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填补空白!华大等机构妇产科顶刊发文,揭示血浆游离RNA在预测子痫前期风险方面的潜力

华大医学BGIDx 华大医学
2024-11-12

近日,深圳市龙岗区妇幼保健院、深圳市宝安区妇幼保健院和华大联合在妇产科学领域的顶级期刊American Journal of Obstetrics and Gynecology上发表了题为“Noninvasive preeclampsia prediction using plasma cell–free RNA signatures”的研究论文。深圳市龙岗区妇幼保健院魏凤香教授、深圳市宝安区妇幼保健院张锐教授、华大基因赵立见、张建国、北京华大研究院孙海汐为论文的共同通讯作者,华大基因周思为论文的第一作者、北京华大研究院李洁为论文的共同第一作者。


研究团队通过回顾性队列研究,呈现了子痫前期患者中不同类型血浆游离RNA分子的转录组全景图,并基于此开发了在症状出现前进行早产型和早发型子痫前期预测的模型,为未来子痫前期的预防提供了希望。



背景

01

子痫前期,尤其是早产型和早发型子痫前期,是一种危及生命的妊娠并发症。由于其异质性和复杂性,准确预测风险和开发治疗方法变得尤其困难。目前,对子痫前期的准确预测和精准治疗仍面临挑战。血浆游离RNA (cfRNA) 由多种类型的RNA分子组成,携带着人体组织的独特信息,有望成为孕期母体、胎盘和胎儿无创监测的有力工具。然而,目前对于不同类型RNA分子在子痫前期中的功能研究还十分有限,尤其是在子痫前期的预测方面。


研究方法和结果

02

 研究方法:

本研究使用两家医院从2018年1月到2022年3月的样本开展回顾性队列研究,纳入了715名健康孕妇和202名后来发展为子痫前期的孕妇作为研究对象。将样本分为5个队列,包括2个发现集队列和3个验证集队列,并对其进行了cfRNA测序。研究旨在探索血浆中不同类型RNA分子在子痫前期和健康样本之间的丰度差异,并利用机器学习方法,使用发现集队列构建子痫前期预测模型,并通过验证集队列进行独立验证。


 研究结果:

1.cfRNA分子的变化与子痫前期疾病相关

在子痫前期症状出现前,检测到了77个差异表达基因 (DEGs),这些基因能够区分早产型子痫前期和健康样本,且其中多个基因被报道在子痫前期的病理过程中发挥重要功能。



2.早产型子痫前期预测模型AvNN的构建

研究选择了13个cfRNA分子,并结合两个临床特征,使用发现集队列1的样本 (健康对照组n=330,疾病组n=102),构建了一个AvNN模型,以预测早产型子痫前期的风险。AvNN模型的曲线下面积 (AUC) 为0.91 ,该模型在两个验证集队列的AUC分别为0.81和0.83,阳性预测值 (PPV) 分别为68%和53%。与已报道的同类方法相比,该模型显示出更好的性能。



3.早发型子痫前期预测模型SVM的构建

研究利用发现集队列2 (健康对照组n=330,疾病组n=50) 的样本,使用13个cfRNA分子,并结合两个临床表型,开发了一个SVM模型进行早发型子痫前期的风险预测,该模型的AUC为0.93,在验证集队列4 (健康对照组n=234,疾病组n=28) 中AUC为0.88,PPV为73%。与现有同类型方法相比,该预测模型也具有更好的性能。



4.非编码RNA在与子痫前期相关的基因表达中具有潜在的调控作用

研究观察到早产型和早发型子痫前期妊娠中有17个miRNA呈下调状态。通过miRNA靶基因预测,发现6个miRNA能够靶向发现集队列中的4个基因。有趣的是,这10个基因中的8个被应用于构建模型,而且这些基因与现有文献报道一致,表明miRNA在子痫前期病理生理过程中可能起着重要的作用。



结论

03

本研究采用回顾性队列研究方法,全面呈现了子痫前期中不同类型cfRNA分子的转录组全景图,并开发了两个先进的预测模型,可对早产型和早发型子痫前期进行风险预测。研究结果揭示了mRNA、miRNA和lncRNA可共同作为子痫前期的潜在生物标志物,填补了相关研究领域的空白,为子痫前期的预测、预防和治疗提供了重要的科学依据。该研究成果为改善母婴健康提供了新的思路和方向,有望在临床实践中产生积极的影响。


*该项目已通过伦理审查,符合国家法律法规及伦理规范,并严格保护参与者隐私及数据安全。

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