联合分析之蛋白质组学研究策略
噔噔噔~小编又来给大家发福利啦~
今天我们的精选案例是之前“从“一”到“多”的联合分析”（点此查看）中的方案三，主要是介绍蛋白质组学研究策略，下面跟着小编一起来涨姿势吧~
联合蛋白质组和转录组分析家蚕蚕丝生产的分子机制
Analyses of the Molecular Mechanisms Associated with Silk Production in Silkworm by iTRAQ-Based Proteomics and RNA-Sequencing-Based Transcriptomics
研究物种：家蚕
发表期刊：Journal of Proteome Research（2016）
IF：4.173
目的：
研究引起家蚕蚕丝低产的因素
取材：
正常及低产蚕丝的家蚕丝腺
主要工具：
iTRAQ蛋白质组定量技术+转录组测序
数据分析：
蛋白质组定量分析，转录组分析，GO富集分析，KEEG pathways
图表展示：
图 蚕丝低产分子机制中涉及的5个调节功能单元全视图
结果：
1. 利用iTRAQ蛋白质组定量及转录组测序技术，相比于对照，从蚕丝低产的家蚕后部丝腺中新鉴定出139个蛋白和630个转录本。
2. 生物信息学分析发现，在89个差异表达的蛋白中，23个上调，66个下调；在788个差异表达的转录本中，779个上调，9个下调。
3. 综合实验结果发现，降低的能源利用/蛋白质翻译和升高的蛋白降解是引起较低蚕丝生产的关键因素。
转录组及蛋白质组学技术鉴定腐食酪螨过敏原
Transcriptomic/proteomic identification of allergens in the mite Tyrophagus putrescentiae
研究物种：腐食酪螨（Tyrophagus putrescentiae）
发表期刊：Allergy（2016）
IF：6.335
目的：
腐食酪螨提取物中潜在的过敏原的筛选及鉴定
取材：
腐食酪螨提取物
主要工具：
MS/MS鸟枪法蛋白质组学技术+ 转录组测序
数据分析：
5'-RACE、3'-RACE分析，ORF预测
图表展示：
图 新过敏原确定的流程图
结果：
1. 利用转录组测序技术结合MS/MS鸟枪法蛋白质组学技术对腐食酪螨提取物中潜在的过敏原进行了筛选，获得疑似过敏原编码序列，用RT-PCR技术进一步确认；研究对筛选出的过敏原序列进行基因克隆，并置于细菌细胞中表达，从中得到的重组蛋白经纯化后，检测其与腐食酪螨过敏病人血清中IgE的结合情况，并利用Western blotting对二者结合特性进行测定。
2.这些分析确定了三个以前未鉴定的过敏原，分别为Tyr p 28、Tyr p 35及Tyr p 36，并已被WHO/ IUIS过敏原命名小组委员会正式命名。
3.重组蛋白rTyr p 28，rTyr p 35及rTyr p 36与血清中IgE的结合率分别为47.1％，82.4％及70.6％。
（扩展阅读：本文作者崔玉宝博士答读者问，你看过了么~）
使用iTRAQ-2D LC-MS/MS和Solexa测序鉴定出一组新的用于耐多药结核病的血清诊断标志物
A Group of Novel Serum Diagnostic Biomarkers for Multidrug-Resistant Tuberculosis by iTRAQ-2D LC-MS/MS and Solexa Sequencing
研究物种：人
发表期刊：International Journal of Biological Sciences（2016）
IF：4.509
目的：
采用iTRAQ标记结合2D LC-MS/MS，以及Solexa测序，探究MDR-TB诊断的潜在生物标志物
取材：
MDR-TB患者组、DS-TB患者组及健康对照组血清
主要工具：
iTRAQ蛋白质组定量技术 + 小RNA测序
数据分析：
蛋白质组定量分析，miRNA差异表达分析，miRNA靶基因预测，蛋白质组与miRNA组数据关联分析，鉴定血清诊断标志物
图表展示：
图 结核病血清biomarker筛查实验流程
结果：
1.相比于DS-TB患者和健康对照组，在MDR-TB患者血清中共鉴定出50个差异表达蛋白质和43个差异表达miRNAs（差异倍数＞1.50或＜0.60，P值＜0.05）。研究人员发现22%的差异表达蛋白质和32.56%差异表达miRNAs是相关的，可以构建一个主要为补体系统的网络。
2.在MDR-TB患者，DS-TB患者，和健康对照组中，CD44抗原（CD44），凝血因子XI（F11），激肽原1（KNG1），miR-4433b-5p，miR-424-5p，和miR-199b-5p存在显著差异表达。这个结果已被ELISA和SYBR Green qRT-PCR所验证。
3.与靶基因预测一致，miR-199b-5p与KNG1存在显著负相关（r=-0.232，P=0.017）。此外，还建立了基于5个标志物（CD44，KNG1，miR-4433b-5p，miR-424-5p，和miR-199b-5p）的MDR-TB诊断模型。
联合分析的相关阅读就告一段落了，经过我们四期的介绍，各位亲们是不是收获大大滴~如有任何联合分析相关的问题，都可以留言给我们哦~下期我们将换一个口味的干货分享给大家~你想了解哪方面的知识呢？大胆的说出来吧，万一实现了呢~
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