【疯狂7月】⑩—免费在线小工具-突变分析系列：降雨图 | 云平台

“联川书籍”火热销售中，《单细胞测序研究一本通2.0》新鲜出炉，

详情请戳：小伙伴们！《单细胞测序研究一本通2.0》新书发售~

扫描上方二维码，看更多书籍↑

悄咪咪告诉你，参与下方活动即可获得哦

疯狂7月，您点单，我开发还有礼品拿。

联川书籍免费领，7月限定！

详情请戳：“疯狂7月”活动：你提交，我开发 | 云平台

云工具：fasta序列提取 https://www.omicstudio.cn/tool/77

中奖用户：微信号pancc19*

云工具：mantel相关性分析 https://www.omicstudio.cn/tool/62

中奖用户：微信号chenhan-_-*

云工具：表格ID信息去重 https://www.omicstudio.cn/tool/79

中奖用户：153****7963

云工具：表格信息提取   https://www.omicstudio.cn/tool/78

中奖用户：180****1798

请中奖用户在后台留言您想要的书籍，地址和联系方式，记得速速联系小编哦！

活动名额有限（仅剩16个送书名额），赶紧来开发你的专属云工具吧~

活动持续火热进行中，20个云工具已经开发到第10个咯~

一起来期待第十一弹吧，酷暑夏日和联川来一次超级联动吧~~

前言

之前我们分别介绍了突变信息的汇总图表小工具：

之前几个小工具我们主要聚焦于突变本身的汇总，从样本、基因、突变类型等方面进行统计。本文的分析对象依然是突变，不过这次我们看它在整个基因组上的分布。

输入数据格式说明

参见 免费在线小工具-突变分析系列：突变注释信息汇总。

图片意义解读

降雨图可以通过在线性基因组尺度上绘制变异距离来可视化超突变（Kataegis）基因组区域。

这么说可能不直观，我们再举个例子。

如下降雨图绘制了乳腺癌基因的突变距离，并追踪每个突变中的碱基对替换。图的下半部分的点显示了彼此靠近并聚在一起的突变，这种情况称为kataegis。我们可以看到，kataegis区域中的大多数突变都由C→T取代组成。从A中我们看到kataegis位于较小的区域，而在B中，kataegis遍布整个基因组。

参数说明

降雨图是把整个基因的突变数据绘制在图上，根据分布密度和突变距离，kataegis区域会自然呈现，所以没有什么特别的参数，一般调整一下点大小和字号即可。由此我们可以注意到，kataegis区域不是所有数据都可以做出来的，这张图的呈现效果主要由您的数据决定。

拓展分析

云平台的突变分析是一套系列工具，还有很多其他工具可以用于进一步挖掘数据，分析完成后，会自动跳出侧边栏，点击可直接进行下游分析，无需重新上传文件：

如我们点击一个【突变信息摘要图】分析，在弹框中点击跳转：

跳转后会提示文件传送成功，背景中的图片就是用您的文件进行绘制的结果（而不是示例数据啦）

更方便的是，在此分析完成后，您可以继续跳转完成其他拓展分析：

其他拓展分析我们会继续发文进行介绍，欢迎关注本公众号获取更多信息：

---

云工具

地址：https://www.omicstudio.cn/tool/76

参考资料

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/maftools/inst/doc/maftools.html

参考文献

Mayakonda A, Lin DC, Assenov Y, Plass C, Koeffler HP. 2018. Maftools: efficient and comprehensive analysis of somatic variants in cancer.

---

还有什么想开发的云工具，可填写此调查问卷，选中并上线的话有机会免费获得联川生物书籍一本哦：https://www.wenjuan.com/s/UZBZJvPSgg/?is=qrcode

联川书籍：https://weidian.com/?userid=1659112072&wfr=c&ifr=itemdetail&source=shop&sfr=app

联川生物云平台主页：https://www.omicstudio.cn/index

云平台精选资料汇总：https://mp.weixin.qq.com/s/rP_m-O8FTmG6DXr4rbE74w

相关阅读

点击下方图片进入云平台资料汇总：

所见即所得，figure有bi格

联川云平台，让科研更自由