Cell封面+双发！两位Eran指路个性化菌群干预 | 热心肠日报

今天是第860期日报。

Cell：未来趋势——个性化益生菌干预

Cell[IF:31.398]

① 小鼠和人体中，消化道菌群存在梯度变化，粘膜和腔内的菌群存在差异，均不同于粪便菌群；② 益生菌通过消化道后在粪便中仍保持活性，但在小鼠肠粘膜的定殖受原有菌群的定殖抵抗；③ 益生菌在人肠粘膜的定殖情况，有明显的个体、部位和菌株特异性，可将个体分为“易定殖”和“抗定殖”两类，并可对粘膜菌群组成/功能和人肠道基因表达产生短暂而不同的影响；④ 干预前的宿主和菌群特征，而非干预期间粪便菌群变化，可预测益生菌的肠粘膜定殖。

Personalized Gut Mucosal Colonization Resistance to Empiric Probiotics Is Associated with Unique Host and Microbiome Features

09-06  DOI: 10.1016/j.cell.2018.08.041

Cell：抗生素治疗后，益生菌干预不利于菌群复原

Cell[IF:31.398]

① 在小鼠和人体中，分析混合益生菌干预和自体粪菌移植（aFMT）如何影响抗生素扰动后的肠道菌群和肠转录组恢复；② 人体中抗生素显著促进了人益生菌在肠粘膜的定殖，但该作用在小鼠中较轻；③ 与无干预的自发性恢复相比，益生菌明显推迟了宿主的粪便和肠粘膜菌群的重建及宿主转录组的恢复，且使其难以完全复原；④ 而aFMT可使菌群和宿主肠转录组在几天内近乎完全复原；⑤ 体外实验中，益生菌诱导的菌群抑制作用与乳杆菌属分泌的可溶因子有关。

Post-Antibiotic Gut Mucosal Microbiome Reconstitution Is Impaired by Probiotics and Improved by Autologous FMT

09-06  DOI: 10.1016/j.cell.2018.08.047

Nature子刊：如何定义菌群的“功能”

Nature Microbiology[IF:14.174]

① 在生物学的哲学中，功能可分为两种：因果作用（CR）和选择效应（SE）的功能，一些研究中通常混淆使用这两种不同的概念；② 当菌群中的微生物或者部件移除后能够引起宿主表型的变化时，我们说菌群或者其中的部分具有因果作用的功能；③ 而只有当菌群给宿主带来适应性的变化且这种效应可以遗传的时候，才可以说菌群具有选择效应的功能；④ 因果作用功能基于缺失，而选择效应功能基于自然选择，后者是前者的子集，是长期自然选择的结果。

Defining microbiome function

07-25  DOI: 10.1038/s41564-018-0189-4

Lancet子刊：菌群研究要警惕“喜马拉雅山上的蓝鲸”

The Lancet Infectious Diseases[IF:25.148]

① 胎盘是否存在细菌的证据相互矛盾，相关研究缺乏对照，不能排除母体血液污染的可能，胎盘菌群与口腔菌群的类似性也可能源自污染；② 在微生物量非常低的情况下，试剂中存在的微生物DNA污染也有可能会被误认为共生菌群；③ 接受了胎盘存在细菌的假说，或降低人们对剖腹产不良后果的认识；④ 大脑菌群也可能是假象，或许那只是脑部细菌感染的结果；⑤ 学界对菌群研究的激进观点需保持谨慎，防止其破坏科学严谨性并对人类健康造成负面影响。

Microbiome studies and “blue whales in the Himalayas”

08-01  DOI: 10.1016/S1473-3099(18)30503-6

JAMA：体表菌移植可治疗湿疹

JAMA[IF:44.405]

① 健康皮肤上的粘液玫瑰单胞菌能产生有益的脂质，杀灭金黄色葡萄球菌，提高皮肤屏障作用，增强免疫；② 来自健康皮肤的粘液玫瑰单胞菌移植治疗湿疹，可显著改善湿疹症状，减少外用激素的持续使用；③ 凝固酶阴性葡萄球菌移植治疗可抑制金黄色葡萄球菌生长，并改善湿疹病情；④ 洗涤用品过多使用可杀灭皮肤表面的有益菌，导致湿疹病情增加；⑤ 皮肤细菌移植可作为潜在的治疗皮肤病的新方案。

Are Bacteria Transplants the Future of Eczema Therapy?

08-29  DOI: 10.1001/jama.2018.12334

IBD发病率与人口密度、城市化及GDP相关

American Journal of Gastroenterology[IF:10.231]

① 纳入亚太13个国家或地区的1868名IBD患者，包括1175名溃疡性结肠炎（UC）、656名克罗恩病（CD）；② 平均每年的IBD发病率为1.50/10万人，印度及中国的IBD发病率最高，分别为9.31/10万人及3.64/10万人；③ 在19个具有较高人口密度的亚洲区域，总体IBD发病率及CD发病率较高；④ 在中国，总体IBD发病率及UC发病率与国内生产总值（GDP）正相关，南方的总体IBD发病率高于北方，东部的CD发病率高于西部。

Population Density and Risk of Inflammatory Bowel Disease: A Prospective Population-Based Study in 13 Countries or Regions in Asia-Pacific

09-03  DOI: 10.1038/s41395-018-0233-2

用于分析宏基因组、宏转录组蛋白质结构域的注释流程

Microbiome[IF:9.133]

① MetaCLADE基于Python，它直接接受短序列输入，用于定量分析宏基因组和宏转录组中的结构域（功能）；② 首先预测短序列可能编码的氨基酸序列，然后通过搜索与15000个Pfam结构域相关的超过两百万个概率模型来鉴定蛋白质结构域；③ 其注释结果较InterProScan更为完整，与最先进的UProC和HMM-GRASPx方法相比，MetaCLADE也有所长；④ 联合使用UProC和MetaCLADE，可以获得最佳的注释结果。

A multi-source domain annotation pipeline for quantitative metagenomic and metatranscriptomic functional profiling

08-28  DOI: 10.1186/s40168-018-0532-2

益生菌可调节2型糖尿病患者的空腹血糖及血脂

Diabetes and Metabolic Syndrome: Clinical Research and Reviews[IF:N/A]

① 60名2型糖尿病患者随机分为两组，服用益生菌补充剂或安慰剂6周，益生菌补充剂由7种活菌株（包括乳杆菌属、双歧杆菌属及链球菌属的菌株）组成；② 与对照组相比，益生菌组的空腹血糖（FPG）水平显著下降，高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）水平显著上升；③ 组内和组间对比，胰岛素、甘油三酯、总胆固醇、胰岛素抵抗和人体测量值（包括体重、腰围和体重指数）没有显著变化；④ 多菌株益生菌补充剂可显著降低FPG水平，但还需进一步的研究来证实。

The effect of probiotic supplementation on glycemic control and lipid profile in patients with type 2 diabetes: A randomized placebo controlled trial

08-28  DOI: 10.1016/j.dsx.2018.08.008

感谢本期日报的创作者：mildbreeze，gaoch，花开，玉龙潭，沈志勋，女巫

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