【疯狂7月】⑫— KEGG通路标色-单组学 | 云平台
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下一期讲多组学的KEGG通路标色，关注本号获取最新消息哦
前言
KEGG数据库是常用的通路数据库，在进行高通量测序数据分析时，我们经常希望能够在通路红标注出自己数据的表达/上下调情况。这里介绍一个轻松绘制的方法。
适用场景
1.在KEGG通路图中标记单（多）样本表达量；
2.在KEGG通路图中标记单（多）比较组上下调情况。
输入数据格式
第一列：
ID名，可接受多种ID类型。需要先确定您的ID是那种类型，并在参数栏选择对应的类型（如下图）。
第二~N列：
一列代表一个样本或比较组：若为样本，数据应该是表达量；若为比较组，数据应该是做了log2处理的差异倍数。
样本表达量 - 示例数据2：颜色变化代表表达量高低；
比较组log2（FC） - 示例数据1、3：log2处理使得上调数据大于0，下调数据小于0，于是颜色可以代表上下调情况。
若为单样本（或单比较组），作用是体现此通路中不同基因的表达量（上下调）情况；
若为多样本（或多比较组），作用是比较不同样本（比较组）间的表达量（上下调）差异，效果见“示例数据3”。
以下是三种示例数据，供参考：
上传文件
点击“上传文件”出现上传控件，在此点击上传，可接受的文件格式有xlsx、rds和txt，示例数据点击图中的蓝色下载按钮即可下载。
上传的文件可以有冗余信息列，只要包含所需列即可：ID列（需确认该类型是否存在于参数“选择ID类型”列表中）+数据列（样本或者比较组均可，一列或者多列均可）。
开始分析
上传文件后，请务必确认ID类型和物种，然后点击“开始分析”
若物种或者ID类型选择错误，否则会因为ID不识别的问题而无法绘制，错误示范如下：
如果您的分析结果如上，没有任何标色，那么可能的原因是：
1.输入数据格式错误；
2.ID类型和物种选择错误；
3.您的数据在此通路确实没有匹配的。
结果解读
1.从图例可以看出，此图体现的是样本表达量，颜色代表表达量的高低。
2.从图例可以看出，此图体现的是比较组的log2（FC）值，即做了log2处理的差异倍数，由此，大于0的数代表上调，小于0的数代表下调，图例的绿灰红渐变正好可以直观展示上调数据为红色，下调数据为绿色。
3.从图例可以看出，此图也是差异倍数，不过我们可以注意到，每一个格子都被分成了三格：因为输入文件有三列数据列，所以都依次绘制在了图中，非常方便我们进行横向比较：
参数说明
全部可调参数如上：
选择通路：一次可画一张通路，可以全部通路都画完再点击下载，会把本次分析过的所有通路（点击过“开始分析”）都下载下来。同一个通路，只保留最后的绘制效果。
图例范围：可以自定义图例最大值和最小值以保证最佳的显色效果。
颜色设置：一般建议表达量用单色渐变（从0往上颜色渐深），log2（FC）值用三色渐变（下调一种颜色，上调一种颜色，同时颜色深浅还能体现差异大小）。
结果下载
可在此处设置输出文件名，默认以输入文件名作为输出文件名，非必填项。点击按钮即可打包下载。
解压后如下图，每个通路一幅图一张表，“分析记录”是标配，用于记录分析参数、分析方法、基础信息和引用语句。
云工具
网址：https://www.omicstudio.cn/tool/81
参考文献
Luo, W. and Brouwer, C., Pathview: an R/Bioconductor package for pathway based data integration and visualization. Bioinformatics, 2013, 29(14): 1830-1831, doi: 10.1093/bioinformatics/btt285
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