m6A报告不仅有大更新，高分文章这些高频图我们都能做 | m6A专题

重要的事情再说一遍！我们的m6A测序里面本来就包含转录组测序及分析不单独收费，请各位老师知悉！

我们的m6A除了报告更新外，最近m6A客户文章尤其是上10分的也是大丰收。当然大家最最最期待的m6A新书预售工作也即将开启，还有年底m6A拼多多等一系类活动等待着大家，敬请期待！

联川生物m6A报告又叒叕更新啦，让我们看看有哪些新的内容呢？首先我们在报告里对以前的一些图表做了大幅度更新，更加具备了实用性，另外加入了许多贴心的小提示。完整的demo报告凡是在联川生物这边有m6A项目且于2019年10月结题的，都会拿到我们最新版的报告。下面针对文章里用到的一些比较重要内容做部分展示，其他内容均为个性化内容。

① Peak density图更新

我们重新将基因分为5’UTR，CDS，3’UTR三个区段，统计在每个区段上peak的分布情况，peak一般富集于3’UTR和Stop codon区域，具体分布情况也受物种，基因组注释，实验处理的影响。部分植物样本和翻译调控的基因会在5’端有大量的reads富集。

当然我们也会有替代方案，R包Trumpet可以针对IP样本和Input分别进行density图绘制。在进入售后阶段后，老师可以根据自己文章需求与我们的售后人员联系。

② Peak在基因功能元件上的分布比例

Peak在mRNA上的region对应注释当然也很重要啦。目前不管是植物还是动物，基本上大部分都会落在3’ UTR上。

③ 更好更精准的motif展示

左图是植物特有的motif URUAW，右图是绝大部分动物和部分植物特有的RRACH结构的motif。

④ 常规的转录组分析一网打尽

                基因表达盒型图（例图）                    

基因表达密度图（例图）

           差异基因GO富集散点图（例图）       

                      差异miRNA火山图（例图）                      

差异基因热图（例图）

                     差异基因GO富集柱状图（例图）                       

   差异基因维恩图图（例图）

            差异基因KEGG通路图（例图）        

  差异基因KEGG富集横柱图（例图）

mRNA-m6A甲基化关联分析Cytoscape网络图（需要额外做个性化处理）

⑤ 呼声最高的四象限图

我们针对m6A水平和转录水平的四种情况进行罗列。具体解释如下

Hyper-up m6A表达上调,mRNA表达上调

Hyper-down m6A表达上调，mRNA表达下调

Hypo-up m6A表达下调，mRNA表达上调

Hypo-down m6A表达下调，mRNA表达下调

⑥ 单个基因的peak图

这块内容不再赘述，老师可以先行自学IGV和Adobe AI制作RIP-seq Peak图简易教程 | m6A专题。

⑦ 可变剪切分析

m6A修饰与可变剪切存在直接关系已经被中科院杨运桂课题组证实，该结果已发表在Molecular Cell上。具体解读请查阅 m6A阅读蛋白YTHDC1调控mRNA可变剪切 | m6A专题。

可变剪切（或选择性剪切）指主要由基因或者mRNA前体转录所产生的RNA的外显子以多种方 式通过RNA剪切后进行重连的过程，真核生物基因普遍存在可变剪切，我们使用ASprofile软件 对Stringtie预测出来的基因模型（transcript.gtf）对每个样本分别进行可变剪切事件的定性分析统 计。我们根据物种的基因结构注释信息进行可变剪接事件分析，主要可变剪切事件类型如下：

(A) Exon skipping (SKIP) and cassette exons (MSKIP)：单外显子跳跃和多外显子跳跃;

(B) retention of single (IR) and multiple (MIR) introns:单内含子滞留和多内含子滞留;

(C) alternative exon ends (AE)：可变5’或3’剪切;

(D) alternative transcription start site (TSS)：第一个外显子可变剪切;

(E) alternative transcription termination site (TTS)：最后一个外显子可变剪切。

其它5种模糊边界可变剪切，如下：

(1) Approximate SKIP (XSKIP):单外显子跳跃（模糊边界）；

(2) Approximate MSKIP (XMKIP):多外显子跳跃（模糊边界）；

(3) Approximate IR(XIR):单内含子滞留（模糊边界）；

(4) Approximate MIR(XMIR):多内含子滞留（模糊边界）；

(5) Approximate AE(XAE):可变5’或3’剪切(AE)（模糊边界）。

⑧ 贴心地为大家附上综述链接

我们会在报告最后为大家附上超链接，这些综述都是m6A研究相关大牛邀稿撰写的，值得大家反复学习。

那么文章里这些图我们到底能不能做呢？是的，文章里这些原图我们都能做，当然我们不能保证跟原文一模一样，但是一定可以有完美的替代品，我们会在展现形式和配色有文章里的图有所不同。当然有些图在整理数据上会耗费大量精力，许多代码需要重新撰写，甚至手动修改，所以这部分分析是要收费的哦，请各位老师谅解。

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