第2000期：9文一览中国团队新作 | 热心肠日报

今天是第2000期日报。

文：

李丹宜博士

《热心肠日报》总编

热心肠研究院首席科学家

随着肠道菌群研究领域的快速发展，越来越多的研究者、产业人士和老百姓开始关注肠道。2016 年 2 月 14 日，我们以“知识分享”为初心，创办了以“短科普”为特色的《热心肠日报》。

经过 5 年多、2000 期、1.6 万余篇短科普的持续积累和打磨，日报已经逐渐成为了在肠道领域内有一定影响力的、开放、协作、共享的中文知识库，为我国的肠道菌群和相关领域的发展和知识传播，做出了一点贡献。

当然，这背后离不开我们可爱可敬的创作者和团队成员的努力，也离不开关注日报的专家、研究人员、学生和读者们的长期支持和陪伴。

在这个庆祝日报成功推送 2000 期的特别日子里，作为日报的负责人，我向大家再多介绍一些日报的情况，并向所有参与、关心和支持日报的人致意。

关于日报的一些“知识点”

01

日报是工具

《热心肠日报》是由蓝灿辉先生发起、由热心肠研究院运营的肠道领域中文知识库，目前已开放关键词标签和高级搜索功能，并在持续优化中。（锤炼 1500 天，热心肠也发 SCI 啦，秘笈大公开！）

02

助你长知识，扬你新成就

日报旨在报道肠道领域的最新、重要研究进展，重点关注肠道菌群、饮食营养、消化道疾病、与饮食和菌群有关的慢性疾病等研究方向，尤其是国内团队的研究成果。

03

每篇短科普都是一个“知识点”

“短科普”是日报的内容单元，以 4~5 句话、不超过 200 字的形式，辅以主编推荐语和延伸阅读等内容，对研究文献进行简洁的解读和总结。

04

不仅是短科普

作为对短科普内容的延伸和补充，日报还不定期发布学者专访和一图读懂等深度内容。

05

科普国家队的一员

2018 年底，日报荣获了中国科协“科普中国”的品牌支持，成为“科普中国”传播矩阵的组成部分。（热心肠日报获科普中国品牌支持，成为科普国家队一员！）

06

与肠道领域一起成长

在过去的 5 年中，日报在内容标准化、编辑部功能、众包制度、人才建设等“软硬件”方面都进行了提升，并于 2020 年初从每天 8 篇短科普扩容至每天 9 篇。我们也热忱期盼有更多同道中人加入我们的创作团队！

2000 期日报发布了多少内容？涉及多少杂志和研究者？

日报收录文献的影响因子中位数变化曲线，侧面反映出肠道研究领域“水涨船高”

未来的方向

我们在日报 1000 期时畅想过的很多功能，有些已经实现，有些还在路上。（《热心肠日报》1000期 | 成长、初心和未来！）

牢记初心，展望未来，我们会继续坚持“知识分享”的初衷，及时、客观地报道国内外肠道领域的最新研究进展，进一步完善日报的工具属性，不断提高短科普解读的准确性和可读性，增加更多读者感兴趣的专题内容，让更多的研究者、学生、临床医生和普通大众，都能受益于我们的知识库。

在此，我们诚邀各位读者朋友参与日报的问卷调查，提出您的宝贵意见和建议，帮助日报继续成长，更好地为读者服务。

感谢最可爱的你们

• 首先要感谢的是为日报供稿的 100 多位创作者和审稿主编们，他们当中超过 3/4 是博士、硕士或在读研究生，他们的认真和专业是日报取得今日成就的基石。

• 其次，要感谢所有参与日报制作和运营的小伙伴们，特别是我们强大的 IT 团队以及几乎全年无休的运营人员，大家辛苦了。

• 还要感谢全球开展肠道相关研究的科学家和研究人员们，向这个领域的探索者致敬！

• 最后，要特别感谢一直以来给予我们建议和指导的专业人士，以及陪伴日报成长的读者朋友们，大家的鼓励和支持是我们不断进步的最大动力，也希望未来能继续有大家相伴！

下面是今天正常推送的日报内容，敬请阅读：

翟冰等Nature子刊：肠道真菌群或可影响造血干细胞移植的临床结局

Nature Microbiology[IF:17.745]

① 收集156名进行造血干细胞移植的患者在治疗前和期间的1279份粪便样本，用测序和培养方法分析肠道真菌和细菌；② 肠道真菌的密度和多样性比较稳定，但其组成每天都有明显变化；③ 鉴定出发生真菌失调的一类患者，以近平滑念珠菌复合菌种的定植和扩张为特征，且粪便中可培养出活真菌；④ 这些患者有独特的细菌-真菌互作谱，细菌密度降低，与近平滑念珠菌共定植的主要是葡萄球菌属和链球菌属；⑤ 这些患者的总生存率较低，移植相关死亡率较高。

Haematopoietic cell transplantation outcomes are linked to intestinal mycobiota dynamics and an expansion of Candida parapsilosis complex species
11-11, doi: 10.1038/s41564-021-00989-7

【主编评语】造血干细胞移植治疗可引起患者肠道菌群的扰动，此前有不少研究重点分析了该过程中肠道细菌的变化及其与患者临床结局的关系，但肠道真菌在其中的变化和作用尚不清楚。近期，中科院深圳先进院翟冰作为共同第一作者在Nature Microbiology发表研究，对进行造血干细胞移植的患者的肠道真菌和细菌组成的时序变化，进行了细致的分析，发现以近平滑念珠菌扩张为特征的肠道真菌群失调与患者治疗后较高的死亡率有关。该研究强调了关注肠道真菌群在造血干细胞移植治疗中的重要性，为改善患者预后提供了新的干预思路。（@mildbreeze）

赵立平团队：“功能群”分析或是人类肠道菌群研究的突破口

Genome Medicine[IF:11.117]

① 肠道微生物组数据存在高维度和高稀疏性的特点，这使得鉴定出驱动疾病表型的微生物困难重重；② 目前基于分类单元和基于基因的菌群分析方法，能有效降低数据维度和稀疏性，但都存在缺陷；③ 比如：忽视了未知的细菌和基因，且由于同一分类单元内不同成员间可存在巨大的功能差异，而难以建立分类单元与疾病表型的联系；④ 应采用更具有生态相关性的分析方法，通过将微生物（菌株）聚集成“功能群”来识别与疾病有因果关系的候选肠道细菌。

Guild-based analysis for understanding gut microbiome in human health and diseases
02-09, doi: 10.1186/s13073-021-00840-y

【主编评语】肠道菌群研究为探索疾病机理打开了一扇新的大门，但目前这一领域存在着难以找到真正的“致病”微生物等难题。罗格斯大学、上海交通大学的赵立平团队在Genome Medicine发表观点文章，讨论了目前常用的菌群分析方法中存在的缺陷，提出了更具有生态学意义的基于“功能群”的研究策略，并列举了两个实例，说明了如何将这种研究思路应用于宏基因组和16S测序的数据分析，值得专业人士关注。（@mildbreeze）

陈卫华+刘智+赵兴明：人体菌群及其与健康和疾病关联的精选数据库-mBodyMap

Nucleic Acids Research[IF:16.971]

① mBodyMap收集63148个来自136个项目的22个人体部位样本（与健康和56种疾病有关），含6247个物种和1645个属；② 数据库构建是为促进人类宏基因组数据可重用性和可获得性，有助于用户更好了解多部位菌群失调与疾病间的关系；③ 根据人类疾病和身体部位对样本分层，利于用户快速找到对疾病中感兴趣的菌群，实现跨数据集比较和可视化；④ 未来还会添加人体多部位新数据（宏基因组和病毒组），允许用户实现跨样本比较、差异分析和数学建模。

mBodyMap: a curated database for microbes across human body and their associations with health and diseases
10-28, doi: 10.1093/nar/gkab973

【主编评语】华中科技大学陈卫华、刘智和复旦大学赵兴明作为共同通讯作者，在Nucleic Acids Research发表文章，报道了mBodyMap——一个针对人体菌群及其与健康和疾病关联的精选数据库。其主要目的是通过使用最先进的工具集对收集到的样本的菌群含量进行一致的注释，并手动管理相应人类宿主的元数据促进人类相关宏基因组数据的可重用性，并协助识别疾病相关菌群。mBodyMap 根据与人类疾病和身体部位的关联组织收集的样本，以实现跨数据集的整合和比较。为了帮助用户找到感兴趣的菌群并可视化和比较它们在不同身体部位和各种疾病中的分布和丰度/流行率，mBodyMap 数据库配备了直观的界面和收集数据的广泛图形表示。mBodyMap 可在以下网址访问：https://mbodymap.microbiome.cloud。（@刘永鑫-中科院-宏基因组）

武汉大学Nature子刊：巧用生物材料，调菌群抗癌症

Nature Biomedical Engineering[IF:25.671]

① 分析口腔鳞癌（OSCC）患者的存活率与其口腔中免疫相关蛋白的表达和微生物丰度的相关性，发现消化链球菌属可激活免疫并改善预后；② 开发一种银纳米颗粒（AgNP），可允许消化链球菌增殖，并抑制竞争细菌的生长；③ 制备含AgNP的水凝胶，在OSCC小鼠模型中可持续粘附于口腔并调节口腔菌群；④ 瘤内注射厌氧消化链球菌与AgNP水凝胶联用，可增强OSCC小鼠的抗肿瘤免疫应答，并能与PD-1免疫检查点抑制剂发挥协同的肿瘤治疗作用。

Biomaterial-mediated modulation of oral microbiota synergizes with PD-1 blockade in mice with oral squamous cell carcinoma
11-08, doi: 10.1038/s41551-021-00807-9

【主编评语】武汉大学的张先正和孙志军作为共同通讯作者，在Nature Biomedical Engineering发表研究，研发了一种含银纳米颗粒的水凝胶生物材料，将其与特定的外源细菌联合使用，可以调节口腔鳞癌小鼠的瘤内菌群，增强对PD-1治疗的抗肿瘤免疫反应。该研究为研发靶向瘤内菌群以改善癌症治疗的干预方法，提供了新思路。（@mildbreeze）

国内团队：弓形虫与抗PD-L1协同促进肿瘤消退

Journal for ImmunoTherapy of Cancer[IF:13.751]

① 刚地弓形虫RH株敲除GRA17基因后无毒，将其瘤内注射能够抑制荷瘤小鼠肿瘤生长，增加瘤内淋巴细胞浸润，其抑制作用主要由分泌IFN-γ的CD8+T细胞介导；② 通过激活宿主系统免疫，并非自身系统性传播，从而抑制远端非注射部位肿瘤生长；③ 上调肿瘤细胞的PD-L1表达，增强免疫细胞抗原处理和T细胞功能；④ 与PD-L1抑制剂具有协同作用，共同触发靶向和远端肿瘤消退，延长小鼠生存；⑤ NK和CD8+T细胞，尤其是NK细胞，对联合治疗是必需的。

Synergy between type I Δ immunotherapy and PD-L1 checkpoint inhibition triggers the regression of targeted and distal tumors
11-01, doi: 10.1136/jitc-2021-002970

【主编评语】中国农业科学院兰州兽医研究所的朱兴全团队与宁波大学医学院的陈佳团队，近期与合作者在Journal for ImmunoTherapy of Cancer上发表文章，发现瘤内注射刚地弓形虫GRA17敲除株和anti-PD-L1协同作用显著延长黑色素瘤、LLC肺癌、结肠腺癌模型小鼠的生存，抑制肿瘤生长。这种抑制肿瘤生长的现象不仅发生在局部，也发生在远端肿瘤，这与刚地弓形虫激活宿主的天然免疫和适应性免疫有关，最终IFN-γ+ CD8+ T细胞介导了肿瘤的完全消退。（@章台柳）

国内团队：N6甲基腺苷阅读器IMP2或发挥促肠癌作用

Journal of Hematology and Oncology[IF:17.388]

① m6A阅读器蛋白IMP2与lncRNA ZFAS1有相互作用，且依赖于m6A修饰，随后在结直肠癌（CRC）增殖和进展过程中增加OLA1的招募、ATP的水解和糖酵解；② 在结直肠癌细胞和配对的结直肠癌队列（n=144）中，IMP2和ZFAS1显著过度表达，且m6A水平升高，这些指标或是预测大肠癌预后的独立生物标志物；③ IMP2调节ZFAS1表达，增强结直肠癌细胞增殖、集落形成和凋亡抑制，具有促癌作用。

N6-methyladenosine reader IMP2 stabilizes the ZFAS1/OLA1 axis and activates the Warburg effect: implication in colorectal cancer
11-07, doi: 10.1186/s13045-021-01204-0

【主编评语】中国医科大学的魏敏杰、吴慧哲和中国医科大学附属第一医院的王振宁作为共同通讯作者，在Journal of Hematology and Oncology发表文章，发现在大肠癌中，ZFAS1在RGGAC/RRACH元件的+843腺苷位点发生m6A修饰，IMP2与其直接互作，促进ZFAS1的RNA稳定。稳定的ZFAS1识别OLA1的OBG型功能域，促进了ATP结合位点的暴露，增强了蛋白质活性，最终加速了ATP水解和Warburg效应。（@章台柳）

徐州医科大学：缺乏纤维的饮食可通过肠脑轴损伤大脑功能

Microbiome[IF:14.65]

① 长期缺乏膳食纤维（FD）使小鼠出现认知损伤，伴随海马突触超微结构受损；② FD小鼠存在CaMKIId及其相关突触蛋白（包括GAP43和SV2C）的缺陷，伴有神经炎症和小胶质细胞对突触的吞噬；③ FD小鼠存在肠道菌群失调（拟杆菌减少、变形菌增多），与认知缺陷显著相关，且菌群失调先于认知损伤；④ FD削弱了小鼠的肠道屏障、使黏液层变薄，并减少了SCFA生成，SCFA的减少促进了认知障碍的发生。

A fiber-deprived diet causes cognitive impairment and hippocampal microglia-mediated synaptic loss through the gut microbiota and metabolites
11-11, doi: 10.1186/s40168-021-01172-0

【主编评语】饮食健康与大脑的认知功能关系密切。长期缺乏膳食纤维是否能通过肠-脑轴来损害认知和大脑功能？徐州医科大学于英华、黄旭峰和郑葵阳作为共同通讯作者，近期在Microbiome发表研究，对这一问题进行了回答。该研究首次报道了缺乏纤维的饮食能通过改变肠道菌群-海马轴导致小鼠认知障碍，这在病理学上不同于正常的大脑衰老。这些发现提示，要注意缺乏膳食纤维对大脑功能的不利影响，增加纤维摄入或能帮助降低与饮食有关的认知衰退和神经退行性疾病风险。（@mildbreeze）

中国海大：益生菌的食品级递送系统（综述）

Critical Reviews in Food Science and Nutrition[IF:11.176]

① 益生菌对湿度、温度、光照、氧气和pH等外部环境因素很敏感，食品级递送系统可保护益生菌活性；② 根据益生菌的包埋类型，可将益生菌食品级递送系统分为“蚕茧”和“蛛网”两大类；③ 蚕茧包括颗粒、乳剂、微球、电纺混合纳米纤维和微胶囊；④ 蛛网包括水凝胶和混合凝胶，都是借助网络结构保护益生菌；⑤ 未来的研究方向包括：提高益生菌的生存力和稳定性、共递送系统、肠道靶向性释放、多菌株递送、更科学的实验验证、多样化的食品产品等。

Latest developments in food-grade delivery systems for probiotics: A systematic review
11-08, doi: 10.1080/10408398.2021.2001640

【主编评语】中国海洋大学的魏子淏与团队，近期在Critical Reviews in Food Science and Nutrition发表综述，总结了益生菌食品级递送系统的最新研究进展，分析对比了不同递送系统的优点和缺点，并讨论了其应用和未来前景，推荐专业人士关注。（@mildbreeze）

国家纳米中心：碳纳米管促进肠道类器官发育

ACS Nano[IF:15.881]

① 分析具有不同石墨烯层和表面修饰的碳纳米管（CNT）对肠道类器官的影响，证明CNT（50μg/mL）可促进肠道类器官的发育；② CNT通过促进金属蛋白酶表达并与细胞外基质（ECM）蛋白支架紧密结合，来调节EMC的粘弹性/硬度，进而激活细胞机械传感器Piezo及其下游的p38 MAPK-YAP通路；③ CNT还改变了肠道类器官的代谢，提高了细胞的线粒体呼吸（OXPHOS和糖酵解）和营养摄取；④ CNT通过这些机制的共同作用，促进了肠道类器官的增殖和分化。

Carbon Nanotubes Promote the Development of Intestinal Organoids through Regulating Extracellular Matrix Viscoelasticity and Intracellular Energy Metabolism
10-08, doi: 10.1021/acsnano.1c03707

【主编评语】工程碳纳米管（CNT）作为有益的生物材料对肠道的生物效应，特别是对其发育的影响，仍然不清楚。近期，国家纳米科学中心的陈春英和崔雪晶作为共同通讯作者，在ACS Nano发表研究，表明CNT可作为一种生物材料用于促进肠道类器官的发育，在肠道相关组织工程方面或有应用前景。（@mildbreeze）

感谢本期日报的创作者：mildbreeze，九卿臣，拍了花宝贝，有营养的阿宁，章台柳，湖人总冠军

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