联川生物云平台：高级火山图下篇来咯~

看完昨天的联川云平台：高级火山图上篇是不是还意犹未尽呢！别心急，下篇来啦~

上篇详情请看：联川生物云平台：高级火山图

附高级火山图云工具链接：https://www.omicstudio.cn/tool/7

7标记基因

标记基因有两种方式：自动化和自定义。自动化模式标注统计学显著性最高的一些基因。自定义模式适合根据您自己的研究目的来标记基因。

标记基因的字号调整见：字号设置

标记基因的字体字形调整见：字体字形

7.1 标记方式

当图形选项为"Base"，"Standard"，"Pro"和"Mark_TF"时，可以用自动化模式标记基因，也可以用于自定义基因。"Mark_Gene"专用于自定义基因。

7.1.1 自动化模式

筛选条件：在非Inf值中，默认选择p值最显著的10个基因，若p值相同，取FC绝对值大的。注意自动化模式不会取到含Inf值的数据。

标记个数参数可以修改默认选取的差异基因个数。需要注意的是：

①当图形选项="Base"时，默认标记基因是在Diff区域取标记个数个。

②当图形选项="Standard"，"Pro"和"Mark_TF"时，默认标记基因是在Sig_Up和Sig_Down区域分别取标记个数/2个。（若设成奇数就会扣掉一个基因以保持左右整整齐齐。）

自动化模式只标注差异显著基因（即同时通过FC和p值的差异阈值），若标记个数超过了差异显著基因个数，则以后者为准，超过的部分不会进行标注。

7.1.1.1 Base

7.1.1.2 Standard

7.1.1.3 Pro

7.1.1.4 Mark_TF

7.1.2 自定义模式

自动化模式标记的都是差异显著基因，但有时我们需要标注感兴趣的基因，即使他们没有差异。此时，我们可以使用MARK_GENE参数指明需要标注的基因。

7.1.2.1 效果展示

所有图形选项均可自定义标注基因。效果如下：

7.1.2.1.1 Base

7.1.2.1.2 Standard

7.1.2.1.3 Pro

7.1.2.1.4 Mark_TF

7.1.2.1.5 Mark_Gene

7.1.2.2 基因列表格式说明

需要注意的是，您所指明的基因需要能和输入数据ID列中的基因匹配。此处的“基因”泛指各种ID，您可以用任何您想用的ID，因为它只在标记基因的时候会用到，保证传给标记基因列表的值可以在ID列或Labels列找到即可。

标准格式：会在ID列进行匹配。

高级格式：会在Labels列进行匹配。

若您提供的基因列表匹配不到，图片仍然可以画，但是不存在的基因不会进行标记。

7.2 标签类型

对于标记基因文本，有两种表现形式，可以根据您的喜好来选择。

另外可以注意到有LABEL_PADDING（只适用于LABEL_TYPE="Label"时）和BOX_PADDING两个参数，是用来调整文本的位置的。自己多改几次值摸一下规律，调出符合预期的效果就可以了。

7.2.1 纯文本

7.2.2 带背景框

7.3 取消基因标记

默认自动化标记20个基因（上下调各10个），若不需要标记，取消勾选“标记基因”即可。

8点设置

点设置主要依据区域定义（见图片解读）。一般用颜色区分，当然也可以修改形状，如果要做黑白的图片，用形状来做区分就会很有用。

8.1 基础设置

点大小和点透明度设置如下：

8.2 点颜色

点颜色设置的参数是跟着图片类型的，不同的图片类型所识别的颜色参数不同。点颜色都有默认值，一般不需要手动设置，这里展示一下默认值，注意一下不同图片类型所使用的颜色参数。

参考资料：科研绘图怎么方便地选择好看的配色方案

8.3 点标签

图例中不同分类的点名称可以按如下方式修改：

8.4 点形状

点形状设置的参数是跟着图形选项的，默认都用实心圆（代号是数字16）。形状设置都用数字指代：数字和点形状的对应关系。

特别注意：修改点形状会大幅增加绘图时间，请谨慎调整。示例数据个数少所以没关系，真实数据一般不会这么小，超过5000个数据的很有可能无法绘制出来，请知悉。

8.4.1 Base

8.4.2 Standard

8.4.3 Pro

8.4.4 Mark_TF

8.4.5 Mark_Gene

9线设置

图中横纵分界线代表差异阈值，调整线的位置就是调整差异阈值。

与线设置有关的参数：线粗细；线颜色；线类型。

不显示分界线也可以。

9.1 举个例子

线型为“longdash”，线粗细为1，线颜色为灰色。

9.2 不画分界线

线粗细设为0即可取消绘制分界线。

10更多设置

更多设置可以跳转至“图片调整”云工具进一步完成。点击步骤如下。

跳转过去后，数据也会传输过去，可以无缝衔接继续调图并下载。

若无法正常跳转，下载对应数据，再上传至 图片调整 云工具使用即可。

10.1 主题背景

可选的主题背景：theme_bw（默认）, theme_test, theme_gray, theme_linedraw, theme_light, theme_dark, theme_minimal, theme_classic, theme_dark, theme_void。

10.2 标题设置

有两件事需要注意，在此说明一下：

10.2.1 图例合并

注意，当颜色和形状的名称不同时，会分成两个图例，相同时则自动合并成一个。

10.2.2 中文显示

图中可以使用中文，但必须用“预览模式”才可以在屏幕上显示出来。下载的图片和预览模式的效果是一样的。建议调整的时候使用非预览模式，下载前用预览模式确认一下效果。预览模式下操作请尽可能慢，否则容易出错。

10.3 坐标轴设置

10.3.1 横向火山图

如果您想绘制这种横向的火山图，点击“坐标轴转置”即可。

10.3.2 坐标轴对称

如果您需要坐标轴对称，可以进行如下设置：

10.3.3 关于坐标轴范围设置的补充说明

①若您设置的坐标轴范围小于您的输入数据范围，那么有些数据在图中会被删除（但不影响数字统计，慎用）。如果您不想整理数据，那么这个过滤方法会很方便。注意Inf值其实不在坐标内，无法用这种方法剔除，详情见处理Inf值。

②若您设置的坐标轴范围大于您的输入数据范围，没什么副作用，就是会增加一些留白。在对不同数据进行比较时，保持坐标轴范围一致是一种严谨的做法。

10.4 图例设置

图例位置主要分为两类：位于坐标轴外和位于坐标轴内。

* 位于坐标轴外只有四种选项：上，右，下，左。

* 位于坐标轴内需设置坐标值，可以再配合坐标轴范围设置（如果压着点了，就把坐标轴范围设大一点以便多一些留白用于放置图例）和字号设置来进行调整。

10.5 字号设置

图中第一个参数“字号系数”可用于批量调整所有字号的大小。

“标记文本”指坐标轴内出现的文本，对于火山图来说就是标记基因的字号。

10.6 字体字形

字体可选项：英文黑体-"Arial",新罗马体-"Times",等宽字体-"Courier"。

字形可选项：粗体-"bold",粗斜体-"bold.italic",斜体-"italic",不附加字形-"plain"。

特别注意：字体效果必须用“预览模式”才可以在屏幕上显示出来。下载的图片和预览模式的效果是一样的。建议调整的时候使用非预览模式，下载前用预览模式确认一下效果。预览模式下操作请尽可能慢，否则容易出错。

一个文本可以同时设定字体和字形。

11常见问题

11.1 火山图可以用于miRNA/lncRNA/circRNA/蛋白/代谢….等组学数据么？

火山图适用场景：您的差异筛选条件主要是FC值和p值。只要符合此条件就可以用，不同组学的带来的区别主要是输入数据的ID信息不同，ID信息只在标记基因的时候会用到，确保您使用的标记基因列表可以在ID列找到就可以了。

11.2 为什么需要对FC值进行log2处理？

进行log处理后上调数据大于0，下调数据小于0，可以直观地从x轴上分辨出上下调数据。另外由于FC值（差异倍数）的变化范围不大，所以进行log2处理，而非log10。

11.3 为什么需要对p值进行-log10处理？

p值的分布范围在0-1，且p值越小越值得关注，这种数据在图上很难直接呈现，故进行-log10处理让这些数据显化，处理后p值越小的点反而在y轴上越明显。

11.4 数据中若存在Inf值应如何处理？

见上篇6.2处理Inf值

11.5 如何自动在火山图中标记基因？

见本文8.标记基因→8.1标记方式→8.1.1自动化模式

11.6 火山图中不同的颜色区域代表什么？

见上篇3.图片解读

11.7 图中位于坐标轴边界上只画了一半的点是什么含义？

见上篇6.2处理Inf值

11.8 火山图可以只筛选FC值（或p值）么？

可以的。相关说明见上篇6.数据处理。唯一需要注意的是，FC值和p值至少需要筛选一个，若您真的不需要筛选，应该绘制散点图而非火山图。

11.9 做出来的图坐标轴不对称怎么调整？

见本文11.3.2坐标轴对称

11.10 科研绘图怎么方便地选择好看的配色方案？

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