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microRNA测序项目物种优先级 | miRNA专题

项目管理部-CMT 联川生物 2022-05-21


众所周知microRNA测序项目是联川老王牌项目,业内也是公认的领袖地位。最近小编经常遇到一个问题:我做的miRNA测序项目物种是人,测序结果中为什么会鉴定到大小鼠、牛等非人的miRNA呢?

首先来讲一讲什么是miRNA保守性分析,microRNA在各个物种间具有高度的进化保守性,并且在茎部的保守性更强。对于一个物种鉴定出来microRNA,可能在进化关系上具有保守性。因此我们在对miRNA测序数据进行分析时,会将您的测序数据与miRbase数据库中选定的前体序列及成熟体序列进行比对,在分析获得检出的miRNA基础上,我们进一步对选定的物种进行了miRNA保守性分析,对该物种中报道的miRNA在其它物种中的出现频率进行了数目统计并且绘制了柱状图(见下图)。

那么这些相关选定的物种信息是哪里来的呢?

原来啊,每个miRNA测序项目在分析之前项目管理部的小姐姐们都会和老师确认物种优先级排序表格。

ps由于此表格整理较繁琐,故项目管理部的小姐姐们都会根据老师提供的样本的物种,按照近缘关系以及miRbase数据库发表的数目,先整理一份优先级排序表格,附在立项信息搜集表中发送给老师确认。所以如果您的项目不需要进行保守性miRNA分析的话,请不要含蓄表达直接喊话给相管小姐姐们,只要本物种,只要本物种,只要本物种。不然运维部的小哥哥们可都是按照立项信息搜集表格中的优先级表进行分析的哦,鉴定到的miRNA也会有非本物种的近缘物种miRNA哒。当然啦,如果项管小姐姐整理的顺序不符合您需求的,您可以结合自己的研究课题目的进行调整。

优先级表格整理一般规则
第一原则本物种排NO.1
第二原则近缘关系近的往前排
第三原则发表数目越多的往前排,最多可排40个物种。
附上最新版本的miRbase数据库(http://www.mirbase.org/,V22.0)已报道miRNA成熟体与前体物种清单
后台发送您的邮箱即可获得项目管理小姐姐倾情整理的所有物种清单
小编说:
项目管理部由一群团结友爱,又积极向上又有趣的灵魂组成,技术服务工作是一个特殊的岗位,它要求永无止境地更新知识和提高技能,并且要有足够的耐心,而项目管理部又是一个工作内容极其繁琐的部门,不仅要求我们有很高的专业技能,和沟通交流技能,还要有足够的耐心的细心,工作繁琐而又要求细致入微。感谢项目管理部的小姐姐们付出(PS;听说项目管理部有小姐姐转正了,一起期待下漂亮小姐姐的转正申请吧)


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