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如何在Linux中安装指定版本的R

BIOMAMBA Biomamba 生信基地 2024-04-03

前言



上篇推送不是把R弄崩了(装着装着我R没了?),这次来将功补过,出个教程教大家如何在Linux中安装指定版本的R,目前R已经更新到4.2.0版本了,不出意外的话我们后面的教程也都会用这个版本来进行演示。其实在Windows中安装指定版本的R很容易,在这个网址中可以下载所有版本的R,双击即可安装:


在Linux中由于apt-get的源一般比较落后,安装的版本一般比较老旧,比如我这个只能安装3.4.4的R,显然是不能满足我们的分析需求的。

apt-cache madison r-basesudo apt-get install r-base=3.4.4




自行下载安装包编译



与windows一样,Linux中也可以下载指定的R安装包进行安装,我们可以访问这个网址得到下载链接:https://cran.r-project.org/src/base/


开装!就以4.2.0为例:
wget https://cran.r-project.org/src/base/R-4/R-4.2.0.tar.gztar -zxvf R-4.2.0.tar.gzcd R-4.2.0/./configure --with-pcre1make#configure和编译的过程可能会花费大量时间,并且最好具有root权限







万能的conda



我一直都是吐血推荐使用conda安装各类软件,一方面是conda可以自行解决各类软件的冲突,另一方面conda安装软件可以绕过root权限,三是conda可以创建不同的虚拟环境从而调用不同版本的软件。开装:
1、安装conda:
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.shbash Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh #安装conda,出现选项选yes
#添加一些镜像conda config --add channels defaultsconda config --add channels conda-forgeconda config --add channels bioconda#增加bioconda,方便安装生信软件
#最近阿里的镜像似乎比较稳定:conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main/conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/conda-forge/conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda/
2、搜索conda源中包含哪些R的版本:
conda search r-base#会返回一大堆版本给你,几乎也是所有版本了


3、指定版本并安装:
conda install r-base==4.2.0#就是这么简单搞定,又能开始愉快地学习了:










往期装包回顾



安装R包的几种方式花两天时间才装好的KEGG注释软件
给你安排一个懂生信的工具人(六):再也不怕装不上packages了
装着装着我R没了?








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