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简生信
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空间转录组第五讲:10x spaceranger aggr合并多个样本
ID.AGG123.SPATIAL_RNA_AGGREGATOR_CS.SPATIAL_RNA_AGGREGATOR.SUMMARIZE_AGGREGATED_REPORTS2018-10-04
简生信 -
2020年8月21日
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空间转录组第四讲:最详细的10x空间转录组summary网页报告解读
一般我们拿到10x空间转录组数据分析的结果最先看的肯定是web_summary网页报告,因为从这个结果里面我们大概就能判断你的数据好不好,不好的问题在哪里,数据到底能不能用等等。这里来详细介绍一下怎么看10x
简生信 -
2020年8月17日
其他
空间转录组第三讲:图像手动对齐
Genomics在各种各样的H&E图像,组织和样本上测试了该算法,并发现检测算法是可靠的。但是,对于免疫荧光图像,或在基准标记物模糊或组织边界不清楚的情况下,将需要手动进行基准对准和组织概述。
简生信 -
2020年8月15日
其他
空间转录组第二讲:Space Ranger的使用
count运行时图片对其有两种方式,一种软件自动识别图片进行对齐,另外一种就是先用Loupe软件手动对齐,生成对于json文件提供给后面的软件,后期会介绍怎么来手动调整图片。自动对齐$
简生信 -
2020年8月13日
其他
空间转录组第一讲:10x空间转录组技术介绍
最近,空间转录组学研究炙手可热。细胞及其在组织样本中的相对位置之间的关系对于理解疾病病理可能至关重要。空间转录组学是一项开创性的技术,它使科学家能够测量组织样本中的所有基因活性,并绘制出发生该活性的位置的图。该技术已经导致了新发现,这些新发现将有助于帮助科学家更好地了解生物过程和疾病。
简生信 -
2020年8月11日
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