m6A测序文章中需要哪些高频图表？（带视频教程）| m6A专题

做完了m6A测序，很多老师会问，我究竟该在文章里放哪些图好呢？

今天就带大家回顾下，一些在m6A文章里经常高频出现的图表。

1. 多个测序数据结果韦恩图/花瓣图

这类图一般包括2组或多组测序数据取交集后，缩小筛选数据的范围。例如RIP-seq与m6A-seq取交集后意味着那些基因既带有m6A修饰又能被RNA结合蛋白结合。或者四种不同shRNA敲除方法，找到被共同影响的基因。亦或是不同的细胞系中找到共有基因。如果有条件最好把取交集后重要的基因标识出来。

那么如何自己可以绘制相应的Venn图呢？方法还是挺多的，既可以登录我们联川生物的云平台上面的韦恩图模块（https://www.omicstudio.cn/）

另一种方法就是登录http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ 作图，也是简单便捷。

2. 四象限图或多象限图

四象限图或多象限图的目的是找到具有独特表达模式的一类基因。如m6A水平上调但是mRNA水平下调的基因，就属于同一类。根据已有的经验可以判断可能由YTHDF2介导了mRNA的降解。与前面韦恩图相似点在于进一步帮助缩小数据筛选的范围。

那么如何自己可以绘制相应的四象限图呢？各位老师也可可以登录我们联川生物的云平台上面的四象限图模块（https://www.omicstudio.cn/）即可轻松绘制。

3. Peak Density整体Peak分布展示图（归一化）

Peak整体展示图的目的是为了说明，本次IP实验比较成功，IP文库中大量Peak分布在5端UTR和3端UTR区域附近。而Input则是没有特别偏好性。目前联川默认可以协助各位老师做第一种类型的图。这类图通常也可以跟motif的结果放到一起，节约版面。

4. m⁶A测序样本饱和曲线

饱和曲线有两种作图方式，我们可以看到一种是以peak calling那种类似的方式展开，另一种是累计曲线的方式。两种图其实说明的都是同一个意思，表示该样本整体m6A水平大于或小于另一个样本，与前面第1部分整体m6A水平的三种检测方式异曲同工。

如果整体m6A水平偏低，达到饱和程度会变快，而m6A水平偏高的样本饱和程度会偏慢。如果在联川已经有开展m6A项目的老师，我们的生信售后同事可以协助各位老师进行个性化绘制。

5. Peak在mRNA上不同区域分布比例

Peak在mRNA或基因的不同区域占比可以有效帮我们锁定后期研究的重点是gene body的哪个区域。而且也有助于从整体的peak分布寻找规律。例如5’UTR以及CDS在转录后调控有别于3’UTR区域，还会涉及到不同的阅读蛋白功能。

6. 符合m⁶A特征的motif分析

Motif分析主要为了说明大部分Peak具有共性的motif结构，如果在结题报告中的前Top20仍然无法找到诸如GGAC的结构，可能测序中存在一些噪音，剔除后就能获得高质量的motif结果，只要pvalue<0.01即可。

Motif分为m6A通用性motif和植物专属motif。前者为RRACH，后者为UGUAY或URUAY。

7. 单个基因的Peak分布图展示

这些图主要为了展示m6A-seq以及其他测序如RIP-seq等在某个基因或某个区域信号值的强弱。这种图只能用IGV或UCSC browser等方式导出原始格式后，再使用Adobe AI、PS等软件进行修饰才能达到文章中的展示效果，并不能直接用软件导出。相关教程详细请点击：3篇10分客户文章教你m6A和RIP数据该如何挖掘 | RIP专题。

         本期内容，含有视频号直播回放，详情请点击下方

相关阅读

点击下方图片进入云平台资料汇总：

所见即所得，绘图高规格联川云平台，让科研更自由