于销售，则回迁房视同销售对销售期间的总体应交企业所得税无影响（收入和销售期可扣除成本同金额增加）；如果项目保留自持物业，则会导致自持物业分摊的拆迁补偿费只能在后期进行折旧时在企业所得税前扣除。
即回迁房视同销售确认的收入大于销售期间能在税前扣除的拆迁补偿费，增加了销售期间的应纳税所得额。
除了以上税务影响外，现金补偿一般是在项目开发前支付，占用开发商资金；而物业补偿仅需回迁房完工后进行移交。
综合以上分析，对于开发商来说，不能一概认为是现金补偿好还是物业补偿好，应进行全面的税负测算及资金预测，选择最优方式。
对于被拆迁方来说，要区分被拆迁方是公司还是个人。
一、如果被拆迁方是公司
取得现金补偿，应缴纳企业所得税，免增值税、土增税。
假设取得现金补偿100单位，则需缴纳100×25%=25单位的企业所得税。
同时，根据2012年第40号公告的规定，如果属于政策性搬迁，则取得现金补偿时可暂不计入当期应纳税所得额，而在完成搬迁的年度，将搬迁所得（搬迁收入-搬迁支出）计入当年应纳税所得额。搬迁年度最长可为搬迁开始5年。
取得物业补偿，根据国家税务总局公告2013年第11号的规定，暂时不需要缴纳企业所得税。免增值税、土增税、契税。
如果将取得的物业补偿再对外销售则需缴纳增值税及附加、土地增值税、印花税、企业所得税。应交税额如何计算与取得的物业发票有直接关系：
1、增值税：按照销售额计算销项税，进项税凭票抵扣。
2、土增税：按照销售旧房计算，其可扣除的成本按评估价格或者发票加计扣除。
3、企业所得税：按照不含税销售额-原资产净值计算应纳税所得额。
另外，取得物业补偿需要在取得房产证后才能对外销售，变现的时间有所延后。
二、如果被拆迁方为个人
取得现金补偿，免增值税、土增税、个人所得税。
取得物业补偿，免增值税、土增税、个人所得税。
如果将取得的物业补偿再对外销售则需缴纳增值税及附加、土地增值税、印花税、个人所得税。应交税额如何计算与取得的物业登记价有直接的关系，而一般登记价格和取得发票的价格是一致的。
1）增值税及附加
应交增值税=（计税价格-登记价）/1.05×5%（差额简易计税）
2）土地增值税
有核实征收和核定征收两种方式。
核实征收：（计税价格-登记价-转让税费）×（30%-60%）
核定征收：（计税价格-增值税）×5%或10%（商铺、写字楼、酒店为10%，其他非住宅类房产为5%）
3）个人所得税
有核实征收和核定征收两种方式。
核实征收：（计税价格-登记价-转让税费）×20%
核定征收：（计税价格-增值税）×1.5%
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