CytAssist让冰冻样本的空间转录组数据更优秀 | 空间转录组专题
随着空间组学技术的不断发展，一种适用于多种保存方式、方法简单且数据稳定性高的技术将有助于进一步获取沉睡样本库的宝贵信息。2022年底10x Genomics推出Visium CytAssist打破了FFPE样本不适合做高通量测序的刻板印象，且不断突破其研究壁垒。
近期更是实现了针对新鲜冷冻样本（FF）的兼容性，其不仅对样本要求更低且数据稳定、质量极高。
10x Visium CytAssist解决方案目前针对小鼠（约2万个基因）和人（约1.8万个基因）的基因数据库设计了探针，每一个基因（人和小鼠），都预先设计了一对probe（人基因3对，小鼠基因1对）以靶定RNA的特定序列，LHS（左端探针）带有read2序列，用以后续PCR扩增，RHS（右端探针）带有polyA序列，用以后续被玻片上的探针捕获结合，通过probe与组织内RNA杂交，将RNA信息转移到probe上，再将探针两端连接形成完整的DNA链。之后降解杂合RNA链，然后透化释放连接的probe，完成信息捕获过程。
10x Visium（手动贴片表达）则是采用常规poly A捕获（mRNA）的方式进行空间转录组测序的，通过poly A捕获的方式带上Barcode以及UMI标签用于对后期的空间位置及转录本的标记和定量分析。
相较于10x Visium（手动贴片表达），10x Visium CytAssist避免了手动贴片带来的脱片等问题，此外CytAssist更不需要进行预透化实验，整个实验流程更加简便且高效。
新鲜冷冻样本10x Visium CytAssist和 Visium空间转录组原理对比
10x Genomics对人和小鼠新鲜冷冻组织分别进行了Visium CytAssist和Visium，分别从单个Spot中检测到的UMI数、基因中位数、Fraction reads以及差异表达的基因数等上来看的话，在Visium试验中发现的大多数基因都可以通过Visium CytAssist检测到，而使用Visium未发现的基因也可以通过Visium CytAssist检测到。上述结果表明，在这些组织样本中获得了稳定的高质量数据，且新鲜冷冻组织使用Visium CytAssist做空间转录组测序具有更高的特异性和灵敏度，初步实验结果表明新鲜冷冻组织更适合用CytAssist进行空间转录组测序。
小鼠新鲜冷冻组织样本10x Visium CytAssist和 Visium结果对比
人新鲜冷冻组织样本10x Visium CytAssist和 Visium结果对比
虽然小鼠新鲜冷冻组织在组织覆盖Spots检测到的基因数以及每个Spots检测到的UMI数相似，但是人类新鲜冷冻组织采用Visium CytAssist得到的数据会更多。
差异基因表达分析结果表明，在Visium CytAssist中，差异表达的基因更为明显，这表明其特异性明显优于Visium。
此外，Visium CytAssist极大地增加了在Visium中无法检测到的新基因的数量。
通过以上可知，除了上述优势之外，与Visium分析相比，新鲜冷冻样本做Visium CytAssist分析还有以下优势：
Ø 实验更简便：无需进行组织粘附以及预透化实验，少量样本即可开展空间转录组正式实验；样本无需进行显微切割，剩余样本形态完整可用于其他实验
Ø 样本兼容性强：DV200>30%即可（新鲜组织RIN值大于4.0；FFPE DV200＞30%），允许检测更多长期保存的高度降解的样本；
Ø 更高的检出率：针对人的约90%的18000个基因设计了三对探针对，极大的提高了基因的检出率及检测特异性；
Ø 更大的捕获面积：除6.5 mmx6.5 mm的点阵大小之外，还新增加了11 mmx11mm大面积捕获区域，允许捕获更大的组织切面；
Ø 灵活性更高：样本质检合格之后，即可通过染色选定感兴趣的区域再进行后续实验，实现切片区域的灵活选定，避免样本选片不合适造成浪费；
下面是针对10x Genomics空间转录组测序技术的应用场景进行了总结：
FF：新鲜冷冻组织；FFPE：石蜡包埋组织
关于联川lian chuan
杭州联川生物为全球各地的科研用户提供基因组、转录组、蛋白组、代谢组，以及单细胞和空间组学测序服务。空间转录组测序作为联川战略发展方向，目前已经搭建针对新鲜组织样本和FFPE样本的空间转录组测序平台，有着丰富的样本处理经验，且能充分发挥自身优势，为客户提供最优质的服务。目前已经与多个科研院校、医院、制药公司建立起了长期的合作伙伴关系。
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