速看！10X免疫组V2试剂多方面性能再升级 | 单细胞专题

10X Genomics Chromium Single Cell Immune Profiling Solution可以在单个细胞基础上，同时对数以百计到数以万计细胞提供全面的、可扩展的细胞表达谱和受体多样性分析解决方案。目前产品已经更新升级到V2.0版本，更新后的版本与v1和v1.1相比，性能大幅增加，包括基因和转录本检测水平增加了55%，同时保持较低的多细胞率(0.8%/1000个细胞)和行业领先的细胞捕获效率（65%）等。

实验设计

为了评估10X Chromium Single Cell Immune Profiling Solution v2试剂的性能，来自同一单细胞悬液的细胞分别使用v1.1和v2试剂进行基因表达、TCR、BCR和细胞表面蛋白库生成并进行结果比较。在所有测试的样本类型中都可以看到V2试剂显著的性能提高。

细胞类型

• 新鲜制备的人PBMC（目标捕获1000个细胞）

• 小鼠脾细胞（目标捕获1000个细胞）

• 解离后的人黑色素瘤（目标捕获10000个细胞）

• 解离后人胃食管瘤（目标捕获10000个细胞）

测序深度

V2.0和V1.1试剂均按照30000 reads/cell进行测序

图1：实验流程

性能比较

01灵敏度

1.   基因中位数

PBMC样本在推荐的测序深度下（20000 reads/cell），相比V1.1试剂，V2试剂检测到的基因中位数提高了53%，当测序深度提高到40000/cell时，检测到的基因中位数由~1110（V1.1）提高到~1750（V2.0）。在复杂度更高的细胞类型中，如人类黑色素瘤和胃食管肿瘤细胞，以及小鼠脾细胞，也可以看到类似的敏感性提高（图2）。

图2：V2试剂和V1.1试剂基因表达饱和度拟合曲线

2.   V（D）J再现度

V2试剂与V1.1实际相比，IGH/K/L基因检测到的UMI中位数提高了77%，TRA/TRB基因UMI中位数提高了50%（图3）。

图3：TRA/TRB和IGH/IGK/IGL转录本UMI中位数柱状图

02细胞类型再现度

无论是使用V1.1和V2.0试剂，还是不同操作人员进行操作、亦或者设定不同的细胞捕获数以及技术重复，PBMC重复样本间细胞类型相对比例是相同的（图4）。

图4：不同测试条件下（试剂版本、操作人员、目标捕获细胞数）PBMC样本细胞类型柱状图

两种试剂的目标捕获细胞数均为10,000个细胞。上排(图5A)为基于基因表达的聚类，下排(图5B)为基于细胞表面蛋白标记的聚类。同样的细胞类型和频率在两种试剂中都得到了再现。

图5：两种试剂条件下同一PBMC样本无监督聚类和自动注释

V（D）J克隆型

使用V2试剂的样本中，由于TRA/TRB和IGH/K/L UMIs中位数的增加，因此在部分样本中检测到的productive V-J spanning pair增加（图6），再加上V2试剂检测到的细胞数量的增加，将大大提高v2试剂生成的有用数据的数量。

图6：两种试剂V（D）J克隆型可视化及克隆型丰度比较（图A为TCR，图B为BCR）

总结

V2试剂相比V1.1试剂，性能更新主要体现在：

1、 灵敏度大幅提高

• 5’转录组检测到的基因中位数最高提高55%；

• BCR检测到的UMI中位数提高77%；

• TCR检测到的UMI中位数提高50%。

2、 V（D）J克隆型多样性提高

除了以上性能提升点，V2试剂还保持了旧版试剂的良好性能：对样本细胞类型及构成比例不产生影响，保持高度技术重复性，保持较低的多细胞率(0.8%/1000个细胞)和行业领先的细胞捕获效率（65%）等。

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