心病还从心上医,FD人类干细胞模型的蛋白质组学研究揭示其关键病理
1. 蛋白质组学分析鉴定心肌细胞中FD蛋白标志物
为进行整体的标志物发现筛选,研究人员采用了从iPSC中纯化出的CMs进行LC-MS/MS分析,结果表明在两次重复的对照组和三次重复的实验组中共鉴定到超过4400个蛋白,其中心脏肌节组分MYH6、TTN、ACTC1、myosin MYH7和ACTN2五种高丰度蛋白的鉴定证明了所检测样本CMs分化的准确性和细胞纯度。为了评估蛋白的差异表达,研究人员通过limma分析得到9个差异表达蛋白(cutoff≥0.5 log2 fold-change and adjusted p value <0.1),其中与对照组相比,SCARB2/LIMP-2、GBA和GALC在FD CMs中表达上调,HSPA2/HSP70-2、GMPR和DNMT3A同样呈上调表达,而FADH2A、LDLR和ENDOG呈下调表达。
图1. 蛋白质组学检测
2. 分泌蛋白组分析鉴定分泌型FD蛋白标志物
为鉴定FabryCMs分泌的不同生物标志物,研究人员采用LC-MS/MS技术检测了条件培养下CMs培养基中分离出的蛋白。结果显示在分泌体中共特异性鉴定到718种蛋白质,其中58%的蛋白包含信号肽。已知的心脏分泌蛋白如心房肽(NPPA)和利钠肽B这两种蛋白占比在90%以上,而在细胞蛋白组中几乎没有检测到,这体现了本次CM分泌蛋白组的真实性。
按照细胞蛋白组相同的筛选差异的条件,在分泌蛋白组中共筛选到20个上调蛋白和14个下调蛋白,尤其是与细胞蛋白组相比在分泌蛋白组中更易检测到的GLA/ɑ-gla A下调最为显著。另外,Fabry CM分泌物中蛋白表达量最高的是CTSF(溶酶体半胱氨酸蛋白酶组织蛋白酶F),其表达量增加了30倍,其次高表达有心脏强化和心脏保护性相关蛋白HSPs、HSPB6/HSP20(22倍)和HSP70-2(18倍)。结果表明HSP70-2不仅在Fabry CMs中有升高,在分泌组中具有更高的表达。
图2. 分泌蛋白质组学检测
3. GLA突变校正和基因敲除支持Fabry生物标志物验证
为了更直接地评估 ɑ-gal A缺陷对CMs的影响,研究人员采用了两种研究策略。第一:校正Fabry iPSC细胞系中的GLA点突变;第二:在野生型hESC/ iPSC系中生成GLA的in-del( 插入缺失标记)突变,从而产生基因敲除。通过实验进一步证实了LIMP-2在敲除了GLA的iPSC-CMs中出现累积,表示对ɑ-gla A缺陷的一种强力应激。相反,SCARB2 mRNA水平没有变化,表明了LIMP-2的累积并不是由于基因表达增加而引起的。此外,WB结果显示CTSF和HSP70-2均在基因校正后表达水平明显降低。
图3. GLA突变校正与基因敲除实验
4. LIMP-2累积驱动Cathepsin F和HSP70-2分泌
由于LIMP-2在内溶酶体生物起源中具有重要作用,研究人员针对LIMP-2的累积是否能够单独驱动这些蛋白的分泌提出了假设,然后通过在野生型CMs或者293FT细胞中过表达LIMP-2验证了这一假设的准确性。结果显示胶原I和IV水平未受影响,未观察到细胞死亡增加。光镜显示在LIMP-2过表达的CMs中液泡形成增加,这是晚期Fabry细胞的一个特征。而在研究的时间范围内,在未经处理的Fabry CMs中没有观察到这些。
本文由景杰学术团队编辑报道,欢迎转发到朋友圈。如有转载、投稿、等其他合作需求,请添加微信ptm-market咨询。
往期精彩回顾
4D蛋白质组学:新一代!4D蛋白质组学2019大事记
心脏组织:“将心比心"---人类健康心脏组织大规模蛋白组学图谱绘制
干细胞:纤毫毕露,MCP: 蛋白质组学揭秘人体胚胎干细胞分化成间充质干细胞过程的全景变化
疾病机制研究:两篇最新高水平文章,了解蛋白质组学如何揭示疾病机制
外泌体蛋白组学精选05:【精选】外泌体蛋白组学最新进展:可促进非酒精性肝炎,介导癌症化疗药物耐受等
磷酸化与乙酰化:PTM也要过七夕,磷酸化与乙酰化的浪漫科学故事
植物蛋白质组学精选:7大热点运用,多篇文章解读植物蛋白质组学的重要研究成果
回顾-病原宿主互作:回顾2018 | 科学家如何运用蛋白质组学来研究病原-宿主互作?
回顾-临床蛋白质组学:回顾 | 2018年临床蛋白质组学亮点研究
回顾-蛋白质修饰组学:回顾 | 2018年蛋白质修饰组学亮点研究