单细胞固定RNA技术，能解决什么问题？（文末有福利）| 单细胞专题

10x Genomics即将推出Chromium单细胞固定RNA产品，详情参见单细胞固定RNA分析 | 锁定细胞状态，释放分析潜能很多小伙伴来咨询，这个产品做啥用的？应用场景是啥？笔者给大家科普一下。Chromium单细胞固定RNA流程（来源10x Genomics）总体来说，单细胞固定RNA技术旨在解决样本储存和支持多样本的批量处理以及混样分析两大问题。新鲜组织解离生成高活性的单细胞悬液，通过多聚甲醛（PFA）固定细胞，可以用于一定时间的储存和运输，而不影响细胞组分、细胞内RNA的扰动，或者其他数据质量。该试剂支持单个通道运行一个样本（单项分析流程），或在Chromium芯片的单个通道中最多混合16个样本（混样分析流程）。

产品特点

• 兼容Chromium iX/X平台
• 锁定细胞状态，支持储存和运输
• 兼容细胞和细胞核
• 细胞捕获率高达65%
• 支持单样本分析，每个通道有效捕获500-10,000个细胞
• 支持多样本的批量混样分析，单通道可混合多达16个样本和128,000个细胞
• 低多细胞率，单样本分析每1000个细胞0.8%；充分混样多细胞率为8%
• 支持物种：人、小鼠（小鼠后期推出）
• 探针法捕获细胞或细胞核的基因表达，人覆盖多达18,000个基因，可检测低表达基因

数据测试结果

（来源10x Genomics）

一、单样本模式固定细胞的存储稳定性。对固定后立即运行（第0天）、在4°C存储一周或在-80°C存储一个月的人类PBMC开展单细胞基因表达分析。主要的细胞类型群体随着时间的变化而保持稳定，表明PFA固定能够锁定生物学状态，实现运输和存储，从而缓解单细胞实验的限制。二、多样本混合模式
对人类PBMC进行固定并分成16个样本，每个样本与一组带条形码的探针进行杂交。将样本混合，并放入Chromium X芯片的单个通道中运行。A. t-SNE图显示了叠加在一起的所有混合物的80,000个细胞，而不同的簇代表了每种细胞类型。B.t-SNE图显示了按条形码拆分相同数据，以证明不存在批次效应，而且混样分析是一种有效策略，可降低单细胞实验的可变性，同时大大提高样本通量。

应用场景

单细胞RNA固定技术有哪些应用场景呢？基本上可以锁定在以下几类：

• 样本需要长距离、长时间运输，细胞容易失活
• 样本中含脆弱细胞，很容易失活
• 多个时间/多个采集点的样本，容易造成批次效应
• 收集的临床样本需要长时间等待病理结果，才能决定是否开展实验
• 多批次样本，考虑集中在一起混样标记的方式开展实验

固定RNA技术的开发是为了将研究扩大到更多样本，保留脆弱细胞的生物学状态，并克服物流挑战等阻碍开展单细胞研究的困难。

福利时刻

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关于联川生物

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